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標準和名の「ツルレイシ」は、イボに覆われた果実の外観と、完熟すると仮種皮が甘くなるという2つの形質が、ムクロジ科の果樹であるレイシ(ライチ)に似ていることに由来する。つまり、蔓性の植物体に実るレイシの意味である。果肉が苦いため「ニガウリ」とも呼ぶ。農学・園芸学では「ツルレイシ」を用いることが多い[2]が、生物学では近年「ニガウリ」を用いることが多い[3]。
九州・南西諸島各地に地方名がある。沖縄県では沖縄本島(首里・那覇方言や今帰仁方言など)で「ゴーヤー[4][5][6]」、宮古列島(宮古方言)で「ゴーラ[7][8]」、八重山列島(八重山方言)で「ゴーヤ[9][10]」と呼ぶ。九州では「ニガゴリ」又は「ニガゴーリ」と呼ぶ地域もある[11]。鹿児島県奄美大島では「ニギャグリ」[12]や「トーグリ」[13]、鹿児島県本土、宮崎県南部や長崎県諫早地方[14]では「ニガゴイ」と呼ばれ、諫早地方では「ニガウイ」の名称も併用される[14]。
以上のように多くの名称が用いられているが、全て同じ種類の植物である。ただし、幾つかの栽培品種が存在しており、栽培されてきた地域での呼称に倣い、九州地域で栽培されてきた細長く苦味が強い品種を「ニガゴイ」ないし「ニガゴリ」、沖縄地域で栽培されてきた太く苦味が穏やかなものを「ゴーヤー」と呼び分ける場合もある[15][16]
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