1889年1月3日にニーチェの精神は崩壊した。この日、ニーチェがトリノ市の往来で騒動を引き起して二人の警察官の厄介になったということ以外の正確な事情は明らかになっていない。しばしば繰り返される逸話は、カルロ・アルベルト広場で御者に鞭打たれる馬を見て奮い立ったニーチェがそこへ駆け寄り、馬を守ろうとしてその首を抱きしめながら泣き崩れ、やがて昏倒したというものである（偶然ながら、ドストエフスキーの『罪と罰』で主人公のラスコーリニコフが少年時代に鞭打たれる痩せ馬を見て泣き喚いたときのことを夢に見てうなされるというまったく同様の場面がある）。
数日後、ニーチェはコジマ・ヴァーグナーやブルクハルトほか何人かの友人に短い手紙を送るが、それらはいずれも狂気の徴候を示すものであった。ブルクハルト宛の手紙では「私はカイアファを拘束させてしまいました。昨年には私自身もドイツの医師たちによって延々と磔にされました。ヴィルヘルムとビスマルク、全ての反ユダヤ主義者は罷免されよ！」と書き、またコジマ・ヴァーグナー宛の手紙では「私が人間であるというのは偏見です。…私はインドに居たころは仏陀でしたし、ギリシアではディオニュソスでした。…アレクサンドロス大王とカエサルは私の化身ですし、ヴォルテールとナポレオンだったこともあります。…リヒャルト・ヴァーグナーだったことがあるような気もしないではありません。…十字架にかけられたこともあります。…愛しのアリアドネへ、ディオニュソスより」と不可思議な内容を書き綴った。
1月6日、ブルクハルトはニーチェから届いた手紙をオーヴァーベックに見せた。翌日にはオーヴァーベックのもとへも同様の不可解な手紙が届き、友人の手でニーチェをバーゼルへ連れ戻す必要があると確信したオーヴァーベックはトリノへ駆けつけ、ニーチェをバーゼルの精神病院へ入院させた。このころニーチェはすでに完全な狂気の淵へ陥っており、母フランツィスカはイェーナの病院でオットー・ビンスワンガー（Otto Binswanger）に診てもらうことを決める。その後1889年11月から1890年2月まで、医者のやり方では治療効果がないと主張したユリウス・ラングベーン（Julius Langbehn）が治療に当たり、ニーチェの扱いについて大きな影響力をもったが、やがてその秘密主義によって信頼を失い、フランツィスカは1890年3月にニーチェを退院させて5月にはナウムブルクの実家に彼を連れ戻した。初期の解説者はしばしば梅毒への感染を精神崩壊の原因とみなしているが、ニーチェの示している徴候は梅毒の症例とは矛盾しているところも見られ、脳腫瘍と診断する向きもある。大方の解説者はニーチェの狂気と哲学を無関係なものと考えているが、ジョルジュ・バタイユやルネ・ジラールなどのように、ニーチェの狂気は彼の哲学によってもたらされた精神的失調だと考えるものもある。
エリーザベト・フェルスター＝ニーチェ、1894年この間にオーヴァーベックとガストはニーチェの未発表作品の扱いについて相談しあった。1889年1月にはすでに印刷・製本されていた『偶像の黄昏』を刊行、2月には『ニーチェ対ヴァーグナー』の私家版50部を注文する（ただし版元の社長C・G・ナウマンはひそかに100部印刷していた）。またオーヴァーベックとガストはその過激な内容のために『アンチクリスト』と『この人を見よ』の出版を見合わせた。ニーチェの受容と認知が最初の波を迎えようとしていた。
1893年、エリーザベトが帰国。パラグアイでの「ドイツ的」コロニー経営に失敗した夫が自殺したためである。彼女はニーチェの著作を読み、かつ研究して徐々に原稿そのものや出版に関して支配力を振るうようになった。その結果オーヴァーベックは追い払われ、ガストはエリーザベトに従うことを選んだ。1897年にフランツィスカが亡くなったのち兄妹はヴァイマールへ移り住み、エリーザベトはニーチェの面倒をみながら、訪ねてくる人々（その中にはルドルフ・シュタイナーもいた）に、もはや意思の疎通ができない兄と面会する許可を与えていた。
1900年8月25日、ニーチェは肺炎を患って55歳で没した。エリーザベトの希望で、遺体は故郷レッケンの教会で父の隣に埋葬された。ニーチェは発狂前に「私の葬儀には数少ない友人以外呼ばないで欲しい」との遺言を残していたが、エリーザベトはニーチェの友人に参列を許さず、葬儀は皮肉にも軍関係者および知識人層により壮大に行なわれた。ガストは弔辞でこう述べている。
―― 「未来のすべての世代にとって、あなたの名前が神聖なものであらんことを！」（ニーチェ自身がいかに神聖視されたくないかを『この人を見よ』の中で語っていることに注意。「私は聖者にはなりたくない。道化のほうがまだましだ」）
エリーザベトはニーチェの死後、遺稿を編纂して『力への意志』を刊行した。のちに「ニーチェの思想はナチズムに通じるものだ」との誤解を生む原因となったエリーザベトの恣意的な編集（次節参照）がニーチェの意図を正確に反映したものでないことは広く知られており、決定版全集ともいわれる『グロイター版ニーチェ全集』の編集者マッツィノ・モンティネリは「贋作」とまで言い切っている。