【分子動力学シミュレーション】水と油の分離シミュレーション
水と油の分離する様子をシミュレートしたものです。
油としてはペンタン（CH3-CH2-CH2-CH2-CH3）を使用。これを選んだ理由は常温で液体、分子サイズが小さい、疎水性の分子という条件を満たしていたからです。
計算条件
・分子動力学シミュレーションの実行はＡＭＢＥＲを、可視化はＶＭＤを使用。
・温度３００Ｋ（２７℃）、１気圧。
・ＭＤシミュレーション時間は１フレーム２００フェムト秒、１秒あたりは３０ｆｐｓなので６ピコ秒。
・周期境界条件、遠距離相互作用はＥｗａｌｄ法を適用。