【あらすじ その2】
《沖の鳥島～伊401船体修復～》
生徒会艦隊を振り切った伊401はヒュウガが隠し持っていた最後のナノマテリアルを補充するため沖の鳥島跡に向かいます。
一方、硫黄島にいたタカオに群三は、日本に行って政府の高官に会って欲しいとお願いされます。
「群三のお願いなら聞いてあげてもいいよ。」と、いつものツンデレ対応。しかし、タカオには横須賀でもう一つ、訪ねたい場所があったのでした。
沖の鳥島には大破し二つに折れた日向の無残な船体が。ヒュウガのナノマテリアルが伊401を修復していきます。
《横須賀の海洋学院、横須賀港～タカオと上陰次官補》
タカオは群像の在籍生徒台帳を探すため、海洋学院の生徒になりすまして侵入。（なぜかメガネをかけています。）外部からアクセスできなかった様子。
タカオにとってこれが本当のお目当てでした。
「彼のデータは、このタカオのアーカイブズにしっかりと保存しましたからね。」と、ご満悦。
タカオはその後、上陰次官補に会って振動弾頭の解除コードキーを渡します。ただし、群三のメッセージは「群三達が、霧の総旗艦と交渉するまで時間を稼いでもらいたい。早まって霧への攻撃をしないこと。」と。
そこへ突然、海底から、まさかの重巡高雄が現れます。ヒュウガは、要塞化した硫黄島のナノマテリアルを今度は高雄の復活に使用し、迎えにきてくれたのでした。
タカオは「これで、自分の意思で行動できる。群像も自由にやれと言ってくれた。」と、２人で港を出発します。
タカオが今、なすべきことは…。
高雄の甲板では、「なぜ、自分の船体修復に使わなかったの？」とタカオ。
ヒュウガは「兵器として戦うことが怖くなったのかしら。」とヒュウガ。
《ウラジオストク～伊401補給～》（なぜか、ウラジオストクの字幕や劇中のセリフには出てきませんが、ここはウラジオストク。）
船体の修復が終わったイオナ達は、衣料品などの補給のため廃墟となっているウラジオストクに寄港。（クレーンはなぜか動いてます。）
ここで、群三と街に買い物に出たイオナは、ショーウインドウに「ブローチ」を見つけます。
そのブリーチに描かれていた顔は、イオナの記憶の断片に残るヤマトの横顔に似ていたのです。
群像には、「ブローチは、いらない。」と言いますが、買ってもらいます。（ムサシがショーウインドウに置いておいたのか、それともヤマトからのメッセージなのか、わかりません。）
イオナは街で偶然ムサシを発見、群像には告げずに一人でムサシのあとを追いかけます。
教会で出会ったムサシは、
「こんにちはヤマトのお人形さん。あなたは、ヤマトが沈没した際に彼女のコアで作られた人形なのよ。
人間が大好きなヤマトは、人間が全滅しかけたら出てきちゃうのかしら。あなたを殺して・・・」
ムサシの過去の記憶にアクセスさせられたイオナがみたものは…
千早翔像の和平への呼び掛けにより、大和は翔像の乗る海自潜水艦を受入れ、霧の艦隊で初めて人間の姿と感情を取り入れた『メンタルモデル』を作り、話し合いをはじめます。（ムサシが２番目のメンタルモデル。）
「君たちは兵器だからといって必ず戦わなければいけないことはない。他に生き方を考えればいい。」
「それでは、翔像さんは、なぜ、誰のために戦っているのですが。」
「私たちは、家族のために戦っている。」と、妻と息子の群三の写真を見せます。
「私にとって家族とは、ムサシのことですね。そして我々を作るきっかけを与えてくれた翔像さんはお父さんですね。」
翔像は、和平交渉の成功が見込めそうだと、本国に無線連絡をいれるため、一旦、潜水艦に戻りましたが、霧に恨みのある強硬派の部下と争いになり、射殺されてしまいます。
父のように慕っていた翔像を殺された恨みと怒りを抑えられないムサシは、考え方を変え、海自潜水艦を沈めます。。
「ヤマトも嫌い、みんな大嫌。」と自暴自棄に。
そして、映画冒頭のシーンへつながります。
霧の艦隊の命令、つまり「アドミラリティコード」は、ながらく途絶えてました。今は、超戦艦級の二人の協議により発令されていたのでした。
ヤマトがいなくなった今、ムサシがアドミラリティーコードを発令、コンゴウも、ヒエイもそれに従っていたのです。
教会で気絶しているイオナを発見した群三は伊401へと連れて帰ります。
群像に何があったんだ。と聞かれるイオナですが、全てを話したイオナですが、
「どうしてムサシは、人類への降伏勧告を行ったのだろう。」と群像。
自身の出生のことは話したくないイオナ。「わからない」と、
人間が大好きなヤマトなら、人類がピンチになればイオナの殻から出てきて、再度、ムサシに前に現れる。そしたら、自身が消えてなくなるなんて。初めて群像に嘘ついたイオナ。
群像達は、北極海へ出航します。