クラウンエーテルのイオン取り込み

【分子動力学シミュレーション】クラウンエーテルのイオン取り込み


[15]クラウン-5がナトリウムイオンと結合する様子をシミュレートしたものです。

最初の計算ではすんなりとナトリウムイオンが結合したので、すぐに結合するだろうと混合イオン系の計算を始めたのですが、結合するまで随分と待たされました。
このようなランダムな衝突によって起こる反応をシミュレートする場合は、運が良ければすぐに計算が終わりますが、運が悪いと延々と待たされることになります。


計算条件
・分子動力学シミュレーションの実行はＡＭＢＥＲを、可視化はＶＭＤを使用。
・温度３００Ｋ（２７℃）、１気圧。
・周期境界条件、遠距離相互作用はＥｗａｌｄ法を適用。
・原子数は約１１００個。