海で暮らす単細胞生物だったミニオンたちは、種別関係なしに最強最悪の主に仕えることを生きがいとし、地球史の中でティラノサウルス、原始人、エジプトのファラオ、吸血鬼、ナポレオンといった様々な悪党や実力者に仕えてきた。だがミニオンたちの主となった者は皆、彼らが起こしたアクシデントに巻き込まれ、ことごとく死んでいった。仕えるべき主を次々と失った彼らは、偶然見つけた氷の洞窟内に居場所を移し、新しい生活を始めようとするものの、主(ボス)のいない生活にやる気をなくしていた。1968年、こうした状況を改善すべく立ち上がったケビンは、仲間のスチュアートやボブとともに、新たなる主を求めて旅立ち、ニューヨーク市へたどり着く。そこで彼らは、フロリダ州オーランドで“大悪党大会”が開かれていることを知って会場へ向かい、大悪党スカーレット・オーバーキルと出会う。ケビンたちをイギリスのロンドンへと連れてきた彼女は、彼らにエリザベス女王から王冠を盗んでくるよう指示を与える。彼女は王冠を手に入れることにより、自分がイギリスの君主となることを目論んでいたのだった。早速ケビンたちはスカーレットの指示通り王冠を盗もうとするが、その際ボブが偶然伝説の剣エクスカリバーを引き抜いてしまい、ボブはイギリスの国法に従い、新しいイギリスの君主として即位してしまう。これを知ったスカーレットは、ケビンたちが裏切ったと思い込む。ケビンたちはスカーレットをなだめるため、ボブに国法を改憲させ王位を譲渡するものの、スカーレットはケビンたちを王室の地下牢に閉じ込めてしまう。そこから脱出したケビンたちはスカーレットの戴冠式に潜入するが、そこで彼女の頭上にシャンデリアを落としてしまい、怒りを買う。彼女の手下の悪党たちに追い立てられ、取り押さえられるスチュアートとボブ。一方、ケビンは逃げのびた先で謎の装置の中に入り込んでしまい巨大化。スチュアートたちを助けるべく、スカーレットの元へ向かう。ケビンはそこでスチュアートたちを救い出す事に成功したものの、スカーレットの放ったミサイルを飲み込んでしまい、彼女もろとも爆発。生還し元の姿に戻るのだった。その後、エリザベス女王に王位が戻されるが、その最中にスカーレットが乱入し、王冠を強奪し立ち去る。そこへさらにグルーが現れ、スカーレットを冷凍光線銃で氷漬けにし王冠を盗み去っていく。ミニオンズたちはグルーを新しい主(ボス)とすべく、その後を追うのだった。
