ストーリーやクエストなどの進行によって出現するポケモンが増えて行きます。
表は最終的なもの。
キャプチャ・アリーナ、思い出キャプチャはのぞく。
表は最終的なもの。
キャプチャ・アリーナ、思い出キャプチャはのぞく。
| ００１ ピチュー | ナビキビーチ うみのどうくつ ビエンのもり プエルタウン スクール |
| ００２ ピカチュウ | ビエンのもり かもつせん クリスタどうくつ ヌリエかいどう ヌリエこうげん ヌリエのいせき かざんのどうくつ |
| ００３ ライチュウ | かざんのどうくつ こおりのみずうみ アルミアのおしろ |
| ００４ ビッパ | ナビキビーチ スクール |
| ００５ ビーダル | ビエンのもり プエルタウン かもつせん レンジャーユニオン ユニオンかいどう |
| ００６ スバメ | ナビキビーチ ビエンのもり スクールのみち スクール |
| ００７ オオスバメ | ユニオンかいどう |
| ００８ スボミー | チコレのこみち スクール |
| ００９ ロゼリア | ビエンのもり |
| ０１０ ロズレイド | ビエンのもり |
| ０１１ ゼニガメ | うみのどうくつ スクール |
| ０１２ カメール | ビエンのもり |
| ０１３ カメックス | ビエンのもり |
| ０１４ ズバット | うみのどうくつ スクール |
| ０１５ ゴルバット | クリスタどうくつ |
| ０１６ クロバット | アンヘルビル |
| ０１７ ゴース | スクール |
| ０１８ ゴースト | アルミアのおしろ かいていアジト |
| ０１９ ゲンガー | アンヘルビル アンヘルタワー カバルドンしんでん |
| ０２０ ミミロル | ビエンのもり スクールのみち |
| ０２１ ミミロップ | ビエンのもり |
| ０２２ ピンプク | ビエンのもり |
| ０２３ ムックル | 最初のパートナー（もしくはクリア後のクエスト） |
| ０２４ ムクバード | イノチがけ |
| ０２５ ムクホーク | チコレのこみち ビエンのもり スクールのみち ヌリエかいどう ヌリエこうげん こおりのみずうみ レンジャーユニオン かいていアジト ハルバさばく ボイルランド ブルブルキャンプ アンヘルパーク キャプチャアリーナ |
| ０２６ パチリス | 最初のパートナー（もしくはクリア後のクエスト） |
| ０２７ ゴンベ | 最初のパートナー（もしくはクリア後のクエスト） |
| ０２８ マクノシタ | かもつせん |
| ０２９ ハリテヤマ | かざんのどうくつ |
| ０３０ ウソハチ | ビエンのもり スクール （うえられたき） |
| ０３１ ウソッキー | ヌリエかいどう ハルバむら （きになるき） |
| ０３２ ナマケロ | スクール （もりのき） |
| ０３３ タネボー | チコレのこみち （もりのき） |
| ０３４ コノハナ | ヌリエかいどう |
| ０３５ ダーテング | ビエンのもり |
| ０３６ モジャンボ | スクール |
| ０３７ カラナクシ | ナビキビーチ うみのどうくつ |
| ０３８ トリトドン | うみのどうくつ かざんのどうくつ |
| ０３９ ニャルマー | ナビキビーチ |
| ０４０ ブニャット | かもつせん |
| ０４１ イシツブテ | うみのどうくつ イノチがけ （） |
| ０４２ ゴローン | うみのどうくつ かざんのどうくつ イノチがけ （ごつごつした） |
| ０４３ ゴローニャ | アンヘルタワー カバルドンしんでん |
| ０４４ ノズパス | うみのどうくつ |
| ０４５ ダイノーズ | ヌリエのいせき |
| ０４６ ミルタンク | ヌリエかいどう |
| ０４７ チェリンボ | ビエンのもり |
| ０４８ チェリム | イノチがけ |
| ０４９ コリンク | ビエンのもり |
| ０５０ ルクシオ | ビエンのもり かもつせん かいていアジト |
| ０５１ レントラー | かいていアジト |
| ０５２ ナエトル | クリア前のクエストでパートナーに |
| ０５３ ハヤシガメ | ビエンのもり |
| ０５４ ドダイトス | ビエンのもり （いどうするき） |
| ０５５ ブイゼル | ビエンのもり |
| ０５６ フローゼル | ビエンのもり クリスタどうくつ ユニオンかいどう |
| ０５７ ビードル | ビエンのもり |
| ０５８ スピアー | ビエンのもり ヌリエこうげん |
| ０５９ ミツハニー | ビエンのもり ヌリエかいどう |
| ０６０ ビークイン | ヌリエかいどう |
| ０６１ バルキー | プエルタウン |
| ０６２ コイル | プエルタウン かざんのどうくつ ユニオンかいどう イノチがけ |
| ０６３ レアコイル | アンヘルビル アンヘルタワー かいていアジト カバルドンしんでん ハルバさばく |
| ０６４ ジバコイル | かもつせん |
| ０６５ ガーディ | プエルタウン ユニオンかいどう |
| ０６６ ウインディ | アンヘルタワー かいていアジト |
| ０６７ コラッタ | プエルタウン |
| ０６８ ラッタ | プエルタウン かもつせん |
| ０６９ ぺラップ | プエルタウン |
| ０７０ エレキッド | プエルタウン |
| ０７１ エレブー | かもつせん ヌリエのいせき アンヘルビル |
| ０７２ エレキブル | かいていアジト |
| ０７３ ブビィ | プエルタウン |
| ０７４ ブーバー | かもつせん かざんのどうくつ |
| ０７５ ブーバーン | かざんのどうくつ |
| ０７６ ビリリダマ | プエルタウン かもつせん |
| ０７７ マルマイン | アンヘルタワー |
| ０７８ キャモメ | プエルタウン ボイルランド |
| ０７９ ペリッパー | かざんのどうくつ ハルバむら |
| ０８０ グレッグル | ミッション：スクールで１にちせんせいを途中でパートナーに |
| ０８１ ドグロッグ | ミッション：あやしいマシンをはかいせよ！のヤミヤミ団のポケモン |
| ０８２ コロボーシ | ミッション：あやしいマシンをはかいせよ！の後にパートナー農場に出現 |
| ０８３ コロトック | ビエンのもり |
| ０８４ ズガイドス | クリア前のクエストでパートナーに |
| ０８５ ラムパルド | イノチがけ |
| ０８６ ケイコウオ | プエルおき |
| ０８７ ネオラント | プエルおき |
| ０８８ チョンチー | プエルおき |
| ０８９ ランターン | ホエルオーのうみ |
| ０９０ タマンタ | プエルおき |
| ０９１ マンタイン | プエルおき ホエルオーのうみ |
| ０９２ ハリーセン | プエルおき |
| ０９３ サニーゴ | プエルおき |
| ０９４ ヒトデマン | プエルおき |
| ０９５ スターミー | ホエルオーのうみ |
| ０９６ サメハダー | プエルおき ホエルオーのうみ |
| ０９７ イーブイ | プエルタウン |
| ０９８ シャワーズ | アルミアのおしろ アンヘルタワー |
| ０９９ サンダース | ハルバさばく |
| １００ ブースター | かざんのどうくつ |
