MySQLに大量データをインポート

さらにMySQLを高速化する7つの方法

このサイトから引用。

もし新たなInnoDBテーブルにCSVファイルからデータを大量に
ロードしたい場合にはLOAD DATAコマンドを利用せず、
CSVストレージエンジンからInnoDBテーブルに
ALTER TABLEするという技が存在するのでお勧めである。
ALTER TABLE時には1万行ごとにCOMMITしてくれるので、
上記のようなUNDOログの問題は発生しない。

CSVエンジンからInnoDBにALTER TABLEでバコっとやると速いらしいです。
実際に必要になった時はベンチマークをとって試してみる価値がありそうです。