【あらすじ その3 】
《ウラジオストクから出航》
ヤマトのコアが復活した時、イオナ自身は消滅してしまうと知ったイオナはふさぎ込んでしまい、伊401の「機能」を停止させてしまいます。
伊401が霧の機能を失った本当の理由を知らない群像達。ただ、イオナは連戦で疲れたのだろう。
イオナの力を借りず、自分達だけで操艦し霧の総旗艦ムサシの待つ北極海を目指します。
「それぞれ、今、自分がなすべきことを、なせ！」群像以下クルーは出航します。
《ヒュウガの仮想空間》
いきなり仮想空間に呼び出されたキリシマとハルナ。そこには、ヒュウガとタカオが。
「イオナ姉様の機能が停止した。」とヒュウガ。
「みんなの助けが必要。」と。
しかし、キリシマ達は「今は、蒔絵を守らないと。蒔絵を戦闘に巻き込むことはできない。」と断ります。
「それも、自分の意思よね。」とヒュウガは納得します。これが変化というものか。
《ベーリング海での戦い～蒼き艦隊VS生徒会艦隊～》
北極海へ出るには、米露国境のベーリング海峡を突破しなけれがいけません。
群像の目的地が、ムサシのいる北極海だとの情報をムサシからつかんだ生徒会艦隊。
「海峡の中間に位置するダイオミード諸島。この東西どちらの海峡を通ろうと、迎え撃てる地点、我々はここで阻止します。」と島の北側で待機する作戦を生徒会会議録ノートに示すヒエイ。
ナチのソナーに発見されないように、海流の流れにのり、エンジン出力を最小限に抑え無音潜航により、海溝を進む伊401、ピケット艦の長良級軽巡の哨戒ラインを突破、狭い海溝を通過しクルー達が一旦一息ついたその瞬間、流されてきた「小石」が船体に当たります。
「コ～ん」
「ん。なんか当たったかな。（汗）」と杏平。
「伊401の位置を捕捉。」と冷静にヒエイに報告するナチ。
今度は艦隊を連携させて戦います。各艦からミサイルによる飽和攻撃により伊401を圧倒します。
イオナの力を借りず、自分たちで防戦する群像たち。
しかし、圧倒的な火力の前に苦戦します。
「伊401の戦力の80%を奪いました」と、ナチ。
ミョウコウはスナイパー。長射程のロングレンジ砲でトドメの一撃の準備をします。
伊401にとって最悪のピンチにタカオとヒュウガのが乗る重巡高雄が、「イオナ姉様～。駆けつけました。」と、ヒュウガ。「何言ってんの。ミョウコウの射線を追って見つけたくせに。」とタカオ。二人の掛け合い漫才のようなセリフが映画を盛り上げます。
さらにキリシマとハルナ に蒔絵艦長が座乗する戦艦（戦艦キリシマ・ハルナ合体戦艦）が加勢します。「トモダチがピンチなのに助けるのは当然。」途中で、長良級軽巡のナノマテリアルで艦を作って北極海へ到着したのでした。
我々は「蒼き艦隊。これよりこの海域を突破してムサシの待つ、北極海へ向かう。」
「私は、あなたがたを退学とします！」とヒエイ。
「入学した覚えは無いわよ！」とタカオ。
ヒエイは定型陣で陣形を崩さず反撃に移行します。しかし、アシガラ、ハグロはバラバラで攻撃します。
ハグロは、超重力砲に引換え、高速巡航型に改良されていました。加速ブースターで海域を走り回りキリシマ.ヨタロウの照準が追いつきません。
今度は、アシガラがモリで攻撃、苦戦。ヒュウガが高雄に新たに搭載した新型兵器「掘削ドリル」で対抗。
「限られたナノマテリアルでは超重力砲の装備は無理。硫黄島の地下掘削ドリルを転用するしかなかったのよ。うふっ」
タカオは「こんなのカッコ悪い～やだ。私の美学に反する。」と。
一方、ドリルで対抗するヒュウガに、アシガラは「カッコいい。敵も、なかなかやるな。」
ミョウコウは、長射程のロングレンジ砲に、スポッターのナチからもらった照準データを基に射撃します。
しかし、蒔絵もこれに対抗してクラインフィールドで防御。
最後には、部下たちのふがいない戦いに業を煮やしたヒエイは、「私の射線を開けなさい。」と超重力砲で撃破を試みます。
「あなた達さえいなければ、私達は幸せだったのに。」
ヒエイが求めていたのは、変化なんてなくてもいい、自由なんかなくてもいい。規則に縛られていても、幸せな毎日で充分だったでした。
ところが、「東側に配置していた軽巡がやられました。」とナチ。
そこにコンゴウ登場。
今回の劇場版第二作では、ＴＶ版より衣装もドレスアップ。
甲板には最後まで信頼していた最愛のマヤが好きだったグランドピアノ。
自由な生き方を知ったコンゴウと、アドミラリティーコードの規則に従うヒエイの大戦艦級同士の殴り合いの喧嘩になります。
「コンゴウ、あなたの排除を最優先とします。」ヒエイは、任務より感情を優先します。アドミラリティーコードに反する行動。
戦いのさなか、イオナとコンゴウは(仮想空間の）コンゴウの「お茶会」で再会します。
ふさぎ込んでいるイオナを心配していたコンゴウ。
「私はヤマトのバックアップだった。
ヤマトが復活して私はなくなるの。」と、告げるイオナ。
「おまえが、そんなことでは戦っているわれわれも、せいがないではないか。」
「自分の意思で生きて行くことを教えてくれたのはおまえではないか。」
「たとえ、おまえが、消えても私たちの心の中に生き続ける。」と激を飛ばすコンゴウ。
その言葉に勇気づけられた伊401は再起動、クラインフィールドも稼動します。
復活した伊401はフルバーストでこの哨戒線を突破。
「ナチ、401を見失わないで」とヒエイ。
しかし、「ナチの索敵範囲外へ離脱。」とナチ。
完敗の状態に、甲板にひざまずくヒエイ。
伊401は、ムサシの待つ北極海へ。
《北極海～ムサシVSイオナ覚醒ver》
北極海に到達した伊401は、大和の残骸を発見します。
そこへ、いきなりムサシの超重力砲をお見舞いされます。
「沈めてあげる。」
伊401のピンチに、イオナは船を飛び出し甲板に上がります。
大和の残骸からのナノマテリアルに覆われていく伊401。
伊401は、超戦艦大和に覆われます。（通称イ401combined;ヤマト）（映画のイラストには、ちゃんと内部には伊401の姿が描かれています。群像達は大和の艦橋にいるわけではありません。伊401のセイルは大和の副砲塔の場所にあります。)
イオナは覚醒し（通称イオナ覚醒ver）（ウエディングドレス仕様とも）、首元にはウラジオストクで買ってもらったブローチが。
イオナの心の強さを持ったヤマトといった感じ。
イオナとムサシは、仮想空間で対面します。
ムサシは、「ヤマト、そんな人形から早く出てきなさい。もう一度、沈めてあげる。」と。
父のような存在の翔像を殺した人間が嫌い、その人間が好きなヤマトも嫌い。一方で姉にしか気持ちをぶつけられないムサシ。
そんな気持ちが交錯する中、現実世界で二隻の戦闘は激化します。
映画の冒頭の戦闘場面では、ムサシを説得することを諦めたヤマトでしたが、ヤマトの気持ちをわかっているイオナは、真っすぐな心で本気でムサシとぶつかり合ってムサシの心を開かせようとします。
姉妹は本気でぶつかり合ってこそ、分かり合える。
現実世界では、群像の巧みな操艦により武蔵の直上から大和は超重力砲を発射。
武蔵を轟沈させ、大和はそのまま体当たりします。
静は艦内モニターを見ながら「ムサシメンタルモデル、消滅します。」と。
艦内は静まります。
《エンディング》
ヤマトの意思を悟ったイオナは、霧の艦隊に対して
「これからは命令に縛られずに、各自の判断で自由に行動していくことを告げます。」
「これが最後のアドミラリティーコードである。」と。
各艦は戦闘のさなかこの命令を聞きます。
メガネを外したヒエイは甲板にひざまずきます。
甲板でつかみ合いの喧嘩をしていたタカオとアシガラも。
その言葉を残して大和も沈没していきます。
甲板に残ったイオナを見つけた群像。
追いかけますが、寸前のどころで消えてしまいます。
「群像、今までありがとう。」
の言葉を残して。
仮想空間では、ヤマトがムサシの手を引き天国への階段を旅立って行くのでした。
どこまでも続く青い空でおわります。
《エンドロール》
ここでは、自由になった霧の艦隊のその後の姿が描かれています。
群像達を乗せて横須賀港に帰ってきたヒュウガとタカオ、これからここで暮らすのか、硫黄島基地を再建するのか。
戦闘の終わったヒエイの甲板では、魚釣りを楽しむ生徒会艦隊の面々。
振動弾頭の件で追われることのなくなったキリシマ・ハルナ・蒔絵たちは、ひさしぶりの日本に帰り、うどんをすする姿が。キリシマ食べ過ぎ。
《エンドロール後》
和平が成立したことを報告するため母の眠る横須賀の記念墓地を訪れた喪服姿の群像、「母さん、父さんを連れて帰ってきたよ。」
群像は、足元にブローチを発見、振り返るとそこに立っていたのは……。
（群像の見る先は、映りません。本当は、イオナを母さんと父さんに紹介するためにお墓に報告に来たのかもしれません。）
群像の「お帰り・・・・」の言葉で映画は幕を閉じます。
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《ここからは、ブログ管理人の非常に勝手な推測》
群像が振り返ったところに立っていたのは……
天国に旅立つ時に、ヤマトはムサシと分かり合えたことに感謝し、自分のコアをイオナに与えます。
今度は「群像に会って、群像の船になれ」という指令ではなく、自身の幸せのために群像のもとに行くように。
そこに立っていたのは、過去の記憶を失ってはいたものの、少し大人になったイオナの姿がありました。
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蒼き艦隊は、伊401を失ないましたが、今度は重巡高雄が艦隊旗艦となり、群像艦長のもと、生徒会艦隊も加わり、新たな敵に向けて再び出港します。
「我々は、なすべきことをなす。」
艦内では、イオナにヤキモチをやくタカオの姿が。