ストーリーやクエストなどの進行によって出現するポケモンが増えて行きます。
表は最終的なもの。
キャプチャ・アリーナ、思い出キャプチャはのぞく。
表は最終的なもの。
キャプチャ・アリーナ、思い出キャプチャはのぞく。
| ２０１ イノムー | クリスタどうくつ ヒアバレー |
| ２０２ マンムー | ミッション：アプライトさくせんかいし！のヤミヤミ団のポケモン |
| ２０３ プリン | クリスタどうくつ |
| ２０４ プクリン | アルミアのおしろ |
| ２０５ リーシャン | クリスタどうくつ |
| ２０６ ポッチャマ | クリア前のミッションでパートナーに |
| ２０７ ポッタイシ | ヒアバレー |
| ２０８ エンペルト | こおりのみずうみ |
| ２０９ デリバード | ヒアバレー |
| ２１０ ルージュラ | こおりのみずうみ アルミアのおしろ |
| ２１１ ユキカブリ | クリア前のミッションでパートナーに |
| ２１２ ユキノオー | こおりのみずうみ （ゆきのかたまり） |
| ２１３ ユキワラシ | アルミアのおしろ |
| ２１４ オニゴーリ | アルミアのおしろ |
| ２１５ ユキメノコ | アルミアのおしろ |
| ２１６ ストライク | アルミアのおしろ アンヘルビル |
| ２１７ ハッサム | アンヘルビル |
| ２１８ ミニリュウ | アルミアのおしろ |
| ２１９ ハクリュー | アルミアのおしろ |
| ２２０ ムウマ | クリア前のミッションでパートナーに |
| ２２１ ムウマージ | アルミアのおしろ |
| ２２２ リオル | アルミアのおしろ |
| ２２３ ルカリオ | ミッション：あおのいしをゲットせよ！ |
| ２２４ コータス | かざんのどうくつ |
| ２２５ タツベイ | かざんのどうくつ |
| ２２６ コモルー | かざんのどうくつ |
| ２２７ ボーマンダ | ビエンのもり クリスタどうくつ |
| ２２８ ヒードラン | ミッション：あかのいしをゲットせよ！ |
| ２２９ タッツー | ホエルオーのうみ |
| ２３０ シードラ | ホエルオーのうみ |
| ２３１ キングドラ | ホエルオーのうみ |
| ２３２ ハンテール | ホエルオーのうみ |
| ２３３ サクラビス | ホエルオーのうみ |
| ２３４ ドククラゲ | ホエルオーのうみ |
| ２３５ オムナイト | ホエルオーのうみ |
| ２３６ オムスター | ホエルオーのうみ |
| ２３７ ホエルコ | ホエルオーのうみ |
| ２３８ ホエルオー | ミッション：ホエルオーをきゅうしゅつせよ！ |
| ２３９ サボネア | ハルバさばく |
| ２４０ ノクタス | ハルバさばく |
| ２４１ ガーメイル | かいていアジト |
| ２４２ ウツボット | カバルドンしんでん |
| ２４３ ジュカイン | かいていアジト |
| ２４４ ニューラ | クリア前のミッションでパートナーに |
| ２４５ マニューラ | アルミアのおしろ |
| ２４６ ヒポポタス | クリア後のミッションでパートナーに |
| ２４７ カバルドン | ハルバさばく |
| ２４８ ドーミラー | カバルドンしんでん |
| ２４９ ドータクン | カバルドンしんでん |
| ２５０ ネンドール | カバルドンしんでん |
| ２５１ フカマル | クリア後のミッションでパートナーに |
| ２５２ ガバイト | アンヘルビル カバルドンしんでん |
| ２５３ ガブリアス | カバルドンしんでん |
| ２５４ クレセリア | ミッション：きいろのいしをゲットせよ！ |
| ２５５ バシャーモ | アンヘルビル |
| ２５６ アブソル | アンヘルビル アンヘルタワー |
| ２５７ ダークライ | ミッション：アプライトさくせんかいし！ |
| ２５８ プテラ | イノチがけ |
| ２５９ フライゴン | ハルバさばく |
| ２６０ チルタリス | ヌリエこうげん |
| ２６１ トゲキッス | アンヘルタワー |
| ２６２ ポリゴンＺ | かいていアジト |
| ２６３ セレビィ | ビエンのもり |
| ２６４ レジロック | ビエンのもり |
| ２６５ レジアイス | アルミアのおしろ |
| ２６６ レジスチル | ヌリエのいせき |
| ２６７ レジギガス | カバルドンしんでん |