中田真秀(なかたまほ)のブログ

研究について、日常について、その他。

検索機能をつけました 巨大な小分子の最安定構造+波動関数データベース

2016-08-24 16:22:23 | 日記
PubchemQCに検索機能をつけました

とりあえずトップページの一番上の検索窓から"water"とか入力してみてください。
すると、データベースの中にある、水分子のgamess input/outputが出てきます。このinputでは、構造最適化を既に済ませてます。また、qchem, gaussian, nwchem, smash, fireflyのinputも機械的に生成してくれますので、自分の好みの量子化学計算のパッケージで確かめたい場合はどうぞ。

もし、データベースの中に無ければ(計算が失敗したり、計算がまだ流れていない場合など)、
下の方の検索窓から調べてください。とりあえずopenbabelで作った座標がでてきます。
さらに、同じように、inputも生成されて出てきます。ready-to-runもの、つまりそのまま計算流せます。ただ、座標を作るのは計算重めなので連続押しは禁止です。

とりあえずここで公開してみてどの程度まで負荷がかかるか見てみたいなと。

よろしくお願いいたします。

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諦めの境地 Ikalog on Mac OSX Blackmagic UltraStudio Mini Recorder

2016-05-26 07:38:05 | 日記
Raspberry Piでikalogをやろうと思ったが、HDMIのキャプチャが不安定で萎えていた。
結局Blackmagic ultra studio mini recorderでできるようになった。
基本Raspberry Piでikalogできてたので余裕をかましていたが、最初はうまくゆかなかった。

ハマった点



いずれにせよ、thunderboltでHDMIの1280x720の 720p59.94は、150MB/sくらいで余裕だが、そこまでするか、牛刀をもって鶏を割く感がものすごくする。もう一つ、イカのためにここまで投資するかみたいな。
ウデマエはA維持。4まで落ちたが...トモダチのおかげで40くらいまで上がった。どうもボクは打ち合いが苦手のようですぐやられる。どんな人達か知らんがありがとう
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選択公理についてわかりやすいサイト見つけた

2016-05-20 20:03:03 | 日記
最初にexecuseしておくと、ボクは数学は苦手かつ趣味程度なので以下、よくわかってない可能性が高い。

選択公理は直感に反さないだろいい加減にしろ!
というページが有って大変興味深く読んだ。

さらに壱大整域さん(名前がわからん?)選択公理 選択公理と同値な命題とその証明
というページをつくっていて、これまたいろいろ集めたな~と。

選択公理というととても自明なものに見えるが、公理ということで、示すことはできないことが知られている。
そしてこれがないと様々なことが示せない。たとえば、
∪∩の分配法則
とか
線形空間における基底の存在
とか、
実数関数の連続性
とか、
可算個の可算集合の和集合は可算集合
とか
一見当たり前のようにみえることも、選択公理を認めなければ示せない(実はこれらの命題は同値である)。

また、Zornの補題とかTychonoffの定理とか、わかりにくい命題たちも同値である。

個人的には、よくある定義より、壱大整域さんが提示していた
選択公理 任意の集合は選択関数を持つ.
という定義はとても納得しやすいと思う。昔教科書で読んだ
選択公理とは「 { Xλ }λ∈Λを空でない集合からなる族とすれば、直積 Πλ∈ΛXλも空でない」という定義は
自明すぎてなんでそんなんが公理やネンと理解できず長年イラッとしつづけていた。

実数関数の連続性の証明に選択公理を使うところ、
「Xn := { y∈R | |x-y|<1/n かつ |f(x)-f(y)|≧ε } と置けば Xn≠∅ である.よって選択公理により(xn)n=1∞∈Πn=1∞Xn が取れる」
のようにexplicitにすると、ありがたみが分かってよい。

ということで自分でも選択公理が無い世界は考えづらいのだが、選択公理無しでどこまで行けるかも研究されている。








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非公式HOKUSAI Great Wave利用状況 tweetbot

2016-05-07 14:24:08 | 日記
非公式HOKUSAI Great Waveの利用状況をモニタリングしつぶやいてます
5分おきにlistcpuしてその結果を解析してtweetしてます。
HOKUSAIにアカウントを持っている人は全員可能な範囲でやっております。

比較的SSCが空いてますね。ただしワンコアジョブしか流れませんが。

利用者のかたは良かったらfollowしてね♥

@hokusai_accc
https://twitter.com/hokusai_accc

です。

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Mathematicaの利用状況@理研和光キャンパス on twitter @MathRIKENWako

2016-05-03 22:41:56 | 日記
Mathematicaの利用状況@理研和光キャンパスをtwitterでつぶやいてみることにした。
多数ライセンスを消費したいという要望もあるが、みんな恐る恐るっぽい気もしないでもない。
利用状況は最大で15程度と最大30ライセンスなんで、まぁまぁ、というところ。
安心して共同利用となるとこういう情報があったほうがいい。
ま~みんな利用登録はするけど実際はそこまでつかわないよね。

利用者のかたは良かったらfollowしてね♥

@MathRIKENWako

です。

ちなみに利用したい方は理研和光情報基盤センターに来て、利用登録してください。
(和光が主務かつ物理的なマシンが和光にある場合、利用できます。正しく、詳しくは
ライセンスをご参照頂きます)
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