★はじめに...ネタバレ注意です。
あくまでブログ管理人が映画館で鑑賞した後、劇場パンフレットを見つつ思い出しながら書き記したものですので、間違っている箇所も多数あります。あらかじめご了承ください。
ここでは、軍艦だけを指す場合はあえて「漢字」で、軍艦及びメンタルモデルは「カタカナ」表記としています。
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【あらすじ その1】
《アヴァン・タイトル～ヤマト・ムサシの戦い～》
風になびくヤマトの長い黒髪、そこに、炎のような超重力砲の閃光が・・・
時は、「大海戦」（この世界では、人類海軍が霧の艦隊と総力を決した海戦で人類は敗北）前夜、氷に覆われた海上（北極海）でヤマトは攻撃してくる長良級軽巡から攻撃力を奪っていきます。
長良は既にヤマトの妹艦ムサシの指揮下に入っており、ムサシの命令の下、姉のヤマトを攻撃していたのです。
「何もかも、無に帰してしまえ」とムサシ。
「だめよムサシ」
ムサシからヤマトへの攻撃は、止むことなく、最後にヤマトは、ムサシからの攻撃に抵抗することを諦め、撃沈される道を選びます。
海底に沈んでいくヤマトの上をムサシに率いられた艦隊は勝ち誇ったかのうよう航行していきます。
そこにさしかかった伊400型潜水艦3隻のうち、二隻目の船にヤマトの涙の２滴が一筋の流れとなりその潜水艦を光で包んでいきます。
ヤマトは、自分が果たせなかった想いをこの潜水艦（伊401）に託して沈んでいきます。
ここで「アルペジオ」のタイトルが。
この導入部のお話しの詳細は本編でタネあかしとなります。
《本編》
《 前作、劇場版第1作のヒエイとの戦いの後・・・・》
舞台は現在に戻る・・・・
劇場版第１作のヒエイとの戦いで双方痛み分け。そこにムサシが千早翔三と共に現れ人類に降伏勧告を行った直後から本編がはじまります。
一週間以内に降伏に応じない場合は、地上も総攻撃すると。
「目的地は変わらない。俺たちは霧の総旗艦を目指す。しかし、その前にイオナを直さないと。」と群像。
「 言いたくなかったんだけど、本当に最後のナノマテリアルがあるんだけど・・・」とヒュウガ。
群像たちは、イオナの修理のためにヒュウガのナノマテリアルの隠し場所へ向かいます。
「私にも船があれば・・」と、不満そうなタカオに群像は「タカオには、別に頼みたいことが・・・」
《第64回生徒会総会》
ヒエイ率いる霧の生徒会艦隊の5名は、ヒエイの仮想空間である生徒会室に集まります。（なぜ、64回のなのか説明はありません。）
ヒエイは人間に対抗するため人間のアーカイブズに接触、「艦隊の風紀を守る」最適な方法として「生徒会システム」を参考にしました。
「人間が降伏すると戦闘はなくなるの？」
「人間は降伏勧告を受けても戦い続ける、そういう生き物なの。むしろ戦いはこれからよ。」
「我々は、霧。命令のもと戦い続けるの。そのためには、風紀を乱した伊401の行動を阻止します。みんな異論はないですね。」
「それよりこの会議、意味あるの。そもその我々には意思なんてないし。」とハグロ。
「人間に対抗するため、みんなとの協議・意思統一が必要なの。」とヒエイ。
最後に「霧の風紀は世界の風紀っ！。それでは解散。」とヒエイは生徒会総会を閉会します。
生徒会艦隊は、伊401の阻止するため2隻の部隊に分かれ、周辺海域の捜索をはじめます。
生徒会での作戦会議終了後、霧の風紀を乱したイオナと群像達。それに影響され行方不明になっている比叡と同じ金剛級一番艦のコンゴウを心配するヒエイ。コンゴウもヒエイと同じアドミラリティコードに忠実であったのに。
この不安を払拭したいヒエイは、ムサシに心の内を打ち明けたく、乗艦許可を求めます。
「私たちは霧。今のままで幸せなの。何も変わる必要はないの。」と、変化を受け入れないことが幸せだと説き伏せるムサシ。
ヒエイは、この受け入れがたい『感情』に心の揺さぶられはじめていました。
《生徒会艦隊との海戦》
傷ついた伊401をヒエイは麾下の4隻の生徒会艦隊の重巡を2隊の那智・足柄隊、妙高・羽黒隊に分けて捜索を命じます。しかし、2隊のうち、どちらが指揮権を持たせるかを決めていなかったヒエイ。これが裏目にでてしまいます。
先に、伊401を発見したのは那智・足柄隊。(那智は、超重力砲に替えて性能の高いソナー・センサー群を装備。)
「私たちラッキーだよ。」とアシガラ。
「私は、騒がしいあなたと組んで、むしろアンラッキーだわ。」とナチ。
慎重派のナチは他の2隻と合流するまで戦闘は避けるべきと言いますが、猪突猛進タイプのアシガラはそのままイルカのようにジャンプ。潜行モードに切り替え伊401を追撃。(足柄は、超重力砲に引換え、特殊な「モリ」を装備した近接戦闘重視タイプ)
しかし、群像の機転によりナチは海底から噴出したメタンハイドレードのガスにより伊401どころかアシガラの位置もロスト、ガスにより先が見えず、伊401を追いかけて海面に飛び出した足柄は那智と衝突大破し２隻とも戦闘不能に。
《海戦終了》
「やっぱりアンラッキーだったわ」とナチ。
「あんな戦い方があるのか～。」と海面でバシャバシャするアシガラ。しかし、まったく反省していない様子。
一方、生徒会室では、ヒエイ、ミョウコウ、ハグロの3名が。
「ナチたちだらしないね。」とクールな対応のハグロ。
「彼らを侮ってはいけません。」
ひとり、風紀を乱した伊401に怒りを感じるヒエイ。
あらすじその２へつづく