無知の知

ほたるぶくろの日記

極めて無責任な主張

2014-04-17 22:56:59 | 生命科学

昨日のS氏の会見を視聴しました。仕事の一環なので、仕事場で視聴していました。彼の主張は大きく次のようなものであったと理解しています。

1)自分は「実験結果が完全に出揃い」一度論文投稿をして却下されたものを「T先生の依頼を受けて」論理を組み立て直し、書き直し、Nature誌に採用してもらえるよう整えただけである。

2)STAP細胞はES細胞を混入させてできたものではない。Oct4-GFP発現細胞の現れる過程はタイムラプスで観察した。また、ES細胞とは大きさが異なる、胎盤を作るなど、相違点がある。

3)STAP幹細胞の生成に関しては仮説に戻ったと考えており、論文は撤回するべきである。

それぞれの主張に関して、簡単に感想を述べますと、

1)に関しては、責任転嫁といわれても仕方がない言い訳であって、会見で述べるべきではなかった。責任者とは責任を取る、と宣言しているものである以上、責任を軽くしようなどという主張は一切認められない。

2)に関しては、ご自分でも実験をされていたということを示し、やはり実験段階にも関与していたということを明らかにしています。したがって、1)の主張とは矛盾します。それはさておき、ここで述べられていることから、少なくともストレスをかけた後、Oct4-GFPが発現する細胞集団が出てくることは事実であるようです。

しかし、これがMuse細胞など、もともとあった休眠状態の幹細胞が増殖を開始し、コロニーをつくり観察可能なほどに増加した可能性を否定できません。さらにこの細胞からできた幹細胞が胎盤を形成したからES細胞ではない、という主張は間違いです。ES細胞はたとえブラストシストに注入しても胎盤形成に寄与します。したがって、全能性試験の際にES細胞が混入された可能性は否定できません。

さらに、論文の最も重要な主張であったT細胞レセプターゲノム遺伝子の組換え現象に関してはまったく言及がありませんでした。この点こそ、もっとも疑惑がもたれている点なのです。ここに関する説明がない限り、どのような会見があっても無意味です。

3)に関しては大変妥当な判断だと思います。O氏とV氏を説得し、Nature誌に取り消しされる前に、ご自分達で撤回して頂きたい。

以上が今回のS氏会見についての感想です。

現在、もっとも好意的な現象の解釈としては、「幼いマウスの免疫系細胞集団の中には全能性をもったMuse細胞が存在し、それらが選択され増殖したものをSTAP幹細胞として同定した」というものでしょう。この仮説を覆す反証を示さない限り、STAP現象を証明したと主張することはできません。理研の皆様、また検証実験に関わっておられる方々におかれましては、この点を心に留め、注意深い検証をお願いしたいと思います。

日本の発生生物学の威信をかけ、臨んで頂きたい。

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辛苦に主張 (ベルドン)
2014-04-18 19:36:59
吉村教授引用・・ここに軟着陸・・
論旨明確かつ簡潔・・

最初に来れば・・数日・・節約出来た・・
成程・・PR必要・・

必要だが・・STAP・・過重に・・墓穴・・
墓穴だが・・
犯罪の表に女あり・・至言換えれた・・・(笑)
責任論について (しがない研究者)
2014-04-18 19:48:18
若干思うところあり、コメントを残します。
S氏の発言は果たして責任転嫁にあたるのでしょうか?
現状を鑑みますと、S氏には「シニア研究者として指導責任」が公的(調査委員会により)に認定されており、氏もその認定を受け入れております(不服申し立てを行っていない)。
現時点で懲戒委員会の沙汰を待つ立場であり、この点において氏が「責任をとっていない」という批判はあたらないと思います。
ブログ主様の1)のご指摘は、S氏なりの研究過程の時系列報告の文脈で主張されたものであったと思います。
つまり、自身が認識している研究への参加時期が、不正とされたデータの時期とは合致しないという事実を、淡々と述べられたに過ぎません。
また、S氏が責任を負うべき論文はletterの方であり、不正が認定されているarticleの方では共著者の一人に過ぎません。
氏の主張する論文への貢献がletter論文の責任著者に相応のものなのかどうかは議論の余地がありますが、現時点でのルールに則った責任論としては、過剰な責めを負わせているのではないかと思います。
TCRの件に関しては、質疑応答の中で、付加的なデータとして認識していた、という氏の自説を述べてました。
つまり、生まれたマウスの脾臓に胎児にも胎盤にも寄与できるような幹細胞の存在は認められていない、という現時点でのコンセンサスに基づき、脾臓のCD45+細胞を用いることで十分に体細胞であるとう担保はある、ということだと理解しました。
また論文内にもSTAP幹細胞にTCR再構成を確認したという記述はありません(件の電気泳動の図はSTAP細胞です)。
STAP幹細胞は成熟T細胞由来であるという主張よりは、少なくとも論文中にはありません。
STAP細胞がT細胞由来であるという解釈は弱くなりますが、それが必ずしも体細胞の初期化という主張を覆すものではないとおもいますが、いかがでしょうか?

いずれにせよ、当該論文は撤回すべきというブログ主さまのご意見には全面的に同意しております。
また、私自身、S氏やO氏を擁護するつもりはありませんが、過剰なバッシングには辟易としております。
また、責任論を問うにしても、「厳しく臨むべき」という世間的な雰囲気に流されるのではなく、規定に則った適切なものであることが必要ではないかと考えている次第です。

Unknown (Unknown)
2014-04-18 21:30:08
> Oct4-GFPが発現する細胞集団が出てくることは
> 事実であるようです。

著者らが公開したゲノムデータを解析し疑義を指摘し続けている理研の研究者が、
その点についてすら否定的なコメントをしています。

http://slashdot.jp/comments.pl?sid=629003&cid=2583602

この方は、STAP細胞にもSTAP幹細胞にもTCR再構成の痕跡が見られないということを、
理研が詳細プロトコルを公表する前に指摘していました。
http://slashdot.jp/journal/578591/
ほたるぶくろさん (かんなかな)
2014-04-18 22:45:39
いつもありがとうございます。
威厳は持つ。
されど、道は己が歩く。
信じる道を進みます。
良心は我と共に、我が良心を望む限り居てくださいます。
人のことはわからない。
わからないから信じるしかない。
裏切られても致し方なしで良いのかも。
良心のもととは命のありがたさ。
ほたるぶくろさん、ありがとう。どうぞよろしくお願いします。
Unknown (Unknown)
2014-04-18 23:26:16
「シニア研究者として指導責任」が指導をしていなかったという意味であれば,確かにS氏の主張には矛盾が無いといえなくもないかもしれません.

ただ,そうであったとしても,責任転嫁と批判されるのは仕方ないかと思います.要するに指導する責任を放棄して,O氏が単独で捏造をしており私は騙されたと主張しているに等しいわけですから.「シニア研究者として指導責任」を果たしていない時点で,既に責任転嫁しています.

「脾臓に幹細胞の存在は認められていない」という解釈は面白いと思いますが,S氏がそのように主張したわけではないと思います.そのようなコメントがあればまだ良かったのですが,付加的なデータとして認識している,だけでは何も言っていないに等しいと思います.

過剰なバッシングの背景には,生データを公開せず既存の試料も検査しない(この二点については本当に疑問です)という彼らの対応にも起因するものであり,身から出た錆でしょう.
Unknown (Muse)
2014-04-19 04:43:33
そもそもMuse細胞って他研究室で再現されていましたっけ?
ペルドン様 (ほたるぶくろ)
2014-04-19 08:33:06
コメントを頂き、ありがとうございます。
沢山のポイントが混在する問題であるため、私が注目する点だけを抽出しました。
お役に立てたとすればなによりです。
しがない研究者様 (ほたるぶくろ)
2014-04-19 08:54:55
冷静な視点からのコメントをありがとうございます。
研究の現場、特に生命科学の現場にいらっしゃる方にとって、今回の騒動はまったくもって迷惑なことかもしれません。
「また、私自身、S氏やO氏を擁護するつもりはありませんが、過剰なバッシングには辟易としております。」
とのお気持ち、察するに余りあるものがあります。ただ、今回の事件に関しましてはS氏が成果の発表の際に過剰な演出を企画したことが明らかになっており、その結果が過剰な(あるいは非常に無意味な部分での)バッシングを呼んだのかと拝察します。

「また、責任論を問うにしても、「厳しく臨むべき」という世間的な雰囲気に流されるのではなく、規定に則った適切なものであることが必要ではないかと考えている次第です。」
とのご意見に関しましては、
私は世間的な雰囲気に流されて「厳しく臨むべき」と考えているのではありません。以前から生命科学におきましては、議論の曖昧なまま先に進む傾向があり、かねがね危険だと考えていました。今回も議論のポイントが多い事案であるため、うまく論点をすり替え、逃げ切ることも可能かと思っています。今回、純粋に学問的な論点に関しては、徹底的に議論し「権威のある先生方」の幕引きによって真実が隠されるようなことのないようにして頂きたいと思っています。
つまり、上記のようなことがこれまでに何度も生命科学では行われて来ているということを言っております。過日、筑波大の事件を記事にしましたが、あのような事件が起こる原因は生命科学コミュニテイーのあり方に問題があるからだと考えています。
今回の事件はこの問題をも炙り出す大変よい機会であると思っており、厳しくことに臨むべきであると考えております。

さらに、この経済的に逼迫した日本においてどれだけの税金がこの研究所に投入されているのか、についても研究者は自覚を持たなくてはいけないと思います。研究者自身は裕福ではなくとも、その研究費によってどれだけ多くの方の生活が支援できるのか。その支援を犠牲にして研究費にまわされているという現実を見つめなくてはなりません。

Unknown (しがない研究者様)
2014-04-19 09:12:47
先ほど書き忘れましたが、科学的なご指摘につきましては後ほど記事の方にて議論させて頂きます。
2014-04-18 21:30:08 unknown様 (ほたるぶくろ)
2014-04-19 09:18:08
サイトのご紹介、ありがとうございます。
この点に関しましても後ほど記事の方で議論して行きますので、よろしくお願いいたします。
かんなかなさん (ほたるぶくろ)
2014-04-19 09:24:11
いつもありがとうございます。
今回ばかりは私もへらへらしているわけにはいかないので、少し頑張っております。今週は新年度体制にともない「いろいろな意味で」忙しく昨夕は口もききたくないほど疲れておりました(笑)
今朝はおかげさまで大分回復しました。
気温の変動が激しいですからお気をつけて~
2014-04-18 23:26:16 unknown様 (ほたるぶくろ)
2014-04-19 09:28:32
コメントをありがとうございます。ご意見に賛同します。
Unknown (Muse)様 (ほたるぶくろ)
2014-04-19 09:37:18
Muse細胞に関しましてはご自身で文献、その他をお調べになることをお勧めします。臨床応用の実現にあと一歩のところまで来ており、私は非常に有望な技術だと期待しております。
いまはやり・・ (ベルドン)
2014-04-19 17:17:31
蛍袋・・日蔭好む・・
花言葉・・正義・・

全国至る所で・・咲けば良いのですが・・(笑)

O嬢・・物語の如く・・二時間会見・・疲労・・
ささいさん時間半・・疲労感なし・・メンタルかな・?
STAP細胞説明よりも・・
O嬢への御配慮・・強く・・

さながら・・Oさんと茂へい・・三味線が鳴る・・

「一足づつに消えて行く・・
 夢の夢こそあはれなれ・・
 あれ数ふれば暁の 七つの時が六つ鳴りて・・
 残る一つが・・」

とあれ・・
立派な高層建築完成・・

各階分担した設計家・・鼻高々・・胸張った・・
張ったが・・
通行人・・一階が無い・・と声出した・・
世界中が・・一階が無いと叫び出した・・

調べると・・成程・・
一階が無い・・消えていた・・

二階から建てられた建築物・・
それは・・それで価値がある・・主任建築家・・

日本も二階から・・建てられたのだろうか・・・(笑)


ペルドン様 (ほたるぶくろ)
2014-04-19 21:12:57
私は今回の論文をいま一度読んでいまして、
なんだかラビリンスか仕掛け絵の世界に迷い込んだような目眩を感じました。
表と思って進んでいたらいつの間にか裏側だった、というようなメビウスの環のような。
ともかくS氏がとびきり頭のよい人だということは今回改めて認識しました。しかし、サイエンスはそれだけでは困る。自然を相手にしているのです。進撃の巨人に食われないようにしてほしいと思います。
ロシアの格言 (ベルドン)
2014-04-19 23:14:39
「見知らぬ天使よりも・・
 知った悪魔の方がいい」

男の方は・・
スバ抜けた頭脳あるにせよ・・よく知った・・馴染みの悪党であり・・驚かない・・

女の方は・・
見知らぬ天使で・・せいしょ・書籍以外で・・実物に会ったことはない・・歴史上の人物・?

希少性から言えば・・
女の方が・・格上・・価値ある・・

価値あるにしても・・
役立たなかったにしても・・
二百回・・せいこうした・・と言ってもらえても・・
遭遇したくない・・・(笑)
捏造は無しと仮定して (ひ~)
2014-04-20 11:17:05
各事象の説明は、一見「(数学的)必要条件」を満たしているように書かれている。
しかし、それを手繰っていくと 完全には繋がっておらず、「必要十分条件」として成立していない。
そういう意味で、論文としての詰めが甘いというか、
悪く言えば「十分条件」を満たすまでの研究をするつもりがないのか、できないのか、
単に、もう満たしていると思っちゃったのか?
ペルドン様 (ほたるぶくろ)
2014-04-20 15:43:21
天使かどうかは。。まだ未定ですが。。。
ひ~様 (ほたるぶくろ)
2014-04-20 15:49:10
論理の詰めが甘かったのがなぜなのかはよくわかりません。
ただ「既存の幹細胞」の可能性を潰すのが難しいため
「体細胞からのリプログラミング」をアピールするデータをともかく寄せ集めた感はあります。頼みの綱のTCR再構成がSTAP細胞でしか見られなかったため、論理破綻を繕いつつなんとか手持ちのデータで逃げ切った、というところでしょうか。しかも論文は年度内に通さなくてはならないという強い背景があったのではないかと思います。
Unknown (しがない研究者)
2014-04-20 16:41:20
ブログ主様

ご丁寧にお相手下さりまして、まことにありがとうございます。
「厳しくことに臨むべきという世論」と申し上げた点については、やや誤解があったようですので、一部訂正させて頂けますと幸いです。

私が述べましたのは、不正論文に関わる関係者個々人に対する対応に対しての見解です。
筆頭著者のO氏に問われているのは画像操作と画像流用、W氏、S氏に問われているのは監督責任(不正行為を見逃した)と認識しております。
O氏に関しては、不正論文(Article論文)の責任著者の一人であり、かつ上記の不正行為を実際に行った以上、研究者として言い訳の聞かない過誤です。
W氏、S氏に関しては、特にO氏の不正行為を防ぐべき立場だったという判断のもと、監督不十分という認定です。
各人に対して相応のペナルティを課すことは当然ですが、現時点では上記の過誤に対してのみ問うべきのもであると考えます。

ブログ主様のご指摘の通り、今回の事例は、はからずも研究社会に内包される様々な問題点を提示するものとなりました。
その中には、研究倫理や共同研究における責任の所在といったものから、広報のありかた、研究組織のガバナンス、さらには昨今の極端な成果主義等が含まれると思います。
これらの問題点と向かい合い、改善を試みるための1つのきっかけとして、「厳しくことに臨むべき」という意見には同意します。
ただし、これらの負の因子を、関係者個々人に帰することがないように、とも思います。
それを懸念せざるを得ないほど、O氏やS氏への個人的バッシングが過熱しており、本来「組織」や「コミュニティ」に向かうべき批判をも彼らに向かっている現状は非常に危険だと思います。
(ブログ主様がそうだと申し上げているわけではありません、これまでの過熱報道や、報道に出てくる「識者」からコメントからの印象です)。

あくまで、今回明らかとなった不正行為には、規定に則った範囲内のでペナルティを。
今回の事例で特別に「厳しくことに臨むべき」ではないのでは、ということを申し上げたかった次第です。

TCR再構成の件に関してましては、改めました議論させていただければと思います。
しがない研究者様 (ほたるぶくろ)
2014-04-20 19:23:53
ご意見のご趣旨はよくわかりました。
私も今回の事件の責任を全て個々人へ帰することにならないよう
願っております。

理研内の処分は理研の責任で行われ、それによって文科省が
理研をどう評価するのか、注視して行きたいと思っております。
再び (Muse)
2014-04-27 14:12:12
自分の手でも知人の手でも再現できないし、他研究室からの報告も寡聞にして知りません。本当に「臨床応用一歩手前」でしょうか?
もし、追試の情報やマウスのMuse細胞樹立についての報告があるのでしたら教えていただきたいです。
Muse様 (ほたるぶくろ)
2014-04-27 16:59:41
少なくとも私はかなり高い確度の情報として「臨床応用一歩手前」と聞いています。
またMuse細胞と名付けられた細胞にとどまらず、脂肪組織から採取された多能性細胞も報告されており、臨床応用が始まっています。
臨床応用のためには全能性幹細胞である必要はありません。ある程度の範囲の細胞に分化できることで臨床には十分役立つことが沢山あります。

ところでMuse細胞の再現を試みられている方なのでしょうか?なにかMuse細胞に疑義があるのでしたら、ご自分の経験等を踏まえ、公表されるなり、ここにその経緯をきちんと示すなりされてはいかがでしょうか。それが専門家としての真摯な態度だと思います。
私の主張が誤っていることもありましょう。それを正して頂くことは大変有用なことです。
上記のような書き方では何をおっしゃりたいのかが伝わりません。是非ご自分の主張を詳しく展開してください。
Unknown (よこやり)
2014-04-27 17:13:33
Muse細胞の再現報告は、発表論文としてはほとんど報告例がありませんね。
ひとつ見つけたのは Heneidi S et al, (PLoS One. 2013)、でもデータがかなり怪しめ。
まぁオリジナルのMuse論文(PNAS)も、かなり厳しい論文でしたけど。
多能性かどうかすら怪しい、少なくとも論文上のデータでは。
学会発表レベルのことは分かりませんけど、何をもって臨床応用寸前なのかは不明ですね。

あと、ほたるぶくろさま、pluripotentとmultipotent、区別されてますか?
一連のコメントのやり取りみてると、区別されていないような印象受けますが。
よこやり様 (ほたるぶくろ)
2014-04-27 21:00:02
ご意見をありがとうございます。
Muse細胞については、私は臨床応用等についてこれ以上の情報を開示することは許されませんので、今後の展開をお待ち頂ければよいと思います。科学的におかしいと思われる点があるならば、詳細な記述をどこかに公表されたらいかがかと思います。

また「pluripotentとmultipotent、区別されてますか?」とのご質問ですが、私は区別して記述いております。おかしいと思われる点がありましたら、ご指摘ください。
結果が示されているわけではありませんが (ひ~)
2014-04-28 01:01:52
http://www.nedo.go.jp/activities/ZZJP_100033.html
平成25年度 6~7ページ
お返事ありがとうございます (Muse)
2014-04-28 08:38:56
私は幹細胞の研究者ではありません。従って、片手間で行った追試実験の結果については特に公表するつもりはありません。

ただ、Muse細胞についても他研究室での追試がされていないという認識を持っておりましたため、この細胞の存在を前提に議論されている事に違和感を感じた次第です。また、マウスの繊維芽細胞からの作成例を私は知らないのですが、通常、こうした細胞の臨床応用には動物実験で安全性試験を尽くしてから行うものと思っておりましたため、これについてもお尋ねした次第です。

興味本位で質問しましたが、お答えできる範囲でのご回答をいただけたと思っています。今後の展開を興味深く見守りたいと思います。
Unknown (よこやり)
2014-04-28 19:15:02
ご回答ありがとうございます。

pluripotency : (胚外組織以外の)全ての細胞種に分化できる能力
multipoteny : いろいろな細胞種の分化できる能力

という理解の上で、かつ、STAP論文のデータが捏造ではないという過程の上で、お尋ねします。
ほたるぶくろさんは、「「幼いマウスの免疫系細胞集団の中には全能性をもったMuse細胞が存在し、それらが選択され増殖したものをSTAP幹細胞として同定した」という仮説を覆す反証を示さない限り、STAP現象を証明したと主張することはできません」とおっしゃています。
この仮説の前提条件である、「幼いマウスの免疫系細胞集団の中ある全能性をもった幹細胞」について、どちらの分化能を想定されているのでしょう?
例えばMuse細胞の場合は、幾つかの組織特異的マーカーの発現をみているだけで、「multipotent」とはいえても「pluripotent」とまでいえるレベルのものではありません。
Muse細胞が交配可能な生殖細胞に分化できる、あるいは、拍動する心臓を作ることができるという証明も、発表論文では見当たりません。
一方で、STAP論文中で記載されてる多能性細胞はこれらの「pluripotency」の判断基準を満たすものです。
ほたるぶくろさんの仮説が反証として価値を持つのは、幼いマウスの免疫系細胞集団の中にpluripotentな幹細胞が存在するという確かな証明がある場合であり、その場合の幹細胞は、第三者的にも再現性が確認されて、pluripotencyが立証されたものである場合、と思います。
そのような幹細胞の存在が立証がなければ、ほたるぶくろさんの仮説に反証仮説としての意義はないのでは?
存在証明が明確であれば議論の余地がありますが、存在するかどうか分からないものを否定することは論理上不可能ですよね。

いずれにしろ、科学議論の作法として、ある仮説を完全否定するということはかなり難しいことです。
健全な科学者であれば、断定的な否定姿勢はむしろ避けるべきものだと思います。
複数ある実験データを統合的に考えて、AとBの可能性のうち、Aの可能性が考えやすいと判断すれば、著者がそう主張することには何の問題もありません。
データの解釈と、解釈に基づくストーリー提案は、論文を書く側の自由です。
ちなみに、アブストや文中の記載として、著者は「not」ではなく「rather than」という表現を用いている、つまりほたるぶくろさんが仰るような仮説を全否定してはいない。
一方で、ほたるふくろさんは著者らのいう主張を、訂正すべきものであるという、かなり強い姿勢で否定されていますよね。
であれば、それなりに確たる根拠に基づいて反証仮説を立てないと、それこそ「無責任な主張」では?

僕もSTAP論文は撤回すべきものと思っていますが、それは不正なデータが含まれるから。
論理的に弱いとか、実験が不十分とか、そんな理由で論文を撤回する必然はない。
Muse論文だって、最初のマウスiPS細胞論文だって、似たようなものでした。
論文である以上、完全に正しい内容でなければダメ、なんてのはただの幻想です。

あと、これはおまけですが、ほたるぶくろさんは、TCR再構成を決定的な証拠としてかなり重要視されているようですね。
が、TCRの再構成があれば間違いなく体細胞由来である証拠、ということもあまり意味はありません。
T細胞=体細胞は常識ですか?それならCD45陽性細胞=体細胞を否定する根拠もありません。
CD45陽性細胞群は体細胞、と、T細胞は体細胞、という主張は、論理上は同等の確からしさしかない。
CD45陽性細胞だろうがT細胞だろうが、そこにpluripotentな細胞があるという明確な存在証明はないし、非存在証明は不可能だから。
科学論議においては、全否定することも決めつけることもタブーで、可能性の確度を比較して論じていくことが正道です。

長くなってすみませんでした。
よこやり様 (ほたるぶくろ)
2014-04-29 10:37:05
ご意見の詳細を書いて頂き、ありがとうございました。頂いたご意見の内容に関しまして、いくつか私の方からも考えを書かせて頂きます。

「この仮説の前提条件である、「幼いマウスの免疫系細胞集団の中ある全能性をもった幹細胞」について、どちらの分化能を想定されているのでしょう?」
とのご質問ですが、まず「幼いマウスの免疫系細胞集団の中ある全能性をもった幹細胞」とは仮説の「前提条件」ではありません。このような細胞があるかもしれない、という仮説そのものです。私が記事の中で「幼いマウスの免疫系細胞集団の中には全能性をもったMuse細胞」と書いた仮説と同じものです。
御指摘の通り、現在論文発表されているMuse細胞は全能性幹細胞ではありません。多能性幹細胞です。全能性のある細胞は証明されていません。しかし、もしかしたら生後間もないマウスの脾臓にはそのような細胞が存在するのかもしれません。
おっしゃるようにこの細胞の存在を否定するのは殆ど不可能でしょう。
そこで「体細胞が初期化した」という議論をするためにTCR再構成という「体細胞である」というマーカーを使用したのでしょう。ですから、TCR再構成は非常に重要です。

ところで
「TCRの再構成があれば間違いなく体細胞由来である証拠、ということもあまり意味はありません。」とはどういうことでしょうか?
TCR再構成があった、ということは少なくともある細胞がT細胞系列へ分化している、という証拠です。ですから幼いマウス脾臓細胞から得られたTCR再構成がある細胞は体細胞といえます。
CD45というマーカーは遺伝子の発現ですから、STAP細胞からSTAP幹細胞ができた場合、STAP幹細胞では発現がオフになると論文にもあります。つまり、のちのちまで残るマーカーたり得ないのです。ゲノム遺伝子の変化は、体細胞が幹細胞に初期化されようが、そこからまた体細胞に分化しようが、ずっとゲノム遺伝子に残るため、細胞をトレースするマーカーたり得るため、証拠として非常に重要です。

「論文である以上、完全に正しい内容でなければダメ、なんてのはただの幻想です。」
とありますが、私は「論文である以上、完全に正しい内容でなければダメ」などとは主張していません。そもそも実験データとはその時代の技術の限界による部分が大きく、そのときには正しいと考えられても後に正しくなかったと分かること、はよくあることですし、それこそが科学の発展そのものです。しかし、データと主張が合っていない論文とは科学論文とはいえないでしょう。

「科学論議においては、全否定することも決めつけることもタブーで、可能性の確度を比較して論じていくことが正道です。」
それは当たり前のことです。科学の進歩は常にこれまでの常識を覆すことです。その意味では全ての現在の知識には「絶対」なものはないといってもよいでしょう。
ひ~様 (ほたるぶくろ)
2014-04-29 10:54:47
せっかく貼ってくださったURLですが、長過ぎてこの頁が読みにくいので、申し訳ありませんが非表示とさせて頂きます。
ひ~様が貼ってくださったのはウイキペディアの「ミューズ細胞」という項目の頁です。
Unknown (よこやり)
2014-04-30 20:21:35
ほたるぶくろさま

ほたるぶくろさんが仰っていることは正論だと思います。
その上でお尋ねします。
「あるかないか分からないものまで否定しないと、科学論文とはいえない」とおっしゃっているのですか?
繰り返しますが、著者らは、ほたるぶくろさんのがおっしゃっているような可能性を否定はしていません。
逆に、ほたるぶくろさんは、著者らの主張を訂正すべきものと、強い姿勢で否定されています。
否定するのですから、それなりの根拠を示さないと、というのが僕の意見。
あるかどうかわからないけど、もしかしたらあるかもね、というふわっとしたものを根拠にするのは、それこそ科学議論にならないのでは?

もし、「あるかないかわからない」未知のものまで完全否定しないと科学論文として正しくないとすれば、TCR問題についてもいろいろ無茶な問題設定もありえますよ?
TCR再構成を終えた細胞群の中に、多能性幹細胞がないと言い切れる絶対的な証明は?
リプログラミングによりTCR geneも再構成前に戻る可能性は絶対に、絶対にないと言い切れる根拠は?
(ちなみにiPS化の過程である種のgene correctionが起こるという報告はあります、再現性等はしりませんが)
まぁこのへんは冗談ですけど、「あるかないかわからないもの」を完全否定することは、あまり生産的な作業ではないですよね。

というわけで、僕には、TCR再構成の件のみをもって、これほど強気に他人のデータ解釈を否定する姿勢が不思議でしょうがない。
TCR再構成跡がない限り体細胞とは認めない、という、むしろ科学的とは思えない姿勢が不思議です(体細胞ではないかもね、なら同意)。
確かにTCR再構成の跡があれば、それがほぼ確実な証拠になることは分かります。それがあれば著者らの主張は98点でしょう。
でも、CD45陽性細胞を材料にしていることで、70点くらいあげてもいいのでは?
だって、これまで「CD45陽性のpluripotentな細胞」なんてものはただの1例の報告もないのだから(あったら教えて下さい)。
それに加えて、CD45陽性細胞がOct4陽性になっているデータとか、こまごまとしたデータを加えて80点。
こまごまとしたデータの積み重ね、それを解釈して論文として主張するのが、そんなにダメなことですか?

このSTAP問題については、名の知れた科学者ですらヒステリックになっていて滑稽です。
不正は不正として厳しく対処するとして、科学的な部分は冷静に推移を見守るなりしてればいいのに。
採点 (ペルドン)
2014-05-01 12:21:05
誰も・・
O嬢も・・
解答出来ない・・問題・・

採点出来る方・・出現・・
きっと・多分・・天才に違いない・・
日本の為に・・心強い・・・(笑)
よこやり様 (ほたるぶくろ)
2014-05-01 20:52:09
再びご意見をいただきありがとうございます。
以下に、ご質問、ご意見に沿いながら私の意見を書いていきます。

>「あるかないか分からないものまで否定しないと、科学論文とはいえない」とおっしゃっているのですか?
私のこれまでの主張をよく読んで頂ければ、そのようなことは言っていないことは明らかだと思います。

>繰り返しますが、著者らは、ほたるぶくろさんのがおっしゃっているような可能性を否定はしていません。
>逆に、ほたるぶくろさんは、著者らの主張を訂正すべきものと、強い姿勢で否定されています。
>否定するのですから、それなりの根拠を示さないと、というのが僕の意見。
「否定されています。」  とおっしゃいますが、私が何を否定しているとお考えなのでしょうか?
私は主張を訂正するべきだと言っています。論文の中に示されているデータが示す以上の結論を主張しているのですから、訂正してしかるべきと思います。

>あるかどうかわからないけど、もしかしたらあるかもね、というふわっとしたものを根拠にするのは、
>それこそ科学議論にならないのでは?
この部分は意味が不明です。私は 「仮説」 として成り立つ可能性は述べていますが、
「もしかしたらあるかもね、というふわっとしたものを根拠」 にした議論はしておりません。

>もし、「あるかないかわからない」未知のものまで完全否定しないと科学論文として正しくないとすれば、
「「あるかないかわからない」未知のものまで完全否定」 は論理的に無理でしょう。
ですから、逆に体細胞であることが明らかなTCR再構成の起こった細胞を用いて、そのような細胞が初期化し、万能細胞としてまたマウスを生成したと証明すればよいのです。
この場合「「あるかないかわからない」未知のもの」に関しては分からないままですが、何の問題もありません。
論文の主張は「体細胞が初期化し万能細胞になる」ということだからです。

>TCR問題についてもいろいろ無茶な問題設定もありえますよ?
>TCR再構成を終えた細胞群の中に、多能性幹細胞がないと言い切れる絶対的な証明は?
これは面白い問いですね。仮説として取り組んでみるのはよいかもしれません。がん幹細胞の母地かもしれません。

>リプログラミングによりTCR geneも再構成前に戻る可能性は絶対に、絶対にないと言い切れる根拠は?
>(ちなみにiPS化の過程である種のgene correctionが起こるという報告はあります、再現性等はしりませんが)
>まぁこのへんは冗談ですけど、「あるかないかわからないもの」を完全否定することは、あまり生産的な作業ではないですよね。
冗談だとご自分でおわかりのようですので、結構です。

>というわけで、僕には、TCR再構成の件のみをもって、これほど強気に他人のデータ解釈を否定する姿勢が不思議でしょうがない。
>TCR再構成跡がない限り体細胞とは認めない、という、むしろ科学的とは思えない姿勢が不思議です
>(体細胞ではないかもね、なら同意)。
>確かにTCR再構成の跡があれば、それがほぼ確実な証拠になることは分かります。それがあれば著者らの主張は98点でしょう。
>でも、CD45陽性細胞を材料にしていることで、70点くらいあげてもいいのでは?
>だって、これまで「CD45陽性のpluripotentな細胞」なんてものはただの1例の報告もないのだから(あったら教えて下さい)。
>それに加えて、CD45陽性細胞がOct4陽性になっているデータとか、こまごまとしたデータを加えて80点。
>こまごまとしたデータの積み重ね、それを解釈して論文として主張するのが、そんなにダメなことですか?
データが示していること以上の主張をすることは、慎むべきです。

>このSTAP問題については、名の知れた科学者ですらヒステリックになっていて滑稽です。
どなたもヒステリックではありません。ただ、通常より多くの方が公に発言しています。
それほどに今回の問題は様々な点で重要であったということです。

>不正は不正として厳しく対処するとして、科学的な部分は冷静に推移を見守るなりしてればいいのに。
通常はそのように対応するでしょう。今回は、それでは済まないように発表者自らがしてしまったということです。
現実論 (卵)
2014-05-04 12:03:39
こんにちは。
よこやりさんとほたるぶくろさんのやりとり、おもしろいですね。
「TCR再構成跡がないと体細胞の証拠がない」by ほたるぶくろさん
「CD45陽性細胞が体細胞の証拠として不十分とはいえない」byよこやりさん
思うに、よこやりさんはプロの研究者とお見受けしました、しかも幹細胞研究のプロ。
ほたるぶくろさんは、専門家って程ではない?学生さん?少なくとも現場の方ではなさそう。
僕は大学院で修行中の、リプログラミング研究の卵です。
ほたるぶくろさんは、関連の体細胞リプログラミング論文を読んだりします?
核移植、遺伝子操作、細胞融合、いろいろ論文が発表されてますよ。
で、TCR再構成の痕跡を体細胞証拠として示している論文がどれだけあるのか、確認してみて下さいな。
ゼロではないにかもしれないけど、基本的にはそんな論文ないから。
最近の大きな進展、化合物によるiPS細胞作製法でも、ヒト体細胞の核移植によるリプログラミングでも、遺伝子導入による造血幹細胞誘導でも。
ほたるぶくろさんが査読者だったら、この世のリプログラミング論文のほとんどはレジェクトだ(笑)。
論文査読者は経験のある研究者なはずだけど、彼らはみんなほたるぶくろさんより無能なのか?
そうじゃなくって、多くの幹細胞研究者にとって、生後のマウスの体内に多能性幹細胞が存在するかも、っていう仮説はほとんど相手にされていないっていう現実があるんです。
それじゃアマい!という個人的感想はあるでしょうけどね。
ここでいっているのはそういう個人的見解じゃなく、何百とあるリプログラミング論文で、TCR再構成のデータなんて誰も要求されていない、「それってもとの体細胞がMuseだったんじゃない??」みたいに考える査読者はいない、っていう客観的な現実の話です。
卵様 (ほたるぶくろ)
2014-05-04 17:52:00
ご意見をありがとうございます。
一連の記事をきちんと読んでいただければ、
「一般的に「TCR再構成跡がないと体細胞の証拠がない」」
であるから
「この世のリプログラミング論文のほとんどはレジェクトだ(笑)。」
とするような主張をしているのではないことが分かるはずです。

誤った解釈をしたまま、議論の論点をすり替える、議論のための議論は不毛です。

卵様は
「僕は大学院で修行中の、リプログラミング研究の卵です。」
とのことですので、しっかりとリプログラミングの研究に励まれることを願っております。
笹井氏の本音 (とうりすがりのもの)
2014-05-12 00:44:07
科学は事実がすべてです。それ以上でもそれ以下でもありません。スタップ現象は検証するに価する仮説というのであれば自ら検証するべきである。スタップは私の仕事ではないし、私はもうかかわらない。これ以上無責任な発言はない。最初の会見のときipsと比較した手作りの間違ったデータをマスコミに配りこれからはips ではなくスタップの時代だと熱弁をふるい、一つ一つのデータがきちんとうらずけられ疑いようがないと嬉しそうにかたっていた。若い技術者の杜撰な取り扱いによるミスというのなら、夢の万能細胞だというのなら、その仮説を立証する責任がある。
最初から知っていた? (Unknown)
2014-05-12 08:56:54
その文言が物語ることとは?
https://www.youtube.com/watch?v=uHGdoSo1FlA
とうりすがりのもの様 (ほたるぶくろ)
2014-05-13 07:57:47
ご意見をありがとうございます。

「最初の会見のときipsと比較した手作りの間違ったデータをマスコミに配りこれからはips ではなくスタップの時代だと熱弁をふるい、一つ一つのデータがきちんとうらずけられ疑いようがないと嬉しそうにかたっていた。」
このS氏の行動を決して忘れてはいけないでしょう。この行動の裏にどのような意図があったのか。その後の会見で述べられた「T氏に頼まれた論文の改訂作業をしたまで」というには熱心すぎたように思います。

私は迂闊にもS氏のこのあまりにも驚くべき会見での行動にすっかりだまされました。素直に「そうなんだ」と思ったものです。「あのS氏」がここまで公言するのであるから大丈夫であろう、という思い込みがあったわけです。猛省しています。
2014-05-12 08:56:54unknown様 (ほたるぶくろ)
2014-05-13 08:05:08
張り付けをありがとうございます。
彼女の今後の成長を心より願っております。
どうせ・・ (ペルドン)
2014-05-13 10:17:08
川に・・
流される・・定めなら・・
せめて・・
「姫」
と名付けてやりたかった・・

物の怪姫・・想っているでしょう・・
STAPより・・いいかな・・・?(笑)

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