pythonでtiffファイル

備忘メモ。

私はtifファイルを扱うのにカラー画像じゃなくグレースケールを扱うことが多い。
で、後でimageJというフリーソフトで画像を確認。

skimageというのを使うとpythonで楽に扱えることを知った。
私はちょくちょくmultipage tiffも扱うけど、
skimageのimreadやimsaveだとmultipageでもそうでなくても同じように扱える。

下のような感じでnumpyの配列を使う。
以下ソース。

import numpy as np
from skimage.external import tifffile as tff

def main():
# 画像の準備
sizex,sizey = 256,256
size = sizey,sizex

x1 = np.linspace(-sizex/2,sizex/2-1,sizex)
y1 = np.linspace(-sizey/2,sizey/2-1,sizey)
xx,yy = np.meshgrid(x1,y1)
image1 = np.zeros(size)
image2 = np.zeros(size)
image1 = np.sin(np.pi*2*xx/10)
image2 = np.sin(np.pi*2*(xx-3)/10)

# image1と image2を束ねてslicesというのにまとめる
slices = np.zeros((2,sizey,sizex),dtype=np.float32)
slices[0,:] = image1
slices[1,:] = image2

# 256x256のfloat画像 image1という画像とslicesというmultipage tiff画像を保存
tff.imsave('single.tif',np.float32(image1))
tff.imsave('multi.tif', np.float32(slices))

# 直前で保存した２つのtifファイルを読み込む
i1 = tff.imread('single.tif')
i2 = tff.imread('multi.tif')

print('single.tifのshapeは{} multi.tifのshapeは{}'.format(i1.shape,i2.shape))

if __name__=='__main__':
main()