自分の環境でD:\Eclipse\workspaceは元々はEclipse用でした。しかし、特に大きな変更も無くて、(但しプロジェクトの読み込みでは何かしました。)どっちでも使えるようになります。
上はEclipseでLs2を開いた場合。下はIntelli JIDEAで開きました。
プロジェクトエクスプローラを見るとEclipseのアイコンのファイルが二個有ります。これはEclipseのfileなんだろうと思います。一度こういう風に出来れば、EclipseでもIntelliJ IDEAでもどっちでも出来ます。これは良いかも。