駅降り：丸ノ内線（大手町－池袋）

大手町は相対式で両端にコンコースがある。ホームの真ん中には半蔵門線コンコースへ降りるエスカレーターがある。南側コンコースからの出口は２ヶ所、アーバンネット大手町ビルの前にある東側出口は刃物のような上屋を持つ。また、南側コンコースからは改札外通路が延び、東西線コンコースや千代田線コンコースへの向かうことができる。北側コンコースからの出口は３ヶ所、農協ビルなどの１階に出口がある。

淡路町は相対式、御茶ノ水寄りにホーム別の改札があり、両ホームは改札内通路で結ばれている。改札内通路は大手町寄りにあるので、方向を間違えると１編成分歩くことになる。出口は、外堀通りと靖国通りの交差点に分布、池袋方面ホームに通じる西側からは２ヶ所、荻窪方面ホームに通じる東側からは３ヶ所ある。池袋方面改札の目の前には、都営新宿線小川町駅の改札があり直接ホームへ降りることができる。荻窪方面ホームからは階段を降りてから、都営の改札を経由することになる。

ＪＲ中央線をアンダークロスすると、明かり区間に出て神田川を渡る。御茶ノ水は相対式、ホーム別に改札があり、両ホームは淡路町寄りの改札内通路で結ばれている。この通路はなぜか広くホームの幅ぐらいある。池袋方面ホームの改札コンコースは神田川の崖から出っ張っており、出口は御茶ノ水橋に面している。ＪＲの駅はこの橋を渡った向こう側である。荻窪方面ホームの改札は本郷三丁目寄りにあり、出口は東京医科歯科大学の下にある。コンコースのエレベーターは医科歯科大学の構内まで延びている。

本郷三丁目は相対式、駅舎は地上にある。駅舎は改良され、天井の高いところにアーチ状にテントが張ってある。出口は駅舎の両脇、改札の前にはナチュラルローソンが入居している。向かって右側出口から雑居ビル街を歩くと本郷通りに抜け、２回左折すると春日通り沿いの大江戸線の本郷三丁目駅にたどり着く。

周辺の土地が下がると、地上に出て高架を走るようになる。白山通りをオーバークロスすると、文京区役所とラクーアの間を通過、さらに千川通りをオーバークロスして、相対式の後楽園に到着する。改札はホーム下コンコースにある他、メトロピア専用改札が池袋方面ホームの本郷三丁目寄りにある。ホーム下の改札内コンコースからは、南北線コンコースへのエスカレーターが降りているが、南北線は地下深いところを走るので、乗換えは時間がかかる。コンコースは周辺の土地より半レベル上にあり、出口は東方向に２ヶ所、南方向に２ヶ所ある。南方向への出口のうち一つは、東京ドームへの歩道橋につながっている。北側には出口がないものの、公園が整備されている。

左手に電留線を見ながら、緩やかな右カーブでトンネルに入る。トンネルから出るとしばらく掘割を走行、左側の車庫が集約するとまもなく相対式の茗荷谷に着く。後楽園寄りは掘割だが、新大塚寄りはトンネルになっている。コンコースは９階建てビルの１階、改札は東西２ヶ所ある。西側改札の方がメインで春日通りに面している。駅ビルは周辺ビルに溶け込んでいるので、地下鉄の看板がなければ駅だとわからない。東側改札は狭い道に面しており、周辺は住宅街になっている。

新大塚は相対式、改札はホーム別で、池袋方面は茗荷谷寄りに改札がある。両ホームを結ぶ連絡通路は設置されてない。改札１ヶ所につき出口は１ヶ所ずつ、出口は両方とも最近改築されたもので、地上までエスカレーターが整備されている。２ヶ所の単独出口は五辻の交差点の周りにあるので、両出口の間は横断歩道を３ヶ所渡る必要が出てくる。

池袋は島式、改札内コンコースは３ヶ所あり、東武東上線の改札周辺、ＪＲと西武百貨店の間、東口の駅前広場の地下に出られるようになっている。有楽町線は南コンコースの下にホームがあるので、改札を出てアセリアロードやオレンジロードを経由する必要が出てくる。新線（副都心線）も西側改札を一度出てからの乗換えとなる。