ストーリーやクエストなどの進行によって出現するポケモンが増えて行きます。
表は最終的なもの。
キャプチャ・アリーナ、思い出キャプチャはのぞく。
表は最終的なもの。
キャプチャ・アリーナ、思い出キャプチャはのぞく。
| １０１ エーフィ | カバルドンしんでん |
| １０２ ブラッキー | ヌリエのいせき |
| １０３ リーフィア | ビエンのもり |
| １０４ グレイシア | こおりのみずうみ |
| １０５ メリープ | ユニオンかいどう |
| １０６ モココ | ヌリエかいどう |
| １０７ デンリュウ | アンヘルビル アンヘルタワー |
| １０８ エイパム | ユニオンかいどう |
| １０９ エテボース | ビエンのもり |
| １１０ クヌギダマ | ユニオンかいどう イノチがけ |
| １１１ フォレトス | ビエンのもり |
| １１２ オニスズメ | ユニオンかいどう イノチがけ |
| １１３ オニドリル | ハルバさばく |
| １１４ ナゾノクサ | ユニオンかいどう （なぞのくさ） |
| １１５ クサイハナ | ヌリエこうげん （くさいはな） |
| １１６ ラフレシア | ヌリエこうげん （おおきなはな） |
| １１７ キレイハナ | カバルドンしんでん |
| １１８ ヤンヤンマ | ユニオンかいどう （もりのき） |
| １１９ メガヤンマ | ミッション：アプライトさくせんかいし！のヤミヤミ団のポケモン |
| １２０ ヨーギラス | イノチがけ |
| １２１ サナギラス | ヌリエのいせき |
| １２２ バンギラス | カバルドンしんでん |
| １２３ カイロス | イノチがけ |
| １２４ ドンメル | イノチがけ |
| １２５ バクーダ | クリスタどうくつ |
| １２６ マンキー | イノチがけ |
| １２７ オコリザル | アンヘルビル アンヘルタワー |
| １２８ グライガー | イノチがけ |
| １２９ グライオン | ミッション：かいていアジトのひみつをあばけ！ミラカドのポケモン |
| １３０ クチート | イノチがけ |
| １３１ ココドラ | イノチがけ |
| １３２ コドラ | かざんのどうくつ |
| １３３ ボスゴドラ | かざんのどうくつ |
| １３４ ドードー | チコレのこみち ビエンのもり プエルタウン スクールのみち スクール ヌリエかいどう レンジャーユニオン ユニオンかいどう ハルバさばく |
| １３５ ドードリオ | ヌリエかいどう |
| １３６ マスキッパ | ヌリエこうげん |
| １３７ ヒトカゲ | スクール かざんのどうくつ |
| １３８ リザード | かざんのどうくつ |
| １３９ リザードン | かざんのどうくつ |
| １４０ マグマッグ | かざんのどうくつ |
| １４１ マグカルゴ | かざんのどうくつ |
| １４２ フワンテ | かざんのどうくつ |
| １４３ フワライド | ヌリエのいせき かざんのどうくつ カバルドンしんでん |
| １４４ スカンプー | かざんのどうくつ |
| １４５ スカタンク | かいていアジト |
| １４６ ガルーラ | ミッション：ゆくえふめいのバロウをさがせ！のヤミヤミ団のポケモン |
| １４７ カゲボウズ | かざんのどうくつ |
| １４８ ジュペッタ | カバルドンしんでん |
| １４９ サイホーン | かざんのどうくつ |
| １５０ サイドン | かざんのどうくつ アンヘルタワー ハルバさばく |
| １５１ ドサイドン | ミッション：アプライトさくせんかいし！デゼルのポケモン |
| １５２ ベトベトン | かざんのどうくつ |
| １５３ デルビル | かもつせん かいていアジト |
| １５４ ヘルガー | かいていアジト |
| １５５ イトマル | かもつせん |
| １５６ アリアドス | アンヘルビル カバルドンしんでん |
| １５７ ラルトス | かもつせん |
| １５８ キルリア | ヌリエのいせき |
| １５９ サーナイト | アンヘルタワー |
| １６０ エルレイド | アンヘルビル |
| １６１ ワンリキー | クリア後のクエストでパートナーに |
| １６２ ゴーリキー | かもつせん |
| １６３ カイリキー | かいていアジト |
| １６４ マネネ | ミッション：あかのいしをゲットせよ！でパートナーに |
| １６５ バリヤード | かいていアジト |
| １６６ スリープ | かもつせん |
| １６７ スリーパー | ヌリエのいせき アンヘルビル |
| １６８ ヒコザル | クリア前のミッションでパートナーに |
| １６９ モウカザル | かもつせん |
| １７０ ゴウカザル | かざんのどうくつ |
| １７１ ロコン | かもつせん ヒアバレー こおりのみずうみ アルミアのおしろ |
| １７２ キュウコン | アルミアのおしろ |
| １７３ スコルピ | カバルドンしんでん ハルバさばく |
| １７４ ドラピオン | ミッション：ゆくえふめいのバロウをさがせ！ミラカドのポケモン |
| １７５ ベロベルト | かもつせん |
| １７６ ポニータ | ヌリエかいどう |
| １７７ ギャロップ | ヌリエこうげん |
| １７８ キリンリキ | ヌリエかいどう |
| １７９ ケンタロス | ヌリエかいどう |
| １８０ テッカニン | ヌリエかいどう （もりのき） |
| １８１ タテトプス | クリア前のミッションでパートナーに |
| １８２ トリデプス | ヌリエこうげん ヌリエのいせき |
| １８３ ケーシィ | ヌリエこうげん |
| １８４ フーディン | アンヘルタワー |
| １８５ ヤミカラス | プエルタウン |
| １８６ ドンカラス | かいていアジト |
| １８７ ドガース | ヌリエのいせき |
| １８８ マタドガス | アルミアのおしろ |
| １８９ エアームド | ヌリエこうげん |
| １９０ ヨマワル | ヌリエのいせき |
| １９１ サマヨール | かいていアジト |
| １９２ ヨノワール | カバルドンしんでん |
| １９３ ヤミラミ | ヌリエのいせき カバルドンしんでん |
| １９４ サンド | ヌリエのいせき |
| １９５ サンドパン | カバルドンしんでん |
| １９６ ミカルゲ | ミッション：いせきのセブンをフォローせよ！で出現 |
| １９７ タマザラシ | クリスタどうくつ ヒアバレー |
| １９８ トドクラー | クリスタどうくつ ヒアバレー |
| １９９ トドゼルガ | アルミアのおしろ |
| ２００ ウリムー | クリスタどうくつ |
