ArlequinでMantel検定を行う際の注意

Arlequinでは、距離行列同士の相関を見るためにMantel検定を実行できます。
（ユーザーマニュアルp.95）

説明変数に使う行列は.arpの末尾に記載します。
書き方はマニュアルのpp.35-39を参照してください。

SettingsタブのMantel test欄には以下の注意書きがあります。
「距離の計算に関する設定はAMOVAタブで行います。」
(Note that the settings for the computation of distances must be set in the AMOVA tab)

しかし実際にはAMOVAではなくPopulation comparisons (p. 91)で設定します。
Population comparisonsのCompute pairwise FSTにチェックを入れ忘れないようにしてください。
逆にAMOVAにチェックを入れる必要はありません。

また、目的変数に使う行列の種類（Fstをそのまま使うか、対数をとるか、Slatkin変換するか等）は.arpファイル中のYMatrixで指定します。
Population comparisonsで設定できるのはFstとRstのどちらかぐらいのものです。
この設定をインターフェース上できると便利だと思うのですが、できません。