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【近況短信】 R6/5/23
遺憾ながら 予測通り。
故に多忙です...(更新は遅滞します)

厚生労働省オープンデータ・不定期観察(データ取得日:2022/01/26)

2022年01月27日 | 厚生労働省 オープンデータ

生労働省ープンデータ より (データ取得日:2022/01/26)
https://www.mhlw.go.jp/stf/covid-19/open-data.html

-------------------------------------------------------------------------------
 ・新規陽性者数の推移(日別)(newly_confirmed_cases_daily.csv)

 ・PCR検査の実施件数(pcr_case_daily.csv)

※ 「新規陽性者数の推移・補正値(1日ずらして補正)
  「陽性率
  「検査機関別の検査比率」 などの説明は 過去記事()参照のこと 
-------------------------------------------------------------------------------

OGPイメージ

厚労省OPD pcr_case_daily_20220126_解析中.xlsx

Microsoft Excel Workbook

 

 

 

新規陽性者数の推移(日別) 2021/4/11~2022/1/22
(※休日変動日曜・祝日確認用)

 

 

 

 

PCR検査機関ごとの検査件数 と 新規陽性者数 推移(日別) 2021/4/11~2022/1/22
(陽性率 ② 併記)



 

 

 

陽性率 と PCR検査機関ごとの検査比率(%)の 推移(日別) [ 折れ線グラフ ] (※)民間・自費検査を含む比率

 

PCR検査機関ごとの検査比率(%)の 推移(日別) [ 100%積み上げ面グラフ ] (※)民間・自費検査を含む比率

 

※グラフは全て、2022/1/26 データ取得時点に基づく。

 


厚生労働省オープンデータ・不定期観察(データ取得日:2021/10/26)

2021年10月26日 | 厚生労働省 オープンデータ

生労働省ープンデータ より (データ取得日:2021/10/26)
https://www.mhlw.go.jp/stf/covid-19/open-data.html

-------------------------------------------------------------------------------
 ・新規陽性者数の推移(日別)(newly_confirmed_cases_daily.csv)

 ・PCR検査の実施件数(pcr_case_daily.csv)

※ 「新規陽性者数の推移・補正値(1日ずらして補正)
  「陽性率
  「検査機関別の検査比率」 などの説明は 過去記事()参照のこと 
-------------------------------------------------------------------------------

OGPイメージ

厚労省OPD_pcr_case_daily_20211026_解析中.xlsx

Microsoft Excel Workbook

 

 

 

新規陽性者数の推移(日別) 2021/4/11~10/19
(※休日変動日曜・祝日確認用)

※グラフ備考 : 新規陽性者数が減った10月以降も、日曜の陽性者の減少は、僅かながらも観察できる。

 

 

PCR検査機関ごとの検査件数 と 新規陽性者数 推移(日別) 2021/4/11~10/16
(陽性率 ② 併記)

※グラフ備考 : 2021/10/26 時点

【 検査数の減少幅 →
 ・地方衛生研究所・保健所 (以後「保健所」)
 ・民間検査会社(主に行政検査) (以後「民間・行政検査」)

【 検査数の減少幅 →  
 ・大学等
 ・医療機関
 ・民間検査会社(主に自主検査) (以後「民間・自費検査」)

 

 

休日に検査比率がピークになる2つの検査機関(保健所民間・自費検査)の検査比率と
陽性率 の比較

※グラフ備考 : 

陽性率 … 9/5より後では、陽性率の休日ピーク(上昇)が、ほぼ無く、保健所民間・自費検査の検査比率とも連動しない。
陽性率 … 9/5より後にも、陽性率の休日ピーク(上昇)が、まだ有り、保健所の検査比率と連動する。

上記の2条件より、導き出されることとして、

 

陽性率で比較すると、9/5より後は、民間・自費検査の比率が増えても

→ 陽性率が上昇しない
  ↓↓↓↓↓
民間・自費検査陽性率が減った

 

陽性率で比較すれば、9/5より後でも、保健所の検査比率が増えると

→ 陽性率の上昇が見られる
  ↓↓↓↓↓
保健所の陽性率は、他の機関と比較すると、まだ高い

 

 

 

陽性率 と PCR検査機関ごとの検査比率(%)の 推移(日別)

※グラフ備考 : 2021/10/26 時点

【 検査比率 → 増加傾向 】
 ・民間・自費検査

【 検査比率 → あまり変わらず 】
 ・大学等
 ・医療機関

【 検査比率 → 減少傾向 】
 ・保健所
 ・民間・行政検査

 

なお、保健所 と  民間・行政検査 について、
費用負担に関係するであろう公的文書(事務連絡)を一つ。
↓↓↓↓↓
https://www.mhlw.go.jp/content/000778073.pdf

******************************************************************************
(前略)~
公費による検査の実施については、
都道府県・保健所設置市・特別区(以下「都道府県等」という。)の行政の判断において実施され
~(以下略)
******************************************************************************

この「行政の判断において実施され」ている検査機関が、
保健所 と  民間・行政検査 だとすれば、

今回、この2つの検査機関に限って、検査数が大きく減少したことは、
行政の判断」が、どのようになされていたのかを考えれば、
理由の一端が見えてくるはずです。

さて、この「行政の判断」が、正しく「コロナ感染者の減少」だったら、問題無いのですが…

 

……行政の方、濃厚接触者の定義から 「ワクチン接種済み」 の人を除外 してないですよね?

 

******************************************************************************
ここから先は、直接の伝聞 と 個人的な体験、また自身の所感です。
諸々の根拠としては弱いですので、御諒解の上、お読み下さい。
******************************************************************************

【 知人の会社で クラスターが発生した際 】

濃厚接触者とされたのは 「ワクチン未接種者のみ(3名) だったとのこと。

他10名ほどの「ワクチン2回接種済み(無症状)」の人は、
同一職場環境だったにも関わらず、濃厚接触者とはされませんでした。

また一方、

【 親戚の知人家族で クラスターが発生した際 】

ワクチン2回接種済み(無症状)」でも、PCR検査対象となり、
結果、接種者は全員(2~3名) 陽性 だったそうてす。

 

 

「ワクチン接種済み」の人を 濃厚接触者に含めるかどうか?
については、現場でも 基準がかなり不明瞭になっているような印象を受けます。

 

少なくとも、日本人の70%超がワクチンを接種した現在(※)、
(※追加補足:2021/10/26 19時 NHKニュースでも確認)
仮に「ワクチン接種済み」の人が、ある程度でも濃厚接触者から除外されているとすれば、
以前に比べて、調査の範囲は かなり狭まっていることになります。

伝染病等の疫学調査の現場では、鼠算的に調査対象者が増えてしまう可能性がある一方、
対象範囲に一定規模で制限がかかれば、調査総数が劇的に減少することは、理解に難くないことです。


さて、では 今現在の新規陽性者の減少は………
果たしてどうなのでしょう?

 

また、「ワクチン2回接種済み」の人でも、感染、重症化、死亡することは、
見解による確率の相異はあるにせよ、比較的、共通認識になってきたようにも感じます。

 

個人の体験ですが、今年の9月初頭、遂に知人のコロナ関連死がありました。
(直接的な知り合いで、コロナでの死亡は初です。)

家族内クラスターにより、家族全員陽性となりましたが、
重症化の後 死亡したのは、7月末にワクチン2回接種済みの、その方だけでした。
(火葬は立ち会えず、後日に行われた葬儀に参列。)

なお他の家族の方は、ワクチン未接種でしたが、皆ほぼ無症状だったそうです。
******************************************************************************

以上、ここまでが本文でした。

 

以下、余談です。



 

余談 : 過去記事 「 陽性率の真実を考える 」 その③ でも触れた、

厚生労働省オープンデータ
 ・ホームページ内掲載 「PCR検査の実施件数」のグラフ画像
 ・「PCR検査の実施件数(pcr_case_daily.csv)」より、自分で作成したグラフ

2つの違いについて、厚生労働省に問い合わせした方がいらっしゃいました。

高橋清隆の文書館 2021/10/15 掲載記事

こちらによると、
---------------------------------------------------------------------------------------
厚生労働省のホームページにあるPCR検査実施件数のグラフ【図表1】には、
民間検査会社(主に自費検査)による検査数が表示されていない。
この理由を尋ねたところ、
作図ソフトの色の制限のためで「隠すつもりはない」と回答された。
---------------------------------------------------------------------------------------
とのこと。

旧世紀の 【 Excel 2000 】(20年以上前) だって、色制限無しで作図できるけどなぁ… ↓↓↓↓↓
厚労省は、カラー8色のPC-8801でも使ってるのかねぇ。


「 陽性率の真実を考える 」 その③ - 民間検査会社(主に自費検査)の謎 / そのほか -

2021年09月29日 | 厚生労働省 オープンデータ

まずは、こちらのグラフを比較して頂きたいと思います。


1つは、厚生労働省オープンデータ、
国内の発生状況に示された「PCR検査の実施件数」のグラフ
(2021/9/28 スクリーンショット)

下記ページの最後の方に掲載
https://www.mhlw.go.jp/stf/covid-19/kokunainohasseijoukyou.html#h2_1


もう1つは、同じく厚生労働省オープンデータ(以後、厚労省OPD)、
「PCR検査の実施件数(pcr_case_daily.csv)」のデータより、
自分で作成したグラフ。(csvファイルの参照は、2021/9/28 時点)

https://www.mhlw.go.jp/content/pcr_case_daily.csv

出来るだけ、縮尺を近づけたうえで、項目の色味も寄せてみましたので、そこそこ比較し易いかとは思います。

ご覧頂ければ、一見して大きな違いが分かるかと思います。それは、

 ・厚労省OPDに掲載されているグラフ  → 民間検査会社(主に自費検査)の項目が無い
 ・厚労省OPDのcsvから作成したグラフ民間検査会社(主に自費検査)の項目が有る

と、いうことです。


今年の7/12以降、厚労省OPDの「PCR検査の実施件数」csvファイルには、
突如として「民間検査会社(主に自費検査)」 (以後、民間・自費検査)という検査機関の項目が登場し、
PCR検査件数全体の、およそ40%を占めるほどの検査件数の母数が、
特に何の説明もないまま、新たに追加されたました。

この 掲載グラフ と csvファイル のデータ取り扱いに違いについては、注釈で

※3 民間検査会社について、グラフでは「主に行政検査」を行う検査所による検査件数を掲載している。
  これに加えて、令和3年7月12日分以降、「主に自費検査」を行う検査所による検査件数を、上記のオープンデータに掲載している。

と、簡単に触れられているだけです。


問題なのは、この 民間・自費検査 で判定された分の新規陽性者の数が、
同じ厚労省OPDの「新規陽性者数の推移(日別)(newly_confirmed_cases_daily.csv)」に反映されているのか否か?
どこにも説明が無いことなのです。

ちなみに「PCR検査の実施件数」と同様に、「新規陽性者数の推移(日別)」についても、
厚労省OPD掲載のグラフ と csvから作成したグラフ を並べて比較してみます。


厚労省OPD掲載グラフ


新規陽性者数の推移(日別)(newly_confirmed_cases_daily.csv)」より作成のグラフ

グラフの期間と縮尺をして合わせて比較してみますと、
こちらは2つのグラフの間に相違はありません。

厚労省OPD掲載グラフは、そのままcsvファイルを反映したデータと言えます。

 

どうして厚労省は 「PCR検査の実施件数」民間・自費検査 の分については、グラフとデータで扱いが違うのでしょうか?

民間・自費検査による新規陽性者数は、公表されている「新規陽性者数の推移(日別)」に、
どのように影響与えているのか(または、いないのか)、考察していきたいと思います。

 

 


こちらのグラフをご覧下さい。

「PCR検査の実施件数(pcr_case_daily.csv)」より、各検査機関ごとの検査件数と、
新規陽性者数の推移(日別)(newly_confirmed_cases_daily.csv)」の数字とを、
同一グラフ内に折れ線で表示しました。

(※国立感染症研究所 と 検疫所 の検査数は、該当期間内の検査数は微少なので、見易さ優先で省略しました。)

合わせて同一期間内で、2種類の陽性率、

・陽性率① … 民間・自費検査含めない
・陽性率② … 民間・自費検査含める

のグラフを併記しました。

極めて重要なことですが、
7/12以降の民間・自費検査の分を、データに含めるか否かで、
今年、7月中旬~オリンピック開催期間に激増した新規陽性者数の意味合いが、全く変わります。

・突如としてPCR検査数が倍近く増えれば → 新規陽性者数も相関して増える(但し、急な感染拡大とは言い切れない)

でしょうし、

・PCR検査数がさほど変わらず、新規陽性者数が急激にに増えれば → 陽性率が激増した(潜在的感染が増加)
(陽性率①と② の違いの意味)

と、言えるでしょう。

 


さてもう一度、PCR検査機関ごとの検査件数 と 新規陽性者数 のグラフをご覧下さい。

7/12以降、PCR検査「民間・自費検査」の登場と共に、新規陽性者数は急増し、
8/18には過去最高を記録します。

素朴にグラフを眺めれば、7/12以降の新規陽性者数の急増は、
民間・自費検査の上乗せ分が大きな要因となった、と見る人が多いのではないでしょうか?

--------------------------------------------------------------
【補足・追加】

また興味深いのは、関連性の有無は別にしても、
それまで ほぼ 地方衛生研究所・保健所(以後、保健所)のPCR検査件数以下に収まっていた新規陽性者数が、
7/12を境として、保健所検査数を超えて、一気に急増していったことです。

実はこの「保健所検査件数を超過した分の新規陽性者数」という概念によって、
保健所の影響を除外した、それ以外の検査機関の ‘仮’陽性率 の分析が可能になります。

その結果として、

7/12以降の新規陽性者数の急増を成立させるには、
民間・自費検査の上乗せ分が存在しないと矛盾する、

といったことも、証明できそうなのですが…

…どうもこの辺りを簡便にweb上で説明するには、まだ力量不足で。
更に話が煩雑になりますので「保健所検査超過分・新規陽性者数」については、
縁が満ちたら、出来るかも知れません。(縁は、満ちないかも知れません。)
--------------------------------------------------------------

 

それはさて置き、新規陽性者数の推移と、PCR検査機関ごとの検査件数 並びに 検査比率を、
前回の「陽性率の真実について考える」その② で行ったのと同じやり方で、
グラフ化してみましょう。
なお、ここからは、民間・自費検査ありきで、分析を進めていきます。

 

陽性率② と PCR検査機関ごとの検査比率(%)の推移(日別)

7/11以前を分析した前回と同様、
日曜・休日保健所の検査比率が増加 → 陽性率も増加
という基本構造は変わりません。

しかし、大きく変わったことは、
7/11以前で、日曜・休日に検査比率が増えるのは保健所だけでしたが、
7/12以降は、民間・自費検査が、日曜・休日の検査比率増加側に加わったことです。


まとめると、こうです。

日曜・休日(陽性率増加日)に検査比率にが増えているPCR検査機関

 ・地方衛生研究所・保健所
 ・民間検査会社(主に自費検査)


日曜・休日 に検査比率が減っているPCR検査機関

 ・民間検査会社(主に行政検査)
 ・大学等
 ・医療機関


保健所検査比率と陽性率の日別推移の連動は、
民間・自費検査という要素が増えたことで、7/11以前ほど露骨ではありませんが、
変わらず相関していることは把握できます。

また、民間・自費検査比率と陽性率については、保健所ほどはっきりはしませんが、
少なくとも、日曜・休日に 検査比率ピークが来ますので、
日曜・休日の陽性率ピークの押し上げに、一役担っている可能性は否定出来ません。


また、保健所民間・自費検査 以外については、
7/11以前同様に、検査比率ピークが平日のまま、変わっておりません。
(下図参照)

民間・自費検査の検査件数が、他と比較して日曜・休日でも あまり減らないのは、
おそらく「自費」の都合上、個人での検査日が 休日 になる人が、そこそこ多いからでしょう。

 

 

*************************************************************************************************************
「 保健所民間・自費検査 から感じた 違和感”  について (※あくま個人の感想です)
*************************************************************************************************************

まず前提として、PCR検査と新規陽性者数の関連性には、根幹に大きな疑問を感じています。

よく語られる “PCR検査の原理そのもの(※) が孕む、不明瞭さ・不確実さ も関わってきますが、
(※ PCRプライマーの設定や、CT値の問題など、偽陽性を生み出すとされる、機構上・構造上の問題のこと。)


そもそも、

 ① PCR検査件数が増えるから → 新規陽性者数が増える

  のか、それとも

 ② 潜在的陽性者(濃厚接触者等・要検査対象)が増えるから → PCR検査が増える

  のか、良く整理しきれないのです。(鶏が先か? 卵が先か?のような。)

 

① について

昨年の暮れなどに、帰省のための “念の為 PCR検査” の数が増えたことがありました。
こういった時には、PCR検査の増加によって陽性者数が急増するようなことはなかったと思います。(後でデータ検証します)

その際、一般の方々が利用したPCR検査機関は、時期的にクリニック等の “医療関係” が多かったはずです。(親戚もそうでした。)

そして “医療関係” による検査は、“検査件数が平日ピーク” の検査機関ですから、
陽性率の日曜・休日ピークとは繋がらない、いわば 陽性者が “薄い” 検査母体になります。

おそらく、民間・行政検査や大学等も、同様に 陽性者が “薄い” 検査母体 となるでしょう。
これら “薄い” 検査母体 のPCR検査数が増えても、単純に陽性者数の増加には直結しないと思われます。

つまりこちらのケースでは、①には当てはまっていない ことになります。

 

②について(保健所の場合)

一方②については、やはり 保健所 がキーになってくるかと思います。
地方衛生研究所・保健所 は、前回の考察を踏まえても、
“濃い” 検査母体 であることには間違いないとはずです。

では “濃い” 検査母体 である 保健所 のPCR検査件数が増えるのは、どういう状況でしょう?

おそらく、クラスターの発生等で、追跡しなければならない濃厚接触者の数が多い時、
保健所 が扱うPCR検査の数は増えるはずです。

当然、このような状況でのPCR検査は、一般のPCR検査状況よりも、陽性者の発生率が高くなるはずですから、
保健所 の検査比率が高くなる日曜・休日の陽性率増加は、こういった仕組みで起こってるものと推測出来ます。
この状況は、②に近いと思います。

但し②の結果が、 そのままシンプルに PCR検査増加 → 陽性者増加
とはならない可能性も、考慮しておく必要があろうかと思います。

それは “PCR検査自体の不明瞭さ” に起因するものです。

問題を単純に絞って、CT値についてだけ考えても、
未だに検査機関によって、CT値が35回であったり40回であったり、まちまちのようです。

この辺りは、イベルメクチンについての放映で一躍有名(?)になった、長尾医師のブログでも、
保健所 とクリニックでのPCR検査CT値の違いで、揉めた件について触れられていました。
↓↓↓↓↓
http://blog.drnagao.com/2021/09/post-7699.html

 

1人の陽性者から → 複数の濃厚接触者(PCR検査) → (陽性の場合)更に複数の濃厚接触者(PCR検査) → … → … → …

 と、いわば指数関数的に陽性者の確認をする可能性がある 保健所 の場合、
PCR検査のCT値などの調整次第によっては、陽性/陰性の僅かな閾値の違い であっても、
最終的に、PCR検査数・陽性者数ともに、大きな違いとなって現れてくることもあるでしょう。

それに加えて、誰から誰までを濃厚接触者とするか、という判断の現場では、
マスク等の有無や接触時間の長短など、意外と関係者の主観に基づく判断に拠るところが多いとも聞きます。

おそらく、現場担当者ですら意に介さない程度の、検査方針や手順の細かな変更 によって、
保健所 のPCR結果は、微妙な調整 がされているのではないか、と邪推しています。

ですから、保健所 周辺の事情においては、①②の関係性は、もう少し複雑な様相を呈してると考えています。

 

 

そして、民間・自費検査 についてです。

7/12以降に唐突にデータ上に現れ、グラフ上で見ればどうしても、
その後の 新規陽性者数 の増加との関連を疑ってしまいます。

しかし、これほど堂々と厚生労働省のオープンデータには掲載されているにも関わらず、
同ホームページのグラフ上には一切反映させず、且つ、そのデータ取り扱い方については、
理由の説明が全くありません。

加えて、他の検査機関と違い、この 民間・自費検査 だけが、
保健所 の検査件数の推移と同様、検査比率のピークが日曜・休日に来ており、
日曜・休日の陽性率ピークの押し上げに、一役買っている可能性が否定出来ないのです。
( つまり、程度の差はあれ、民間・自費検査 もまた“濃い” 検査母体 である可能性。)

 

民間・自費検査 の実態について、もう少し掘り下げることが出来れば、
何かもっと見えてくることもあるのでしょうが、いかんせん、そこまでの時間的余裕が流石ににありません。

 

 

9月に入り、新規陽性者数は急激に減少していますが、
同時に 保健所 の検査件数も減少しており、相関関係があるようにも見えます。

一方、民間・自費検査 については、検査件数に目立った減少傾向はまだ見えておりません。
(但し、民間・行政検査と医療機関については、減少傾向です。)


今のところは “減少して見える” 新規陽性者数ですが、今後の先行きは、まだまだ不明瞭だと思っています。

また個人的な心象ですが、現在のPCR検査体制によって喧伝されているコロナの感染状況は、
決して現実の状況を、真っ正直に反映したものだとは思ってはおりません。

少なからず、何らかの “脚色・演出” がなされているのではないかと、観察・推測しております。

その “演出家” なる者が、一体何者なのか? ここで言及するつもりは一切ありませんが、
どうも 保健所 とその方向に、何がしかの “伏魔殿” があるような気がしてならないのです。

(※ 勿論、現場職員の方々の御尽力には、微塵も疑念はありません。日々敬意を評しております。)

 

 

なお、今回のグラフ作成に使用したエクセルデータ。
↓↓↓↓↓

OGPイメージ

厚労省OPD pcr_case_daily_20210925_解析中02.xlsx

Microsoft Excel Workbook

 

 

(記事内未使用グラフもあって、とっ散らかってますが、あしからず。)

 


「 陽性率の真実を考える 」 その② - 検査機関別の陽性率について -

2021年09月27日 | 厚生労働省 オープンデータ

---------------------------------------------------------------------
【 本当は欲しいデータ 】
検査機関ごとの新規陽性者数(←未発見)
↓↓↓↓↓
これが分かれば、各機関ごとの陽性率の変動が分かるので、
もう少し精緻に、新規陽性者の傾向が精査できる。

残念ながら、現状無いものねだりなので、
入手出来るデータの範囲で推測できることを試してみる。
---------------------------------------------------------------------

 

今回は、先に 主題と結論 を提示しておきます。
---------------------------------------------------------------------
(主題)
 曜日ごとの、PCR検査全体に占める 各検査機関の検査比率の変化から、
 検査機関と陽性率の関係を探る。

(結論)
 ・保健所の検査比率 が 増加 → 陽性率 が 増加
 ・保健所の検査比率 が 減少 → 陽性率 が 減少
---------------------------------------------------------------------

 

---------------------------------------------------------------------
(考察前の注意事項)
一般的にメディア等が「陽性率」といった場合、「陽性率(移動平均)」の場合が殆どであるようです。
これは、曜日によって検査数の違いがあるので、日付そのままの値を陽性率に反映させると、
日々のデータの変動が激しくなり大局が捉えづらくなるので、
7日平均あたりをとって、データの動きを平滑化しようという考え方のようです。

一方で、曜日や休日といった日々の変化要因については推測しづらくなることから、
今回は敢えて “日々の陽性率” で考えることで、細かい変化に気を配ってみたいと思います。

なお今回までは、データ取り扱いの煩雑さを防ぐ意味で、
まだ、7/12以降~の「民間検査(自費検査)」の数字は取り扱わないこととします。
---------------------------------------------------------------------

 

さて以前より、厚生労働省オープンデータの数字、

 ・PCR検査の実施件数(日別)
 ・新規陽性者数の推移(日別)

をグラフに落とし込んで見ていると、どうしても曜日による違い、
特に日曜を含む休日での数字変化が、気になるようになりました。


PCR検査の実施件数新規陽性者数 から “日々の陽性率” を出してみると、

検査数が減少する日曜(休日)に、“日々の陽性率” が、明らかに跳ね上がることが分かります。
(下図参照)


この原因としては休日に、それぞれの検査機関の検査数が減少することで、
PCR検査全体に占める 各検査機関の検査比率(以後、検査比率)が大きく変動するからです。

 

以下、検査機関別の 検査件数検査比率 の推移。


さて、グラフを見て頂ければ分かりますが、
殆どの機関で、日曜・休日の検査数が大きく落ち込むのに対し、

 地方衛生研究所・保健所 (以後 「 保健所 」 )

だけが、相対的に検査数の減少が少ないです。

 

上記、検査機関ごとの 検査比率のグラフをご覧下さい。

 

保健所以外の検査機関は、それぞれ平日検査比率のピークが来るのに対し、
保健所のみが、日曜・休日に比率のピークを迎えます。

(※ 後日の記事予定になりますが、実は7/12以降~の「民間検査(自費検査)」も、
  保健所同様、休日に比率のピークが来るようです。)

 

各検査機関の 検査比率 と 陽性率 を、それぞれまとめたグラフが以下です。




 

ご覧の通り、保健所の検査比率 と 陽性率のグラフ のみ 相関関係 にあり、

保健所以外の、民間検査(行政検査)・大学・医療機関 については、概ね

 ・検査比率が 増加 すると → 陽性率が 減少
 ・検査比率が 減少 すると → 陽性率が 増加

逆相関関係 にあることが読み取れます。

 

これらグラフから導き出される結論が、冒頭の

 ・保健所の検査比率が 増加 すると → 陽性率が 増加
 ・保健所の検査比率が 減少 すると → 陽性率が 減少

に、なります。

 

これは考えてみれば当たり前のことで、
濃厚接触者の調査や、クラスターの発生など、感染状況の深刻度が高くなるほどに、
保健所が活躍する領域 ということになるはずですから、
休日などで、一番“濃い調査”を担っている保健所の検査比率が上がれば、
当然、陽性率も上がってくると思います。

おそらくは、保健所が検査している分の陽性率が、一番高い のでしょう。


ただ逆に考えれば、7/11以前までは、保健所の検査による陽性者数の増減 が、
全体の新規陽性者数や陽性率に、最も大きな影響を与えていた のは間違いないでしょう。


保健所以外の検査数が 増加 → 全体の陽性率が 減少

という、厚生労働省オープンデータが示す数値が、この結論を導き出します。

 

 

で、以上「陽性率の真実を考える」その①、その②を踏まえた上で、

ようやく次回・その③で、7/12以降~のデータも含めた、

 ・「地方衛生研究所・保健所」
 ・「民間検査会社(主に自費検査)」

この2つの検査機関に感ずる、底知れぬ 違和感 について、言及できるかと思います。

 

 

なお前回記事と同じですが、今回のグラフも入っているデータです。

OGPイメージ

厚労省OPD pcr_case_daily_20210925_解析中01.xlsx

Microsoft Excel Workbook

 

 

 


「 陽性率の真実を考える 」 その①(考察の前提について解説)

2021年09月26日 | 厚生労働省 オープンデータ

(考察の前提) 新規陽性者数の発生日を一日分ずらして補正する

 [ 厚生労働省 オープンデータ ] 新規陽性者数の推移(日別)より

 

8/24の過去記事

「厚生労働省 オープンデータ」より PCR検査の実施件数/新規陽性者数の推移(日別) 分析グラフ
https://blog.goo.ne.jp/dozle_zabi/e/916806ec69bcc205bb835d3871b5e3fb

のなかで、新規陽性者数の推移(日別)の日付を、グラフ内では

1日分ずらして補正 」 していることについて、簡単に触れました。

今回は、今後の分析の大前提にもなることなので、
その意味について解説しておきます。


さて、厚生労働省 オープンデータの「新規陽性者数の推移(日別)」には、
以下のような注釈があります。
--------------------------------------
【日付に係る制約条件】
・新規陽性者数の集計時点(断面)は自治体により異なる。
・原則、情報更新日の前日に自治体が公表等した情報をもとに更新している。
・令和2年1月26日以降のデータをグラフ化している。
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PCR検査 → 陽性結果判明 → 公表

の過程には、各自治体での取り扱いの差異も含め、当然タイムラグがあるため、
データ内の日付は自治体が公表等した情報もとに更新を原則としている。

これを踏まえた上で、

 ・PCR検査数小計(日別) [ 国立感染症研究所/検疫所/地方衛生研究所・保健所/民間検査会社(主に行政検査)/大学等/医療機関 ]
 ・新規陽性者数(日別)

を、グラフに落としこんでみると以下のようになる。
(※ 見易くするため、2021/4/11~5/30のデータで一旦抽出。)

 

PCR検査数は、曜日ごとのバラ付きがあり、特に 日曜・祝日 を含む 休日 には、検査数がはっきりと減っていることが分かる。
( 日曜毎のグラフの谷間 / 5月2~5日にかけての連休 に注目)

一方で、新規陽性者数については、
日別のグラフ減少の谷間が、主に 月曜 に来ていることも分かる。

この2つの数値の推移を比較して見れば一目瞭然だが、本来、

PCR検査数が少ない日 → 新規陽性者も減少

となるのはずだが、グラフを見ると、

・PCR検査数減少のピーク … 日曜(並びに休日
・新規陽性者数のピーク … 月曜日曜・休日の1日後)

と、なっている。

つまり、厚労省の 「新規陽性者数の推移」の日付 は、
前述の注釈 「日付に係る制約条件」 に従って、自治体の公表の日付に準じているため、

PCR検査[検査日](翌日) 陽性判定 [判定日] → 新規陽性の日付は [判定日]

となり、実際にPCR検査をした日からは、少なくとも1日ずれてしまう のである。

この数字をそのまま用いて、例えば日別の陽性率などを計算しようとすれば、実態とはズレた数字になるので、
新規陽性者数の日付は、1日前にずらして補正 し、PCR検査日と揃える必要がある。

で、実際に1日分にずらして補正したグラフが以下。

PCR検査数減少のピーク と、新規陽性者数減少のピーク が、きれいに揃ったことが分かる。

 

 

更に以下は、日付の範囲を 2021/4/11~7/11(※)に拡大したグラフ。(※7/11までにした理由は後述)

 

こうしてグラフを見て頂ければ、

PCR検査数 新規陽性者数 の相関関係を探るためには、
新規陽性者数の日付を一日ずらした方 が適切であることは、ご理解頂けると思う。

 

さてその上で、(※)のグラフを ~7/11までに限定した理由です。

ご存知の方はとっくにご存知でしょうが、
どういう訳か厚生労働省は、7/12以降、PCR検査数に新たな検査機関、

「民間検査会社(主に自費検査)」

の項目を加え、検査の母数を大幅に上乗せしました。

正直この上乗せ分については、厚労省ホームページ内の解説・注釈をみても、
どうにも舌足らずで、データの取り扱いについて困惑するところでもあります。

少なくとも、~7/11以前7/12以後~ のデータを、全く同じ枠組みで扱うわけにはいきません。

しかし、この辺り解説し出すと、更に話が煩雑になりますので、
今回はひとまずここで締めさせて頂き、次回以降と致します。

 

今回使用したデータです。(次記事用のグラフも同梱です。)

OGPイメージ

厚労省OPD pcr_case_daily_20210925_解析中01.xlsx

Microsoft Excel Workbook