自分でもワケ分からなくなっちゃっているので、読み直しついでに まとめてみました。
ちなみに自分は、「コナンは黒の組織との対決以外つまらない」と思っちゃってるコナンファン失格な奴なので、それを踏まえた上でお読み下さい。
■トロピカルランドで事件発生■
(１巻)
コースター上で殺人事件。容疑者の中にジンとウォッカ。
裏取引現場を新一は目撃。ジンに見つかり、試作薬を飲まされる。目覚めると、新一は幼少化していた。
■宮野明美と黒の組織■
(２巻)
毛利探偵事務所に広田雅美から人探しの依頼。依頼完了後、コナンは雅美が強盗事件の首謀者だと気付き追い詰めるも、あと一歩で組織に先を越され、雅美 ＝ 宮野明美は死亡する。
■新幹線■
(４巻)
新幹線の中でコナンは、ジン・ウォッカと鉢合わせる。(この時、２人のコードネームを知る。)
■白乾児の効果■
(10巻)
平次が毛利探偵事務所に訪れる。コナンは風邪を引き、白乾児を飲んだことによって一時的に元の姿に戻る。
■テキーラと爆破事件■
(12巻)
ゲームの新作発表会で、コナンは組織の一員・テキーラに遭遇するも、テキーラは誤爆に巻き込まれて死んでしまう。
組織は全世界の有能なコンピュータプログマーのリストを集めているらしい。
■灰原哀 登場■
(18巻)
転校生・灰原哀が、毒薬アポトキシン4869の製造者にして組織の一員・シェリーだと告白。コナン同様に幼少化し、組織を逃げ出したという。
■データフロッピー■
(18～19巻)
薬のデータフロッピーが誤送されたかもしれないと、灰原の姉・宮野明美の大学教授・広田正巳の元を訪れる。ジン・ウォッカよりも早くフロッピーを手に入れるものの、ウイルスによって薬のデータは失われる。
■灰原の一言■
(19巻)
「工藤君―あなたはすでに…我々組織が半世紀前から進めていた極秘プロジェクトに…深く関わってしまっているなんて…」
■灰原の一言２■
(20巻)
「時の流れに人は逆らえないもの…それを無理矢理ねじ曲げようとすれば…人は罰を受ける…」
■新出 登場■
(24巻)
小五郎の当直医の息子として、新出先生 登場。
■ピスコと対決■
(24巻)
学校帰りにコナン・灰原は、ジン・ウォッカに遭遇。彼等の暗殺を止めるために、ホテルで行われている偲ぶ会に紛れ込む。灰原は組織の一員・ピスコに捕まるが、白乾児を飲んで一時的に元の姿に戻り、脱出。ジン・ウォッカに銃撃されるも、コナンの機転によって助かる。ピスコはジンに粛正される。
事件の容疑者の1人だった米国女優クリス・ヴィンヤードが、組織の一員・ベルモットと判明。
この直後からベルモットは、新出の診療所に通い、成り代るチャンスを狙っていた。FBIもそれに気づき、新出を保護(転落死に見せ掛け、海外に逃がす)
■学園祭■
(26巻)
高校の学園祭で、コナンは灰原からもらった解毒薬で一時的に元の姿に戻れる。効力は一日半ほど。この時、学園祭に新出も出ているが、既にベルモットだと思われる。
■ジョディ 登場■
(27巻)
蘭の高校に、英語教師ジョディが赴任する。(FBI捜査で、ベルモット監視の為)
ジョディたちの標的名は『腐ったリンゴ』
■参加名簿■
(28巻)
コナンは、不老不死とジュゴン祭りで栄えている島の、祭りの参加名簿に灰原の本名『宮野志保』の名前を見つける。
■バスジャック■
(29巻)
少年探偵団・ジョディ・新出の乗っていたバスがバスジャックされる。灰原はバス内にベルモットがいると震える。バスジャック犯を捕まえ、コナンは灰原をバスから遠ざける。
乗客の一人・赤井秀一は、誰かを追い掛けていた。
(33巻)
この日に、毛利小五郎の関わった事件の調書が盗まれていたと判明する。
■ジェイムズ誘拐事件■
(32巻)
アニマルショーの有名資産家にそっくりな外人ジェイムズが誘拐される。コナン達に助けられたジェイムズはそのまま姿を消す。
バスジャック事件の乗客・赤井秀一とジェイムズにはつながりがあった。
■赤井秀一の見張り■
(33巻)
赤井秀一が、毛利探偵事務所を見張っている。
これはベルモットがFBIの状況を知る為の罠にはまってしまったもの。
■蘭の記憶■
(33巻)
蘭は赤井秀一とどこかで会っているが、思い出せない。
■ジョディの会話■
(34巻)
「そろそろリンゴの狩り時」
■ベルモットの標的■
(34巻)
ベルモットの探している標的はシェリー ＝ 灰原。コナンと蘭の写真まで持っている。
■ジョディ宅 抜き打ち訪問■
(34巻)
コナンは、クリス・ヴィンヤードが組織の一員で、ジョディと同一人物だと疑う。平次と2人でジョディの家を訪れるか、正体は掴めなかった。
■蘭の記憶・アメリカでの出来事■
(34～35巻)
蘭は熱で倒れ、赤井秀一と出会った日のことを思い出す。
新一とアメリカを訪れたとき―…新一の母・有希子の親友でクリスの母・大女優シャロンと出会う新一と蘭。
通り魔事件の現場付近で、蘭は赤井秀一と遭遇する。新一と蘭は、通り魔と鉢合わせた末、お互いが身を引くことでピンチを脱出。
（この通り魔はシャロン＝ベルモットの変装。蘭に助けられたことで、ベルモットは蘭のことを「エンジェル」と呼んでいる。）
■こいつも黒の組織だった■
(35巻)
大阪で捕まえた殺人犯・沼淵が逃走した。沼淵が組織の末端であったことを灰原から聞かされたコナン。灰原は、危険察知の感覚が鈍ったと焦る。
■板倉の作ったフロッピー・組織と対決■
(37～38巻)
システムエンジニア・板倉探しの依頼を受けた小五郎。コナンは、板倉とテキーラが以前会っていたという情報を得て、板倉に組織の事を聞きに行こうとするが、板倉は死体で発見される。コナンは手掛かりとして、板倉の日記の入ったフロッピーを盗む。
その帰り道、コナンと蘭は赤井秀一に会う。蘭から、赤井はFBIと聞かされたコナンは半信半疑。
板倉の日記に印された、組織への恐怖。組織は、板倉にあるソフトを作らせていた。
「我々は神であり悪魔でもある なぜなら 時の流れに逆らって 死者を蘇らそうとしているのだから」
ソフトの受け渡しが今夜だと知ったコナンは、板倉死亡の報道がされる前に 組織のしっぽを掴もうとする。接触に成功するも、ジンに気付かれ、ギリギリのところで逃げ隠れたコナンは事なき終えた。
灰原に迎えに来られ、コナンは帰宅。灰原は、赤井秀一の視線を感じる。
■尾行■
(41巻)
コナン・灰原、何者かに尾行される。指示を出していたのは赤井秀一。標的は灰原。
■ベルモット、シェリー発見■
(41巻)
尾行された翌日、コナン・灰原・博士はジョディと遭遇。ジョディを警戒したコナンはすぐに引き返すが、殺人事件に巻き込まれる。
赤井秀一は、コナンの居場所を知り、灰原の元へ急ぐ。
推理中に灰原は倒れ、ジョディに運ばれ、新出の診察を受ける。その全ての電話を、赤井秀一は盗聴。
ベルモットは、ついにシェリーを見つける。
■母からのメッセージ■
(41～42巻)
博士の家は、ベルモットに盗聴器が仕掛けられていた。
コナン達は、灰原の父の友人に組織の手掛かりを聞きに出発する。その事務所は、灰原の父母と宮野明美が訪れた場所だった。宮野明美は死ぬ直前に再びそこを訪れたと知ったコナン達は、宮野明美が隠した何かを探すが、それには組織の手掛かりをなく、灰原の母から灰原へのメッセージが入っていた。
■ベルモットと直接対決■
(42巻)
ベルモットが組織の一員・カルバドスを日本に呼ぶ。
ジョディは、学校を辞める。
灰原は、母親からのメッセージで何かを聞く「実はお母さんね…」
探偵達の元にパーティーの招待状が届く。ベルモットからの招待状は、新一宛にも届き、中にはコナンの名が印されていた。コナンは誘いに乗るという。
パーティーには、ウォッカも出席する。
コナンは、自宅に有希子がいたのを確認し、平次に新一の特殊メイクをさせてパーティーに出席させた。
コナンは灰原に変装し、家に訪れたジョディとともに車に乗る。それを新出は追い掛ける。
ジョディは、新出こそがベルモットと問い詰め、ベルモットは正体を表す。
20年前、ジョディは父親をベルモットに殺されていた。
ジョディ・赤井秀一はFBI捜査官で、証言者として灰原を探し、ベルモットを追っていた。
ベルモット ＝ シャロン。そして年齢を取らない。
ベルモットは、親友の息子コナンと命の恩人 蘭を事件に巻き込みたくなく、攻撃はできない。
赤井「俺はまだその茶髪の少女と顔を合わせるわけにはいかないんでな…」
赤井秀一は黒の組織にとっての銀の弾丸、ベルモットにとってコナンが銀の弾丸。
ベルモットはジンに助けを求め逃亡、カルバドスは自害。
■新出 帰還■
(44巻)
FBIからの許可を得て、新出(本物)が日本に戻ってくる。
■２つの疑問■
(45巻)
コナンはなぜベルモットがなかなか灰原を発見できなかったのか疑問視。
新出は、ベルモットが本当に悪い人だったのかと疑問に思う。
■メールアドレス■
(45巻・46巻)
携帯プッシュ音から、コナンボスのメアドが童謡『七ツの子』のメロディーになっていると結論づける。
灰原は、ボスのメアドも正体も知ってる模様。
■水無怜奈＝キール 登場■
沖野ヨーコの友人アナウンサー水無怜奈がピンポンダッシュ被害の依頼。
解決後、回収し忘れた盗聴器から、コナンは水無＝組織の一員キール と知る。さらに、キールはジン・ベルモットを含む計6名で暗殺を実行しようとしていた。盗聴器回収をしなくては毛利小五郎が組織に狙われてしまう。キールをマークしていたFBIと遭遇したコナンは、ジョディと共に黒の組織を追う。
先回りし、キールを囲んだFBIだったが、子供をかばったキールは意識不明となり、FBIの管理下に置かれる。
盗聴器に気付いたジンは、標的を小五郎に変え、全員で探偵事務所を目指す。先回りしていた赤井の機転で小五郎への疑いもなくなったかに見えたが、ジンは小五郎をまだ疑っている様子。
■転校生■
キールの事件から数日、蘭のクラスに水無怜奈によく似た本堂瑛祐という転校生がやってくる。
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