過去２年分の未払残業代（割増賃金）を支払った場合，本来の給料日に支払っておくべきだった残業代（割増賃金）が一括して支払われたことになりますので，本来支給すべきであった給料日の属するそれぞれの年分の給与所得となります。国税庁ウェブサイトの「No.2509 給与所得の収入金額の収入すべき時期」をご確認下さい。
現実に支払った日の属する月の給与所得として源泉所得税の計算をしてしまうと，支払われる未払残業代（割増賃金）額が２００万円とか３００万円といった金額となる場合，源泉所得税の金額が高額となってしまいます。確定申告して還付を受ければ，最終的な手取額に大きな差はないともいえますが，労働者との間でトラブルになり，紛争が蒸し返されることがありますので，ご注意下さい。
