【ノーベル化学賞】緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）解説

下村脩博士のノーベル化学賞受賞の功績であるＧＦＰの解説動画を作成しました。

緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）解説


私自身はＧＦＰに関してはほとんど知識が無く、あれこれ資料を短時間で調べて動画作成をしましたので、間違っている点が混ざっている可能性があります。もしお気づきの点がありましたらコメントをお願いします。

実験的な意義等は「有機化学美術館」でより詳しい説明がありますので、ぜひお読みください。
http://blog.livedoor.jp/route408/archives/51289424.html


ＧＦＰは分子シミュレーションに関係する学会でも時々みかけた覚えがあります。（あのβバレル構造は印象に残ります）
発色団周りの構造や水素結合の有無によって吸光・蛍光する波長が変化することをシミュレートしたりしていたと思います。

クラウンエーテルのイオン取り込み

【分子動力学シミュレーション】クラウンエーテルのイオン取り込み


[15]クラウン-5がナトリウムイオンと結合する様子をシミュレートしたものです。

最初の計算ではすんなりとナトリウムイオンが結合したので、すぐに結合するだろうと混合イオン系の計算を始めたのですが、結合するまで随分と待たされました。
このようなランダムな衝突によって起こる反応をシミュレートする場合は、運が良ければすぐに計算が終わりますが、運が悪いと延々と待たされることになります。


計算条件
・分子動力学シミュレーションの実行はＡＭＢＥＲを、可視化はＶＭＤを使用。
・温度３００Ｋ（２７℃）、１気圧。
・周期境界条件、遠距離相互作用はＥｗａｌｄ法を適用。
・原子数は約１１００個。

水と油の分離シミュレーション

【分子動力学シミュレーション】水と油の分離シミュレーション


 

 

水と油の分離する様子をシミュレートしたものです。
油としてはペンタン（CH3-CH2-CH2-CH2-CH3）を使用。これを選んだ理由は常温で液体、分子サイズが小さい、疎水性の分子という条件を満たしていたからです。

計算条件
・分子動力学シミュレーションの実行はＡＭＢＥＲを、可視化はＶＭＤを使用。
・温度３００Ｋ（２７℃）、１気圧。
・ＭＤシミュレーション時間は１フレーム２００フェムト秒、１秒あたりは３０ｆｐｓなので６ピコ秒。
・周期境界条件、遠距離相互作用はＥｗａｌｄ法を適用。

水と氷の分子動力学シミュレーション

水と氷の分子動力学シミュレーション


動画作成と、ニコニコ動画へのアップロード練習を兼ねて作成しました