ある冬の日、祖母が営む小さな定食屋を手伝っていた高校生の美以。そこへやって来たのは、お互いを「トラ」と「オオカミ」と呼び合う美形の2人組だった。大のBL好きの美以は妄想を膨らませる。2人は店の常連になるが、大学卒業により、美以の幸せは儚くも終わってしまった……。意気消沈する美以だったが、2年に進級した美以の学校に、2人が新任の教師として赴任してくる。
いたって普通の少女・松隆奈々子は武蔵小麦に一目惚れをし、彼の所属する「変態生理ゼミナール」―――通称「変ゼミ」に入ってしまう。そこには恋の相手である小麦をはじめ、様々な変態行為を研究する癖のあるメンバーが揃っていた。メンバーに翻弄され、教授にレポートはぬるいと罵られ、小麦の変態アドバイスに動揺しつつも、奈々子のキャンパスライフは過ぎていく。
喧嘩騒ぎを起こしてから校内で孤立していた不良高校生・藤村は学校をさぼって街中をうろついていた所を学級委員の宇佐美えりこに呼び止められた。藤村はえりこに飼い猫・月光の乳首をマジックで黒く塗り潰すと脅され、仕方なく学校へ行かない理由を打ち明ける。
呼水千尋と姫野律は幼馴染み。千尋は小さい頃から律に憧れており、そして律もまた自由な千尋を羨んでいた。ある日、千尋が「りっちゃんになりたい」と願った日、2人の中身が入れ替わっちゃった!? そんな2人の前に神社の神史と名乗る狐が2匹現れて……。
事故で両親を亡くした氷村良は、かつて名家として誉れ高かった祖父母の家に引き取られたことを機に、全寮制の名門高校、双星館学園に編入することになった。学園の敷地内で迷子になった良を案内してくれたのはタキシード姿の男子、Bクラスの神澤伯王だった。
帝王大学付属病院の勤務医・最上一尊は数々の難手術を成功させてきた命の入院と、ろくに勉強もせず引きこもり状態の息子の義明に頭を悩ませていた。ある日、義明は堪忍袋の緒が切れた父親に家から追い出されてしまうが、幼馴染の伊達の家に強引に転がり込み自由気ままに振舞う。しかし、伊達が事故で重傷を負い父親の電話の指示を元に救命措置を行った事を機に義明は半ば冗談で父親に「伊達と共に医学部を目指す」と宣言する。 現在の義明と伊達は友人の釈紗英と共に医学部入学を果たし、様々な医師や人との出会いを通しながらどの科を目指すか模索する。
呪術師が作り出した化け物「病魔」が存在した。そして、それらと戦うのは「怪体真書」を持つ闇医師である。闇医師の少年鳴滝宗太郎と彼をサポートする看護師出雲桃は病魔と戦いながら、怪体真書?巻を探す旅を続けていた・・・。
弓道少年の「立川達矢」は、中学校時代の全国大会で出会った「不動権三郎」先輩に憧れて彼と同じ高校に進学する。しかし、達矢が高校で見たものは、想像を絶するものであった。そして、達矢の権三郎への憧れは、また別の感情へと変わっていくのだった。
研修期間を終えて、T県竜宮市の「安田記念病院」に赴任してきた伝説のゴッドハンドの息子・真東輝。彼は仲間・患者達と共に、二人三脚での「最高の医療」を目指し、日々成長していく。
