100%CGで製作するならば、FlashやAfterEffects, Apple Motionのような動画作成ソフトを使うのが一般的です。またBlender, Lightwave、3dsMaxなどの3DCGソフトを使用するケースも多いです。 また、Quartz ComposerやProcessing, openFrameworksなども近年、盛んに用いられています。 また既存映像作品(ビデオやテレビ)の一部分をキャプチャーして、自分の味付けでリミックスするというサンプリング手法もあります。(元となる映像の権利 所有者の許可がなければ違法ですが)
作った映像をVJソフトでスクリーンに映すには？
プロジェクタでスクリーンに映し出します。パソコンからモニタにつないでいるHDMIやDisplayport, DVIなどのインターフェースでプロジェクタに繋ぐ形がいいでしょう。
どのくらいのマシンスペックが必要？
特別に高いスペックが必要なわけではありません、7万円程度のありふれたPCで十分ですが、スペックが高いに越したことはありません。また、ディスクリートでAMD(ATI)やnVidiaビデオチップを搭載した物を選ぶとより良いです。