ものづくりのための研究ノート043：STAP細胞＝ES細胞でない？？「kahoの日記」の意外な結末!!

STAP細胞の正体を示唆する興味深い分析として、これまでも何回か取り上げてきた「kahoの日記」であるが（ものづくりのための研究ノート027：「kahoの日記：STAP細胞の非実在性」はどこまで信じてよいのか？など参照）、１）その審議とともに２)その作者であるkahoさんの正体は謎に包まれたままだった。

しかしながら本日発表されたニュース（例えば以下,「２種の細胞、混合使用か　存在の証拠揺らぐ　データ解析で判明」）により、その謎がほぼ明らかになったといえよう。

基本的には、理研上級研究員の遠藤高帆さんによる、Nature論文の次世代シーケンスデータの解析により、STAP細胞がES細胞とTS細胞の混ざりものではないかということが示唆されたというニュースである。

１）真偽は？
２）kahoさんの正体
３）なぜこの時期？

であるが、

1)真偽についてであるが、ものづくりのための研究ノート027：「kahoの日記：STAP細胞の非実在性」はどこまで信じてよいのか？にもあるように、kahoさんは4月当時CNV（コピーナンバーバリアンス）を根拠にSTAP細胞＝ES細胞と言われていた。

現在STAP細胞がES細胞とTS細胞の混ざりものではとなっているから、その後の分析で違った結果が出たのかもしれないが、4月当時の分析でいわれていたSTAP細胞＝ES細胞という主張は、ちょっといいすぎだったのではないか？

ものづくりのための研究ノート027：「kahoの日記：STAP細胞の非実在性」はどこまで信じてよいのか？でもちょっと述べていたが、当時のkahoさんのデーターを素直に解釈すると、STAP細胞はES細胞とCD45+細胞の中間のような細胞であったから、当時から複数の細胞が混ざっているという分析をすべきだったとも思う。

（以下の図参照　一番上：コントロール細胞（別論文の細胞）とES細胞の比較、2番目CD45+細胞とES細胞の比較、3番目STAP幹細胞とES細胞の比較。図のような染色体全体のリード数のパターンをみていると、CD45+細胞とES細胞は極端に違うこと（2番目）、またES細胞とSTAP幹細胞（4番目）は同様のパターンであることはわかるのですが、STAP細胞（3番目）に関してはCD45＋細胞とES細胞もしくはSTAP幹細胞細胞の真ん中（というか足して２で割った）のような特徴があります。図でも目で見てわかる程度にパターンが違います。）。



今回のSTAP細胞＝ES+TS細胞という主張も言い過ぎでなければよいのだけれど。。

２）kahoさんの正体
当時から２ちゃんでは、kahoさんの正体は遠藤高帆さんか、金川終身さんかという話が出ていた。２ちゃん恐るべし。。

３）なぜこの時期？
Kahoさんはこの解析結果を論文投稿するといわれていたから、それが受理されたからというのが考えやすい（*　やはりそうらしい。6月12日追記参照）。

あとは今日になって、STAP論文:幹細胞に不自然な遺伝子 第三者機関が解析 - 毎日jp」というニュースがでてきており、近く発表されるということであるから、その影響もあるのかもしれない（*）。

STAP細胞があるという証拠がほとんどなくなってしまった現在、いまさら感があるのは否めない。トータルとしてなんでこんなことになってしまったのか？この件、はなはだ残念な一件としか言いようがない。

以下産経ニュースサイトより引用。
2014.6.4 00:27 （1/2ページ）［ＳＴＡＰ細胞］

　新型万能細胞とされる「ＳＴＡＰ（スタップ）細胞」の論文で、理化学研究所の小保方（おぼかた）晴子・研究ユニットリーダー（３０）らが培養しＳＴＡＰ細胞として公開した遺伝子データが、胚性幹細胞（ＥＳ細胞）など２種類の細胞を合わせて得られたデータだった可能性の高いことが３日、分かった。理研の遠藤高帆（たかほ）・上級研究員が論文のデータを独自に解析して判明したもので、ＳＴＡＰ細胞の存在の証拠が根底から大きく揺らいだ。

　問題となったのはＳＴＡＰ細胞を培養してできる幹細胞。小保方氏らは「Ｆ１」という種類のマウスから作り、胎盤にもなる能力があると論文に記載した。

　だが論文に付随してインターネットで公開された遺伝子の働き具合を示すデータを遠藤氏が解析したところ、ＥＳ細胞と、胎盤になる能力のある幹細胞「ＴＳ細胞」が混ざった特徴があった。作ったマウスも「Ｂ６」「ＣＤ１」という別の種類だった。

これにより、ＳＴＡＰ細胞の大きな特徴である胎盤に分化できる能力がＴＳ細胞に由来していた可能性が浮上。遠藤氏は５月２２日、理研に解析結果を報告し「偶然や間違いで起きるとは考えにくく、意図的に混ぜ合わせた可能性がある」などと話したという。

　理研は「この結果だけではＳＴＡＰ細胞の存否を結論付けることはできない」として、理研内の再現実験チームの検証結果が出てから慎重に判断する方針だ。

　論文共著者の丹羽仁史・プロジェクトリーダーは４月の記者会見で、「ＥＳ細胞とＴＳ細胞が均質に混ざり合ったものを作るのは、私の経験上困難だ」と否定していた。

（*）（6月4日追記）とうとう本日ＳＴＡＰ主論文撤回、共著者のバカンティ教授も同意 といった話もでてきました。再度ですが、トータルとしてなんでこんなことになってしまったのか？この件、はなはだ残念な一件としか言いようがない。

(6月11日追記）この研究の続報で、遠藤さんたちは、ほぼすべての細胞（CD45＋細胞以外？）に8番染色体のトリサミーがあることを見つけたらしい。8番トリソミーは長く飼ったＥＳ細胞に多く、これがあるとマウスはできないそうな。。http://www3.nhk.or.jp/news/html/20140611/k10015134871000.html参照。いやはや脱帽である。

(6月12日）以上の話、日経サイエンスの号外「【号外】STAP細胞　元細胞の由来，論文と矛盾」が詳しい。pdfはこちらからダウンロードできる。

これによると、最初にやっていたChip-seqのinput DNAのシーケンスデーターによるゲノムの解析でなく結局、RNA-seqデーター中（mRNAのシーケンス）のSNPの解析でものをいったらしい。

「ほとんどの染色体のmRNAでB6系統と129系統のSNPが50％ずつ見つかったのに，
8番染色体だけは

B6系統のSNPが全体の33％しかなく，
67％が129系統のSNP

だったという。

この不均衡は，B6系統の染色体と129系統の染色体の数が異なることを示唆している。B6のSNPと129のSNP
の数の比は約1：2。つまり

B6由来のmRNAと129由来のmRNAの比が

1：2

だということで，
8番染色体は，B6系統の染色体が1本，129系統の染色体が2本あるトリソミーになっていた可能性が高い」


とある。

Chipデーターによるゲノムの解析だけでは難しかったのかもしれない。
またやはり「結果は近く論文として発表される」とある。

ちなみに、遠藤高帆さんは当初kahoの日記で、「このRNA-seqデータは調べたい内容に対して不適当なほど長い配列を読んでおり，扱いづらい（計算時間がかかる）」と言っておられた。この辺との関連も何かあるのだろうか？近く発表される論文が興味深く、掲載が待たれる。

(6月16日追記）
GFPの遺伝子の挿入部位を解析した若山先生たちのデータが公表された。
「若山氏が小保方晴子・理研ユニットリーダーに提供したマウスは、蛍光遺伝子が１８番染色体上にあった。しかし、論文のＳＴＡＰ細胞から作ったとされた８株の幹細胞の分析では、蛍光遺伝子が１５番染色体上にあり、食い違った。（読売新聞記事より）」

結局STAP細胞＆STAP関連細胞の系統としては
１）ES細胞単独
２）ES+TS細胞
３）ES+体細胞
の３つがあるのかもしれない。あくまでも推測だけれど。。

(8月5日追記)
最近ちょっと興味が失せたせいで、この話題フォローしていなかった。本日キーパーソンの笹井先生がお亡くなりになり言葉をうしなってしまう。

たしか、6月16日の若山先生たちのデーター解析の結果はちょっと訂正されたのと、論文自体は7月に撤回された。
また笹井先生だけでなく、共著者に名前を連ねている大和先生はこの問題発覚と前後して体調を崩されたとお聞きする。

最初はちょっとしたボタンの掛け違いだったのかもしれないが、こうまで悲劇的な状況が続くと、もう少し前で何とかできなかったのか？と思ってしまう。少なくとも論文発表前に、もう少し慎重であってもよかったのかなと思うし、彼らの能力ではそれができたのではないか。この問題で、怨念といってもいいほどの人間の業の深さを思い知る。

ただいずれにせよ笹井先生ご冥福をお祈りしたい。

（追記）2016年3月1日追記。
個人的にはもはや興味を失っていたのだけれど、未だにこのブログのSTAP関連の項目を目にされている方が多い様なので、追記しておく。

2015年9月24日同様の趣旨からなる論文をNatureが掲載した。

１報目"Failure to replicate the STAP cell phenomenon"はボストンを中心とした幹細胞分野の大御所たちのチームによるもの
２報目"STAP cells are derived from ES cells"は理研のグループによるもの

の二つで、１はほぼ全てのSTAPのprotocolを検証し、作成できないことを示すとともに、バイオインフォマテッィクスを利用してSTAP細胞とされていたものに、ESが混ざっていることを証明したもの、２もバイオインフォマティックスを用いてESのまざりを証明したものである。

STAPの論文は途中から基本的に無理筋な感じを呈してきたが、これで完全に決着がついた。残念ながら、おそらく誰かがES細胞を混ぜて虚構の細胞を作ったことになる（結局それが誰かわからないのであるが。。）。ただこの一件で日本のサイエンスに大きな傷跡が残り、一人の偉大な科学者を失ったことは悔やまれる。