荒川弘の大ヒット漫画を山田涼介主演で実写映画化した「鋼の錬金術師」の続編となる完結編2部作の後編。暴食のホムンクルス、グラトニーに飲み込まれてしまったエドたちは、エドが思いついたある方法により脱出に成功する。そんな彼らの前に、エドとアルの父ホーエンハイムと全く同じ外見の謎の男が出現。「お父様」と呼ばれるその男は、兄弟がこれまで戦ってきたホムンクルスたちの生みの親だった。国家の秘密と「約束の日」、ホーエンハイムの過去など様々な謎と真実が解き明かされていく中、エドとアル、軍の暗部に立ち向かうマスタング、そして賢者の石を求めてやって来たシン国の皇子リンたちは、国家全体を揺るがす恐ろしい陰謀を阻止するべく戦いへと身を投じていく。
