| Cグループ順位 |
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| 順位 | チーム名 | 勝点 | 試合数 | 勝数 | 引分数 | 敗数 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
| 1 | 大分トリニータ | 9 | 4 | 3 | 0 | 1 | 5 | 2 | 3 |
| 2 | FC東京 | 7 | 4 | 2 | 1 | 1 | 5 | 5 | 0 |
| 3 | 横浜FC | 6 | 4 | 2 | 0 | 2 | 4 | 3 | 1 |
| 4 | ジュビロ磐田 | 1 | 4 | 0 | 1 | 3 | 3 | 7 | -4 |
| Dグループ順位 |
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| 順位 | チーム名 | 勝点 | 試合数 | 勝数 | 引分数 | 敗数 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
| 1 | ヴァンフォーレ甲府 | 9 | 4 | 3 | 0 | 1 | 5 | 3 | 2 |
| 2 | アルビレックス新潟 | 7 | 4 | 2 | 1 | 1 | 8 | 6 | 2 |
| 3 | 鹿島アントラーズ | 6 | 4 | 2 | 0 | 2 | 5 | 6 | -1 |
| 4 | 名古屋グランパスエイト | 1 | 4 | 0 | 1 | 3 | 4 | 7 | -3 |
| Aグループ順位 |
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| 順位 | チーム名 | 勝点 | 試合数 | 勝数 | 引分数 | 敗数 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
| 1 | ジェフユナイテッド千葉 | 9 | 4 | 3 | 0 | 1 | 7 | 3 | 4 |
| 2 | ガンバ大阪 | 7 | 4 | 2 | 1 | 1 | 6 | 3 | 3 |
| 3 | サンフレッチェ広島 | 6 | 4 | 2 | 0 | 2 | 4 | 5 | -1 |
| 4 | ヴィッセル神戸 | 1 | 4 | 0 | 1 | 3 | 3 | 9 | -6 |
| Bグループ順位 | 2007年4月11日22:40現在 |
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| 順位 | チーム名 | 勝点 | 試合数 | 勝数 | 引分数 | 敗数 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
| 1 | 大宮アルディージャ | 8 | 4 | 2 | 2 | 0 | 4 | 2 | 2 |
| 2 | 横浜F・マリノス | 5 | 4 | 1 | 2 | 1 | 5 | 4 | 1 |
| 3 | 柏レイソル | 5 | 4 | 1 | 2 | 1 | 3 | 3 | 0 |
| 4 | 清水エスパルス | 2 | 4 | 0 | 2 | 2 | 3 | 6 | -3 |
