| Aグループ順位 | 2009年3月29日18:13現在 |
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| 順位 | チーム名 | 勝点 | 試合数 | 勝数 | 引分数 | 敗数 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
| 1 | 大宮アルディージャ | 4 | 2 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 1 |
| 2 | サンフレッチェ広島 | 3 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 |
| 3 | 浦和レッズ | 3 | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 |
| 4 | ジュビロ磐田 | 2 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| 5 | 大分トリニータ | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| 6 | アルビレックス新潟 | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 | 1 | 2 | -1 |
| 7 | 横浜F・マリノス | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | -1 |
| Bグループ順位 |
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| 順位 | チーム名 | 勝点 | 試合数 | 勝数 | 引分数 | 敗数 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
| 1 | 柏レイソル | 4 | 2 | 1 | 1 | 0 | 4 | 2 | 2 |
| 2 | モンテディオ山形 | 3 | 1 | 1 | 0 | 0 | 3 | 1 | 2 |
| 3 | 清水エスパルス | 3 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 0 | 2 |
| 4 | FC東京 | 3 | 2 | 1 | 0 | 1 | 2 | 3 | -1 |
| 5 | ジェフユナイテッド千葉 | 2 | 2 | 0 | 2 | 0 | 2 | 2 | 0 |
| 6 | ヴィッセル神戸 | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 | 1 | 2 | -1 |
| 7 | 京都サンガF.C. | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 1 | 5 | -4 |
