青色申告について質問です。個人事業と株式会社における青色申告の違いは？

Q：青色申告について質問です。個人事業と株式会社における青色申告の違いはなんでしょうか。個人事業だと最高６５万円の控除が受けられて株式会社にはない。貸借対照表の提出義務の有無（？）これ以外に、ひごろの会計業務などに具体的な違いはありますか。初歩的な質問で申し訳ないですが、具体的に比較しているサイトなどが見つけられませんでした。ご回答よろしくお願いします。

A：「青色申告の違い」ということになると、青色申告制度は税務署の調査における権限を制約し、納税者は種々の特典が受けられるというものであり、ご質問の青色申告控除を除けばあまり違いはありません。ただ、会社の場合、申告をしない、または提出期限に遅れた場合には青色申告の承認が取り消されますが（法人税法１２７条４項）、所得税法にはそのような規定はないという点くらいでしょう。

ただ、質問を読んでみると、本来の質問の趣旨は会計処理の違いに関することだと思うので、その点について説明します。

会社の場合、税法以前に会社法で経理に関して詳細な規定があって、企業会計制度に基づく適正な会計処理が義務付けられていて、法人税法はそれを前提にしています。会社の場合、まず会社が税法とは関係なく会社法に基づいて決算を行い、株主の承認を得てそれを確定させます。会社法などの企業会計制度のルールに従っているかどうかは基本的にこの段階でチェックされるのであって、経理処理はこれでいったん完結です。法人税の申告はその決算に基づいて一定の調整をして税額を算出する行為であって、経理処理とは関係のない、法律上の手続きです。申告に間違いがあったとしても、通常それは税法上の問題であって会計の問題ではありません。ただし、役員が横領している場合など、会計上も税法上も違反しているというような場合はあります。

個人事業の申告については、前提となる法令はなく、せいぜい商売の常識としての会計慣習（＝簿記）をかろうじて前提としている程度であり、現実には所得税法に依拠せざるを得ませんが、会計慣習を前提としているため、あまり詳細な規定はありません。所得さえ正しく計算されていれば税務署もとやかくいわないので、「こうでなければならない」というものはないようなものです。青色申告の場合、税務署が送ってくる青色申告決算書を作成してそれに基づいて申告書を作りますので、経理処理から申告までが段階を踏んだ一連のものということになります。経理のルールについては、その決算書の構造が経理のあり方を示しているといえる程度でしょう。
ただ、銀行から借り入れをする場合など、会計慣習に沿った決算書を作らないと融資の審査で困ったりするので、会計事務所の実務などでは、会社の場合の経理方法を個人用にアレンジしているのが普通です。
会社の会計制度も簿記をベース（処理技術）とした会計学が基礎ですから、いずれにしても簿記がベースであるという点では同じです。会社の場合にはそれに会社法や有価証券取引法などの規定や規制が加味されるということです。