深海生物研究者の日常

思いついたときに思いついたことを書きます

深海勉強２

2011-04-21 22:24:29 | 研究
今日は，報告会でいろいろ勉強になったけど，まだpublishされていないデータもあると思うのでここに書くのはやめようと思います．

なので最近読んだ論文を紹介します．

Symbiotic diversity in marine animals: the art of harnessing chemosynthesis
Nicole Dubilier*, Claudia Bergin* and Christian Lott*‡
NATURE Reviews microbiology 6:725

めっちゃ基礎．化学合成共生動物を研究するときに最初に読むべき論文だと思います．まさにレビューという感じです．
こっから引用をたどったりしながら深く勉強しましょう．
卒研生が一生懸命読んでいました．がんばれ若者

How rhizobial symbionts invade plants: the Sinorhizobium–Medicago model
Kathryn M. Jones, Hajime Kobayashi, Bryan W. Davies, Michiko E. Taga and Graham C. Walker
NATURE Reviews microbiology 5:619

高校生物でも習う根粒菌がどのように植物の根っこに入っていくかのレビューです．ここまでわかっているんだと驚きました．たぶん細菌との共生でinvadeのメカニズムが一番研究されている系です．違ったらすいません．植物からのフラボノイドを細菌が認識し，細菌のスイッチがOnになり，次々とカスケードが進んでいきます．非常に面白いレビューでした．

読みたい論文がどんどんたまってる．まぁほとんどダウンロードできませんが．
とりあえず，次は土田さんのをしっかり読みたいな．まだ流し読みしかしてない．





深海生物勉強メモ１

2011-04-20 23:31:53 | 研究
今日から，お勉強したことのメモを貼っていきます．普段は自分のメモ帳に書くだけなのですが，張り合いがほしいので．これで何となく僕が何に興味をもって何をやりたいかが分かると思います．
超適当です．基本無理しない．基本メモのコピペですが，伏せ字に直すところもあります．
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Bettencourt et al. 2010 BMC genomics 11: 559
Bathymodiolus azoricus
Gill tissue cDNA Roche 454 GS FLXで　778,996 reads

http://transcriptomics.biocant.pt:8080/deepSeaVent
454ジュニアはそういえばどうなったんだろう．共同利用だから僕も申請したら使えるのかな？


Molecular identification of differentially regulated genes in the
hydrothermal-vent species Bathymodiolus thermophilus and
Paralvinella pandorae in response to temperature
Isabelle Boutet1,2, Didier Jollivet1,2, Bruce Shillito3, Dario Moraga4 and
Arnaud Tanguy*1,2
BMC Genomics 2009 10:222

SPARC (Secreted Protein, Acidic, Rich in Cystein)/osteonectinのtandem duplicationsによってSCPPS (scretory Ca-binding phosphotroteins)

ヒバリガイではこの手のデータが充実してきている．日本は完全に遅れているけど（だからあいつで逆転をねらっているわけね），これらのデータを有効に使いながら独自な研究をしていかないとね．ここでさらにデータをかぶせてもあんまり意味ないし．もちろんツールとしてはあった方が便利だけど，それ自体にはワォは無いよね．

※そういえば現状で論文をダウンロードできないことがわかったjournalのリスト（分かり次第更新していきます）まだ論文漁りをしてないので，これからどんどん増えるでしょう．
development
developmental cell
developmental biology
gene
Journal of evolutionary biology
Nature Rev Genetics


ダウンロードできるのは
Open Access journals
Nature
Science
PNAS

というわけで皆さん高い金を払ってplosとかBMCに論文を載せてください．

”コ”の字がめんどい

2011-04-11 21:58:27 | 日常，つぶやき
今日からチャリ通なのですが，バスや車ではそこまで気にならなかった，研究所前の”コ”の字の部分がかなり長く感じます．

ここだけでかなりあります．


google map

明日から実験です．とりあえず学生に教えがてら，パラフィン切片で実際に身体の中がどんな感じなのかを見てみたいと思います．論文に模式図とかは載っていますが，連続切片を自分で観察しないときちんと理解できないものです．