整備のミスなのか、使用上のミスなのかわかりませんが、ある意味では一大事です。復路は副任務機に乗り換えると思います。
政府専用機は2機で任務飛行を行います。任務機と副任務機は一定の距離を置いて飛行しています。任務機に何かあった場合は副任務機に乗り換えることになっています。
帰国してからが大変だと思います。政府専用機は航空自衛隊の専門部隊が運用し、ANAが整備を請け負っています。あってはならないことが起きてしまったので、追及は厳しいと思います。
場合によっては整備がANAからJALに変更される可能性もなきにあらずだと思います。