毎日新聞記事
http://mainichi.jp/select/news/p20140613k0000m040010000c.html
かつて流れていたCM、「急行能登で東京へ、寝ている間に東京へ♪」ではありませんが、ビジネスモデルが大きく変化、極力経費削減派は夜行バスでコスト追求、社用族はTime is Moneyなので飛行機などでひとっ飛びといった具合で、寝ている間とは言え時間がかかる寝台列車が選択枝として成立しなくなってきています。
そして、ご多分に洩れず金沢からの夜行列車も東京行き「北陸」と「能登」は2010年3月、青森行き「日本海」は2012年3月に定期便が廃止されました(しばらくして臨時便も見られなくなった)。
北陸と能登

日本海

また、記載されている経営分離による新会社への支払いの発生も間違いなく原因の一つのはずです。
ただ、個人的な見解を申せば、寝台特急は昭和史を彩った鉄道技術であり文化の一つであったかと思います。
鉄道事業は一度失うと二度と復活することは叶いません。
海外に目を転じてみると、2009年にオリエント急行が廃止されています。
世の趨勢は原則コスト減なので、安全確保、乗務員の労務負荷、列車の維持費用と走行本数による償却を考えれば、寝台列車の場合はどれもコスト高になることは否めません。
一方、JR九州では「ななつ星in九州」が話題をさらっています。
単独会社路線なので自由度があると言えばそこまでですが、赤字ローカル線を多く抱えた同社の企画は特筆に値するかと思います。
今後、どのような形態が最大公約数として受け入れられるのか分かりませんが、トワイライトエクスプレス号が満員御礼状態を続けていることから、日本一周クルーズ鉄道版があっても良いかと思いますが。