LinuxのJava SE 5 (1.5.0_09) で背景色が出ない

Linux (Fedora Core 6) に Sun Java SE 5 (1.5.0_09) を入れ、
GNOME上でSwingアプリケーションを動作させたところ、
JPanel拡張の独自パネルで setBackground で指定した
背景色が出ない。paintComponent をオーバーライドしているのだが、
ちゃんと super.paintComponent を呼び出しており、
Windows環境では背景色が出ている。
原因は不明。