Windows環境でしかわからないが、STM32CubeMXでHALライブラリを自動生成できるが、元のファイルに日本語などマルチバイトな文字が含まれているとSTM32CubeIDEに取り込んだ時に文字化けを起こすようだ。
一度きりのインポートなら他のツールで文字コード変換するが、毎回なんて面倒でやってられない。
CubeMXで書き出すのがShift-JISかCP932であることが原因のようだ。CubeMXはJaveで動作している、環境変数に下記を設定するとファイルのエンコードを変更できる。
JAVA_TOOL_OPTIONS = -Dfile.encoding=UTF-8
他のJavaアプリケーションで問題が出るかもしれんが、その時は各アプリ起動バッチファイルを作ってその中で個別に環境変数を定義する。