アノテーション

｢アノテーション」とは、ウィキペディアによれば、｢あるデータに対して関連する情報を注釈として付与すること。XML等の記述形式を用いてメタデータをタグ付けする場合が多い。付与したメタデータやたぐを指してアノテーションという場合もある。｣と説明されている。

一言で言うと、｢データに対する注釈｣のことだと簡単に考えていたが、実はそうではないことが分かってきた。現在、Clostridium perfringensという細菌種について、自分の研究室で分離した株の全ゲノム解析を行っているが、その解析結果のシーケンス情報のアノテーションが非常に複雑である。アノテーションを行うにあたっては、細菌のDNAからの遺伝子発現の機構について考えなければならない。細菌のDNAからの遺伝子発現において、以下の特徴がある。

1. 塩基3個で1つのアミノ酸が決まるので、3通りの読み取り枠が存在する。

2. DNAの2本鎖のどちらもセンス鎖となる。つまり、DNA上の遺伝子の走行方向は2通りある。

3. 開始コドンと停止コドンを見つけて、その間の塩基配列がタンパクをコードした遺伝子となる。

これら3つの特徴をふまえて、発現遺伝子をピックアップしていくのが、アノテーションとなる。

ひとまずここまで。