「シン・エヴァンゲリオン：Ⅱ」物語

「シン・エヴァンゲリオン」

“冒頭”

「Q」から
～数日後～
シンジ、「Q」での悪夢にうなされる。
アスカ、起きる。
アスカ、シンジに膝枕をし、母親のような優しい笑顔で頭を撫でる。
シンジ、安らかな寝顔になる。
レイ（黒）興味深く見ている。

翌日。
アスカ、シンジの手を引いて、合流ポイントに向かう。
「ネーメジス・シリーズ」襲来。
シンジとアスカの手が離れ、シンジ吹っ飛ぶ。
アスカ、レイ（黒）、超人的な身体能力で躱す。
シンジ体育座りでほとんど無反応。
シンジ、「ネーメジスシリーズ」に殺されかける。

・・・そして、目を瞑って、開けるとエヴァ（７号機）が自分を守って戦い、
「ネーメジス・シリーズ」撃破。

エヴァのパイロットとアスカ口論。
シンジ目に光が戻る。

「・・・・・・とう、じ？」

トウジ笑う。

「ひさしぶりやな。シンジ」

「シン・エヴァンゲリオン　final」タイトル

“ヴィレ本部”

シンジ、ヴィレ本部へ。
シンジ、加持さん、ケンスケ、ヒカリと再開。
シンジ目に生気が、そして、だんだん元気になる。
シンジ、ミサトとアスカの真意を知り、和解。
シンジ、しばらくここで（数か月）を過ごし、少しずつ元気になる。

１４、１５、１６号機完成。

ヴィレ、南極大陸に眠る２本目の「カシウスの槍」を取りに行き、「ファイナル・インパクト」、そして人類補完計画を止める為に、２本の「ロンギヌスの槍」を破壊し、世界を再構築させないように計画。
レイ（黒）が第１３号機に宿っている、第１２の使徒と和解。協力を取り付け、第１３号機をヴンダーの新たな、そして本来の主機のエンジンにし、最後の空席にレイ（黒）が乗り、共に戦うことになる。
またレイ（黒）によって、レイ（二人目）が初号機の中で生きている事をシンジ達は知る。
ミサト達、シンジに初号機に乗って、もう一度自分達に協力してくれるように、シンジに頼む。
シンジ、拒否

「嫌だ！！もう…もう、エヴァには乗りたくない！！！」

…トウジ、シンジを殴り、自分の想いをシンジにぶつける。

シンジも殴り返して、今までの苦しみを吐露する（アスカも蹴りを入れる）。
お互い言いたいことを言った後に、ケンスケがトウジ、アスカの言いたいことを翻訳し、フォロー。
シンジ、涙を流し、もう一度乗ること、そして、罪を背負って生きていくことを決意し、加持から、ミサトの十字架を譲り受け、首に掛ける。
そして今までに無いほどの硬い、そして、確たる意志をもって、

「行きます。一緒に」

と言う。

そして、初号機に乗り込み、レイ（二人目）と会話、もう一度エヴァに乗ることを伝え、レイ（二人目）に感謝をし、そして、それを知ったレイはシンクロを再び出来るようにし、こうして、シンジは初号機と再びシンクロ可能に。
そして、シンクロ率は驚異の２００％を常時超えるほどになり、またレイのおかげで、「疑似シン化第一覚醒形態」を人に戻れなくなるリスクを負わずに、シンジの意志でいつでも発動可能になる。

そして、初号機にシンジ、８+２号機にアスカとマリ、７号機にトウジ、１４号機にケンスケ、１５号機にヒカリ、１６号機にマイ、そしてAAAヴンダーにミサト達がそれぞれ乗り込み、加持と２人の子供、アスカの義母、そして沢山の人々の想いと共に見送られ、発進する。

…そして、物語は始まりであり、終局の地でもある、南極大陸でシンジ達は壮絶な最終決戦に挑む。
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
（最終決戦その１へと）つづく