津波に備え、ＪＲ西日本は２８日正午から、紀勢線の和歌山－新宮間で列車の運転を中止した。和歌山方面発着の「くろしお」など特急２０本も運休した。
ＪＲ四国でも、徳島県内の鳴門、牟岐両線全線と、愛媛県内の予讃線八幡浜－宇和島間（特急は松山－宇和島間）など５路線の一部で午後６時までに上下計１９１本が運休、約１万人に影響が出た。また、瀬戸内海の航路でフェリーなどが次々と欠航した。
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