１） 小保方晴子氏のSTAP細胞論文(Nature誌のArticleとLetter）や学位申請用論文(Tissue Eng Part A誌)の多数の実験画像において不適切なデータ処理・加工・流用が疑われています。
２） さらに、STAP細胞論文には「１７行」にわたって文章の剽窃も認められ、論文の記述通りに実験を行っていなのいのではないのか？という疑惑も浮上しています。
３） また、小保方晴子氏が第一著者のNature Protocol誌の論文と、第二著者のTissue Eng Part A誌の論文においては、利益相反事項の隠蔽が疑われています。
４） また、脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚しました。小島氏は小保方晴子氏の指導教官でした。
参考記事→ 小保方晴子氏の騒動の経緯、参考サイト、報道まとめ、ブログ管理人ツイッター
論文タイトル： "Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency"
Nature 505, 676–680 (30 January 2014) doi:10.1038/nature12969
小保方晴子氏の学位取得申請に重要であったTissue Eng Part A（疑惑論文３）の実験画像においても、多数の類似性が認められており、加工（上下反転など）を行ったうえでの流用の可能性があったことも考慮すると、このNature Letterの論文の疑惑データについても、詳細な調査が求めらます。
疑惑画像１： Fig1b最右画像とFig2g下画像の胎盤部分だけが、なぜか互いに類似しています。しかも２つの画像の実験条件は互いに異なっています。前者はSTAP細胞のキメラマウス、後者はFI-SCのキメラマウスの写真です。両画像の解像度が異なるためもあり、完全には一致しませんが、二つの画像は異なる実験によって得られたものとされているため、極めて高い類似性を示すことは不自然です。これほどの高い類似性は、不注意ミスであるにせよ、意図的（故意）であるにせよ、同サンプルが複数回撮影されて別目的に使いまわされた可能性や、同一画像の胎盤部分を画像編集加工し流用した可能性などを示唆しています。いずれにしろ、生データ（実験ノート、写真のデジタルデータ、データの作成日や改変日）などを調査しないかぎり、真相は明らかにならないでしょう。
↓ Fig.1bと2gの胎盤画像を比較してください。高い類似性が確認できます。
朝日新聞の記事→ 共著者の山梨大学の若山照彦教授は、「同じマウスで角度が違う写真を２回使ってしまい、一方の削除を忘れた単純ミス」と説明した。若山教授はＳＴＡＰ細胞を使いマウスを作製し撮影した。一つの胎児に対し向きを変えたりひっくり返したりして何枚も撮影。複数の胎児で計数百枚撮ったという。その結果、小保方さんが勘違いし同じ胎児の写真を使ってしまった。１人で追加実験をしながら図を作製するなど、忙しすぎたことも勘違いの要因の一つという。 加えて「論文を何度も書き直し、最終的に２枚目の写真は本文と関係がなくなっているが、削除を忘れた」と話している。（Nature誌記事における若山照彦教授のコメントも参考にしてください。）
疑惑画像２： Nature Letter論文のFig.1aの胎盤と羊膜のLong exposure（長時間露光）写真は、実際は通常露光写真と緑の蛍光強度が同じであることが判明し、長時間露光では無いのではないか？という疑われています。このバックグラウンドの緑蛍光が長時間露光でも変わっていないという問題は、PubPeerで指摘されています。 また、Fig.1bだけ胎盤の赤い自家蛍光が見えますね。一方、対照のFig.1aのESキメラの胎盤画像にはそのような赤い自家蛍光が見えません。また、胎児の緑の蛍光も、Fig.1aに比べ、Fig.2bが明るくなっています。つまり、両者でサンプルを準備するさいに、何かしらの人為的誤差があった可能性や撮影条件に違いがあった可能性もあり、両者を単純に比較することはできず、Fig.1bのSTAPキメラの胎盤・羊膜の緑蛍光も自家蛍光の可能性もあります。また、Fig.1aとFig.1bのLong exposureの画像は、胎児部分が除かれて胎盤と羊膜の部分だけが掲載されており、不自然という声が前々からあがっていました。論文内の記述によるとＳＴＡＰキメラは１０匹作製され、そのうち６匹に胎盤、羊膜に緑の蛍光が認められたようですので、著者らはそれらの画像を全て公開し、疑惑を晴らすべきでしょう。
論文タイトル： "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Natureの実験画像に関する規程（Image integrity）によると、「異なる時期、異なる場所で得られた画像は一つの画像として合成してはならない。もし、画像を対比させて並べる必要がある場合は、画像の間に明確に境界線を引き、図の説明文に記述しなければならない。」とあります。このImage integrityの規定に、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.1iが違反している可能性があるわけですね。
以下、規定の一部を抜粋。
Images gathered at different times or from different locations should not be combined into a single image, unless it is stated that the resultant image is a product of time-averaged data or a time-lapse sequence. If juxtaposing images is essential, the borders should be clearly demarcated in the figure and described in the legend.
The use of touch-up tools, such as cloning and healing tools in Photoshop, or any feature that deliberately obscures manipulations, is to be avoided.
Processing (such as changing brightness and contrast) is appropriate only when it is applied equally across the entire image and is applied equally to controls.
Contrast should not be adjusted so that data disappear. Excessive manipulations, such as processing to emphasize one region in the image at the expense of others (for example, through the use of a biased choice of threshold settings), is inappropriate, as is emphasizing experimental data relative to the control.
疑惑画像３： 図3bのコントロール（未刺激）細胞のOct4-GFP（緑色）の蛍光顕微鏡写真（左下）の下部中央になぜか赤い細胞が存在し、さらには、バックグラウンドもControl画像とLow-pH-treated cellsの画像との間で異なるため、ネガコン（陰性対照）画像として不適切という疑惑が浮上しています。
類似画像５：
Fig.3のKlf4のバンド画像を上下反転させると、Fig.3のCriptoのバンドがに類似します。また、これらの画像の左から1列目と２列目のバンド画像は、Fig.4のNat1のバンドとも類似しています。上下反転という操作や、３つの実験画像にわたる類似性から、故意によるデータの流用が疑われています。
類似画像６： Fig.2のKlf4の左から１，２列目のバンド画像が、Fig.3のSox2の左から３，４列目のバンド画像と類似しており、データの流用が疑われています。
追記（2014年02月18日）：2014年02月18日の朝日新聞報道によると、早大広報室は「仮に問題の画像が取り消されたとしても、博士論文の趣旨に影響しないと考えている」と発表したとあります。このような「データ流用はあったが論文の結論には影響しない」という趣旨のコメントを、研究不正を調査する立場にある研究機関（早稲田大学）が、調査着手前から、発表したのは異常です。これは調査機関自体が問題や不正を隠蔽する方向に動いていることを示唆しています。早稲田大は、生データを検証したり本人への聞取り調査もせずに、なぜ論文の趣旨に影響しないといえるのでしょうか？少なくとも４つの実験画像に亘ってデータ流用が認められる以上、意図的に行われた可能性や杜撰なデータ管理が推測され、論文の結論やその他データの信頼性も低いのです。
問題１：
小保方晴子氏の博士論文の研究業績に、実際には存在しない国際特許が記載されていた疑惑（虚偽記載、業績捏造疑惑）が、上がっています（下記参照）。
小保方晴子氏の博士論文概要の学位申請研究業績書の欄に、”国際特許 Haruko Obokata, Charles A. Vacanti. Sub Population of Retained Embryonic Like Cells”の記載があるが、HARUKO OBOKATAで特許を検索しても、2013年公開のSTAP特許の１件だけ。
特許は出願して1年半で公開されるので、特許出願がなされていないか、 出願したが、公開される前に取り下げたかのどちらかだが、 同じ技術内容が、論文として公開されているので、取り下げる意味はない。詐欺商品の「特許出願中」のようなものかもしれない。通常、国際特許（PCT）は費用がかかるので、 まずは、アメリカに国内出願をして、それから大事だと思ったら、 追加修正を確認した上で、本命のＰＣＴを出願する。 ＳＴＡＰの特許出願はその手順に従っている。 博士論文においては、最初から国際特許と書いているのと、出願番号も書いていない時点で十分怪しい。
国際特許の検索
英語
日本語
問題２：
小保方晴子氏の博士論文審査報告書に、審査員として記載されていたPhDを持っていないVacanti教授の肩書きが誤ってMD, PhDとなっていたことが問題となっていましたが、2014年2月19日に密かに訂正されたようです。しかしながら、訂正に関する告知がないことが、さらに批判を招いています。 旧 博士論文審査報告書→http://www.peeep.us/044e5d22
新（訂正後） 博士論文審査報告書→http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/bitstream/2065/36341/5/Shinsa-5627.pdf （写し）
問題３：
1)生後一週間以内の新生児マウス、どうやって性別見分けたの？内臓、いちいち確認したとは思えない。
2)50回実験したとあるけど、本当にやってたとしたら現実的にすごい時間かかってるはず。試薬の発注状況で真偽はすぐわかる。
3)一瞬、真水に細胞浸してます。ほとんど即死のはず。
4)最初のリンパ球培養時にβME入れてません。育たない。
5)FACSのシース液の影響、ないの？
疲れたな。。。まだまだありますよ。
というか、あの手順書も所々てんようでしょ。試薬の濃度なんかに統一性なし。
1)生後一週間以内の新生児マウス、どうやって性別見分けたの？内臓、いちいち確認したとは思えない。
2)50回実験したとあるけど、本当にやってたとしたら現実的にすごい時間かかってるはず。試薬の発注状況で真偽はすぐわかる。
3)一瞬、真水に細胞浸してます。ほとんど即死のはず。
4)最初のリンパ球培養時にβME入れてません。育たない。
5)FACSのシース液の影響、ないの？
疲れたな。。。まだまだありますよ。
というか、あの手順書も所々てんようでしょ。試薬の濃度なんかに統一性なし。
産経新聞 3月6日(木)7時55分配信
理研は５日、小保方晴子研究ユニットリーダーが１月末の論文発表後、初めてＳＴＡＰ細胞の再現実験に成功したことを明らかにした。実験の客観的な証明には第三者による再現が必要だが、成果の正しさを一定程度裏付けた形だ。
理研によると、小保方氏は理研発生・再生科学総合研究センターで先月、再現実験を開始。論文通りの手法でマウスの体細胞を弱酸性溶液で刺激し、あらゆる細胞に分化できるＳＴＡＰ細胞を作製することに成功した。細かい実験手順も含め同センターとして正しさを再確認したとしている。
取り合えず共同研究者の教授が論文を取り下げて一から見直してみると言ってるのだから小保方晴子は表に出てきて何らかの説明をやる事が大事なのでは？！
発表当時はあれだけのマスコミを集めていい加減な発表をしておいていざnatureから画像の不備や論文の転用などの指摘がってから黙りは許されないでしょ！
このままだと日本の科学者界が全世界から色目で見られ最悪な事態に…肌の若返り？！今までの科学を愚弄してる？！…結局愚弄してたのかも(笑