カウボーイ人形のウッディは、ご主人様のアンディの一番のお気に入り。でもそれは、ずいぶん前の話。アンディはとっくにおもちゃを卒業し、もうすぐ大学に進学するためにこの家を出ていくのだ。ご主人様を失ったおもちゃたちの運命は、ゴミとして廃棄されるか、どこかに施設に寄付されるか…。そんなある日、何かの手違いでおもちゃたちはサニーサイドと呼ばれる託児施設に寄付されてしまう。「子供と遊べる！」とはしゃぐおもちゃ仲間たちに、ウッディは「アンディを信じろ」と説得するが、誰も聞く耳を持たなかった。だがそこは、おもちゃを破壊しまくる凶暴なチビッコたちが集まる、おもちゃにとっての地獄だったのだ…。アンディの家を目指してひとり脱出に成功したウッディだったが、仲間たちに危険が迫っていることを知る。アンディの元に急ぐべきか？仲間たちの元に戻るべきか？果たして、ウッディの決断は？そして、アンディの本当の気持ちは…？
