明治憲法も、信教の自由を保障していたが、同憲法のもとでは、「神社は宗教にあらず」という解釈のもとに、天皇の祖先を神として祀 (まつ)る神社神道は、実質上国教として優遇され、この結果、信教の自由は制限された。また、神道の教義は、軍国主義の台頭とともに、その精神的支柱としての役割を果たすことになった。
こうした経緯から、第二次世界大戦後、GHQ(連合国総司令部)は、国家と神道の分離を内容とする「神道指令」を発し、これを受けて、日本国憲法は、信教の自由(20条1項・2項)を定め、また、同自由を実効的に保障するために、厳格な政教分離の原則(20条1項・3項、89条)を採用した。日本国憲法が保障する信教の自由は、自己の欲する宗教を信仰