系統樹作成ソフトウエア - POPTREE2

系統樹作成ソフトウエアにはPhylipやPopulationsがあります。
が、今回ご紹介するのがPOPTREE2です。
POPTREE2は遺伝マーカーから得られたデータから集団系統樹を描画するソフトです。

このソフトの機能は
1. 5種類の遺伝距離(根井の遺伝距離Da, 根井の標準遺伝距離Ds, Fst*, デルタミュー2乗, Dsw)について、
計算、系統樹の作成、ブートストラップ検定
　※DsとFst*については、サンプルサイズの偏りを補正した計算も可能。
　※デルタミュー2乗、Dswは入力データがマイクロサテライトのときだけ適用可能。
2. ヘテロ接合度He、Gstの計算です。

このソフトの長所は
1. 操作がわかりやすい
2. 計算が早い……一瞬で計算してしまいます。
3. 安定している……バグで止まってしまうことがないです、今のところ。
4. 結果をすぐ閲覧できる

一方短所は入力ファイルの作成にひと手間かかることです。


使い方(Windowsの場合)
1. POPTREE2をダウンロードする。こちらから。

2. 入力ファイル（対立遺伝子頻度データ）を作成する。
ArlequinやGenepopなどを使って対立遺伝子データを出力します。
ちなみにGenepop on the webで計算する場合は、"5. Basic Information, Fis and gene diversities"を選択してください。
そして、マニュアルやサンプルデータを参考に入力ファイルを作成します。

3. POPTREE2を起動し、"Data Input"ボタンを押し入力ファイルを読み込む。
きちんと入力されると下に入力ファイルの内容が表示されます。


4. 計算したい指標を選択し、"Run poptree"ボタンを押し、計算を実行。

5. 結果が別のタブに表示される。
集団系統樹はNewickフォーマットで保存でき、MEGAやTreeviewといった系統樹閲覧ソフトで表示することもできます。
　　

なお、画像ファイルは、ソフト同梱のサンプルファイルを利用し作成しました。