SAMOVAのトラブルシューティング

SAMOVA (Spatial Analysis of Molecular Variance)は入力ファイルに不備があると動作を停止してしまうことがしばしばあります。
エラーメッセージが表示されることもありますが、そのメッセージから原因を類推するのは困難でもあります。
動かなくなってしまった時どこをチェックすればよいかを以下に列挙します。
参考になると幸いです。
なお、動作検証はWindows 7で行っております。
また、以下に記載されていない他のエラー事例をご存知でしたらコメントをくださると幸いです。

・arpファイルに不備がある。
Arlequinでは問題なく読み込めるのにSAMOVAでは読み込めない場合があります。
Arlequin.logに不備のある箇所が表示されますので、そこを直してください。
"ERROR"というキーワードでArlequin.logファイル内を検索すると、不備を指摘している箇所に飛べます。
マンテル検定の設定[[Mantel]]がarpファイル内にある場合にSAMOVAが動かないことがあります。

・geoファイルが崩れている。
見た目には形式通りでもタブやスペースの微妙な違いによりSAMOVAがgeoファイルを読み込めないことがあります。
Microsoft Excel等の表計算ソフトウェアでgeoファイルを開くことで崩れていないか確認できます。
データを表計算ソフトウェアに読み込んで、セルに適切に割り振れていない場合、修正して上書き保存してみてください。

・キーボードだけでSAMOVAを操作した。
RunボタンをマウスでクリックせずEnterキーで押してしまった場合、
プルダウンメニュー(Number of groupsとMolecular distance)をマウスで選択せず上下キーで操作した場合、
計算を実行しても動作が停止します。

・"Number of initial conditions"が長すぎる。（2012年3月11日追記）
100で問題なく動くのに、1000ではエラーが出るといったことがあります。
その場合はやや短く（例えば500等）値を設定します。

・その他ソフトウェア作者が指摘している事項
arpとgeoのファイル名が異なる場合。
arpとgeoのいずれかがない場合。
"Generic name of input file"に入力したファイル名と同一のarpとgeoファイルがSAMOVA.exeの格納されているフォルダー内にない場合。
経緯度が同一の集団が複数ある場合。