婦警になったばかりの青来 照はデスキラーズの怪人の怪人と遭遇する。絶体絶命のピンチとなった時プリズム星の科学の粋で造られたセイントジュエルの力で
プリズムブルーに変身し怪人達を倒すのだった。だが、この時から彼女の戦士としての試練がはじまるのだった。
残る二つのセイントジュエルを必死で探す蛇の女幹部マンバラがプリズムブルー/青来 照に襲い掛かる!まだプリズムスリーとして揃わないプリズムブルーは戦いに敗北して肉体を痛めつけれれ尋問にあう!
人類の未来と仲間を守る一心でプリズムブルー/青来 照はボロボロになり気絶失神を繰り返しながらも勝機のチャンスを待つのだったが・・・!?
果たして彼女の運命は!?