次世代燃料を作る未知微生物 16srRNA系統図とは？

実は昨日書いていたんですけど、またしてもブラウザの戻るボタンを押してしまい、きれいさっぱり消えてしまいました。
ということでリベンジ。

今でも微生物の存在は地球にとってなくてはならないものですが、私たちの未来を担う存在でもあるのです。

世界で初めて微生物によるメタンハイドレート形成過程の解明に糸口 平成18年2月6日発表　独立行政法人海洋研究開発機構

「燃える氷」作る微生物、国際チームが初めて確認 (読売新聞) - goo ニュース


・・・・・・・・・・・・・・要約すると・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
１．次世代の燃料として期待されている「メタンハイドレード」は、どうやら生物が生成した形跡がある。

２．メタンハイドレードに関係する生物は今まで知られていなかった。

３．メタンハイドレードが存在する海底の堆積物を取ってきて、その中にRNAがあるかどうか調べた。

４．RNAの調査は、微生物の進化系統図を作成するときに用いられる「16s rRNA系統解析」を用いた。

５．系統解析ではこれまで知られていないデータが得られ、未知の微生物が存在する可能性が示唆された。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・


さて、この中で出てくる16s rRNA系統解析。なんのこっちゃわからない方も多いのでは？
これはつまり微生物の進化を調べるときにとても都合のいい解析手法なのですが、なぜ都合がいいのかわかりやすく説明してみようと思います。
その前に、ｒRNAとはなんだろう、というところから行ってみましょう。

◆rRNA　リボソームアールエヌエー　（ribosomal RNA）

RNA・・・リボースを糖として持つ核酸。rRNA、tRNA、mRNAが主なほか、snRNA、snoRNA、gRNA、miRNAなどがある。
ｒRNA・・・リボソームを構成するRNA。RNA全体から見て8割を占める。
リボソーム・・・
　　　　　　　真核生物と原核生物で大きさが違い、それぞれ大きなユニットと小さなユニットが結合している状態。
16s rRNA・・・・原核生物の小さなサブユニットは、沈降定数16S のリボソームで構成されている。

ところで何故16S rRNAで進化のことがわかるのでしょう。
16S RNAは比較的保存性が高い核酸で、保存性の高い部位と比較的変異のある部位があり、比較するに必要十分な長さとして存在し、更に細胞内にたくさん存在するから楽なんです。

そして、一番重要なこと。
微生物は培養する条件に実に敏感です。
ちょっとでも温度が不適切であったり、なければ増殖できない物質が足りなかったり、果ては栄養が極限まで少ないところでないと生きることが出来なかったり、そういうことが原因で培養が不可能なことが多いです。
未知の微生物となると、その適正な培養条件がわかりません。
そこで、拾ってきた土の中に微生物がいる（いた）かどうか、16S RNAを調べ、推測することが出来るのです。
16S RNAは系統図を作成するときにも役立つものですから、今まで系統図化されてきた微生物との相関図も作成することができます。

保存性が高く残っているRNA。
それだけ全ての生き物の中で重要な役割をもち、しかも無駄なものを省いているということですよね。
生物は詳しく見ればみるほど、興味深いものです。

久しぶりに！
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出血熱性ウイルス流行

眠れずにニュースなぞ見ていたらとんでもない記事があった。
アンゴラ、マールブルグ・ウイルスで96人が死亡 (ロイター) - goo ニュース
2005年03月23日(水)
アンゴラ、マールブルグ・ウイルスで96人が死亡
　［ルアンダ　２２日　ロイター］　アンゴラと国連当局者は２２日、アンゴラ北部でマールブルグ・ウイルスに感染したことが原因で９６人が死亡したと明らかにした。
　マールブルグ・ウイルスは、出血性の熱を呈する「高病原性」かつ「高伝染性」のウイルスで、致死性の高いエボラ出血熱と同じ型。体液を通じて感染するが、感染はこれまでほとんどなかった。
　感染は、死者が出ている北部のウイジェ州から拡大する恐れが出ており、当局者はロイター通信に、「潜伏期間は２１日なので、近隣の州や、特にルアンダで調査を強化する必要がある」と語った。
　ウイジェ州では、これまでに１０７人が感染し、９６人が死亡している。このウイルスに対する治療法は、確立していない。


マールブルグウイルスは、太さが約80nm、長さが約800nmの紐状のウイルスで、エボラウイウルスとは同じフィロウイルス科。

現在までに感染した例は、
1967年　ドイツのマールブルグ、フランクフルト、ユーゴスラビアのベオグラードで
　　　　ワクチン製造のためにウガンダから輸入したアフリカミドリザルが感染源で
　　　　感染者は31人、7人（23％）が死亡
1975年　南アフリカで感染者3人、1人死亡。
1980年　ケニアにて感染者
1982年　南アフリカ
1987年　ケニア
1999年　コンゴ
これまでに感染経路などが特定されておらず、接触感染はもちろん、飛沫感染もあるのではないかと言われています。
ワクチンもまだ開発されていません。
これまでの感染例から、致死率は１次感染で30%といわれていました。
ところが、今回は実に90%近い致死率です。
もともと、このウイルス、サルにおいては致死率が100%だというデータは明らかになっていました。
ウイルスの性質が変化している可能性が高いのではないかと思っています。
サルにおいて感受性が高かったウィルスが、人間に感受性が高くなるように変化したウィルス。
ウィルスの変異は容易です。
感染者が3桁まで拡大した今回の感染、更に拡大しないことを祈るばかりです。

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昨日の答え

昨日の「ジャガイモの実は何色？」の答えを。
書かないで寝てしまうところでした。危ない危ない。

答えは「紫色」「黄緑色」。
2つの回答があるとは反則でしたか…。（笑）
私が実際に見た事のあるものは紫色の実です。
しかしどうやら黄緑色になる品種もあるよう。
ピーマンが赤やオレンジと色とりどりなのと一緒なのか、はたまたナスに近い品種が紫色になるのか。
トマトの実も赤やオレンジ、最近では黄色のトマトも品種改良で出てきていますね。
トマトならフルーツ感で美味しそうに感じるものですが、ナスが赤やオレンジになるところを創造すると…あんまり美味しくなさそうですね、（笑）

ちなみにジャガイモの実は熟していない時には毒（アルカロイド系）がありますが、熟すとまぁ食べてもいいかなぐらいの味になるとか。
戦中はよく食されたようです。
一週間に4・5個までなら食べても毒にあたらない確率が高いそうです。

ジャガイモの実は何色？

ぬぬー、最近ブログのネタが思い浮かばず、不調です。
仕事もなんだかデスクワークばかりで調子が出ておりません。新しい実験を進めている時は元気なのになぁ。


今日は「ジャガイモの実」をテーマに。
本当は「ジャガイモに実があるって知ってます？」ということをブログにしたかったのですけど、Googleで検索してみたら、結構実が出来たよって言ってる人が多かったのです。

知らない方の為に少し解説。
ジャガイモはナス科の植物です。花の形を見ると良くわかります。
ナス科の植物は他にトマト、ピーマン、トウガラシがあります。
なんだかみんな似ても似つかないような実ですが、ピーマンを小さくするとトウガラシだって言う連想は出来ますね。
色も形もそれぞれ違っていますが、最初は緑で熟すと異なり、トマトはご存知のように通常は赤で丸く、ピーマンは黄色や赤（これはパプリカと言われて食べたりしますね）、トウガラシは赤で細長く中が空洞です。
ナスは通常熟すと紫色で、細長く中は詰まっています。
さて、ジャガイモですが、ジャガイモは普通、食している根（塊茎なので本当は茎なのだけど）から増やして栽培するのですが、ちゃんと花が咲いて実も出来るんです。
実ができる個体が多い品種、少ない品種とあるのですが、原種に近いものの方が実が出来やすいという傾向があります。
人間によって栽培されている間に実をつける能力が衰えてしまったのですね。
ジャガイモの実は、当然花が咲いたあとにできるのですが、形はまるでミニトマトのように小さく丸いです。やはり最初の時期は緑色です。

この緑色の実、Googleでイメージ検索すると、たくさん出てきますが、何故か熟した画像というのは表示されていません。
ということで熟した色は何色か、というのを今日のテーマにしました。

答えはまた明日！
よかったらコメントに予想をお答えください！（笑）

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生物の鎧

またしてもやってしまいましたよ、昨日・・・。
書き込み中に思わず違うリンクをポチっとな・・・。
気づいた時にはもう遅し。。。きれいさっぱり消えてなくなってました。
気を取り直して再編集です。

さて、今日は「生物の鎧」。
鎧といえば、亀の甲羅やカタツムリの殻、貝の貝殻、そして昆虫やカニなどの外殻部分。
亀の甲羅はカタツムリ、貝の貝殻の成分は主に炭酸カルシウム。
（炭酸カルシウムといえば培地に入れて酸を中和してくれる役割としてのpH調整剤を思い浮かべる私）
今回焦点に当てたいのは昆虫やカニなどの外殻。
甲殻類の外殻は、炭酸カルシウム30％、キチン30％、タンパク質30％くらいの割合で含まれています。
キチン・・・実は私が注目したかったのはこの物質。
キチンと言うのは、糖が連なった形をとっている、いわゆる多糖類。
（もっと詳しく言うとN-アセチル-D-グルコサミンがβ1,4結合した重合体）
実は外殻を分解する時に、塩酸（酸性）で炭酸カルシウムを溶かし出し、水酸化ナトリウム（アルカリ性）でタンパク質を溶かし出し、最後に残るのがこのキチン。
キチンを分解した時にできるのが、一昔前に流行っていたキトサン。
キチンやキトサンは人間が分解できないもの。
同じ多糖類の食物繊維も分解できませんよね。
だから、いうなればキチンも繊維。
ちなみにキチンはイカやタコの軟骨の成分でもあります。
つまり硬いので、生物は自分の身体を支えるために（支持体として）利用しているのですね。

キチンを鎧として利用しているのは、何も動物に限ったことではありません。
実は藻類や、カビも利用しています。
カビの細胞壁はセルロースではなく、キチンなのです。
高等植物になるとセルロースになりますが、つまりは太古の昔から自分を守る鎧として使われていたもの。

次のブログでは、カビのキチンに焦点を当てた話題にしようと思います。


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