長期滞米研究者ネットワーク

管理人たちの日記

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Shino さんの「気配りプロフェッサー」を読んで

2006年03月30日 | SE の日記
--- まず、元記事を読んでみてください。 ---

なぜアメリカのプロフェッサーは「気配りプロフェッサー」になるのか。

ポスドクのときのボスに求職活動でいろいろ助けてもらったのでお礼を言ったら「That's a part of my job.」といわれました。自分のところからどんな人材を出したかは彼の CV に載って第三者からの評価につながるということですね。日本はどうなんでしょう。

それから、競争が激しいだけに一人のラボメンバーの生産性が低いのは死活問題になりかねません(小さなラボではほぼ確実になるでしょう)。ラボメンバー自身ももちろん業績が必要なわけですから、mutual benefit が最大限になるように皆悩み工夫するのだと思います。日本でもアメリカでも、優しさと厳しさのバランスをとるのが賢明だと思いますが、アメリカでの厳しさはつまり「クビ」という前提がありますから優しさ(気配り)が前面にでるのではないでしょうか。

もっとも、農耕の民と 49ers ですから大もとがちがいますね。みっしーさんおっしゃるところの「アメリカは出した結果と報酬とのサイクルが短い」はいかにも 49ers 的ですね。「 金が出たら勝ち」みたいな(私の仕事の場合、「菌が出たら勝ち」もあながち間違いではない)。「仲良く一緒に掘って金が出たら分けましょう、出なかったら解散です」みたいな。

最近は日本も任期制や若手への競争的資金の割り当てでアメリカっぽくなってきているようですから、だんだん「気配りプロフェッサー」が増えてくるかもしれません。


追記:それから怖さを知って覚悟を持つ人は優しくなるというのもあるかもしれない。

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2006年03月27日 | SE の日記
PubMed-P に二つ機能を追加しました。

一つは検索語を20個まで保存し、あとで再建策再検索できるようにしました。メインウィンドウの Prev ボタンでさかのぼることが出来ます。また、File/Queries で一覧をみてそこから再検索することもできます。

もう一つは、PubMed の新着文献チェックです。入力窓に、例えば interleukin と入力して MyNCBI/Add&Search を実行すると interleukin に関する新着文献過去1週間分を PubMed でサーチ・表示します。検索語は検索日と共に保存され、後日 MyNCBI/List を使って保存された最新検索日から当日分まで検索することもできます。

exe ファイルにもしようと思っているのですが、そうすると何故かテキストファイル対象の文字列検索が機能しないようなので、その問題が解決したらアップします。




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予想はあたるか

2006年03月24日 | SE の日記
先週次のプロジェクトについて予想される結果を図表に描いてみたのですが、今週はその通りになるか実験してみました。一度目はコントロールが少し奇妙でしたが、原因を推察して実験条件を変えたら今日は予想通りの綺麗な結果がでました。このプロジェクトのキーとなる部分だったので一安心しました。

もちろん他のアプローチでも確かめなくてはいけないのでまだまだどうなるかわかりませんが、今週の残りは論文執筆の方に時間をとられそうなので、次の結果は来週のお楽しみということになりそうです。あ、もう一つ書かなきゃいけない論文があるんだな~。でも実験やりたい・・・

試薬やサンプルは揃っているし、手法も難しいことはない(はずな)ので後はこつこつやっていくだけです。でも、大抵一度は大きな山にぶつかるんですよね~。そこを乗り越えられるかどうかが勝負の分かれ目ですね。今回のプロジェクトは長い目で見てさけられない部分ですし、次のグラント申請にもかかわっているので頑張らなくては。

それから今週は今までの成果を地元の新聞に送ったので近々掲載されると思います。そこから全国の各紙に送られてエディタの目に留まればあちこちで掲載される可能性もあります。どうなることやら・・・ま、今年の Annual Report の足しにはなるかな。それと明日は Dept head と会って Performance Review というのがあるのでそこでもプラス要因になりそう。





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DVD 単語検索

2006年03月21日 | SE の日記
またこの話で恐縮ですが、PubMed-P の単語検索機能が論文を書くのに重宝しています。ある単語がどのような文脈で使われているか、ネイティブの書いた論文で使われているか、どの程度の被使用頻度かなど簡単にチェックするのに使っています。それから、ある手法や試薬、統計処理などが使われていた論文の PDF ファイルを探し出すのも簡単です。そんなこんなで結構な時間節約になっていると思います。

自画自賛はこれくらいにして・・・

PubMed-Pを使っていて、単語検索が DVD のキャプションを対象にできてその場面の再生が出来たら便利だろうなー、とふと思いました。知っている単語やイディオムでも実際の日常会話の中でどんなコンテキストでどんなイントネーションで使われているかは知らないものが結構あります。それに対する相手の反応なんかも実際に試してみるには問題があります。そんな表現を日常生活を描いたドラマなんかの DVD の中からサクッと検索してその前後の場面と見られたら良い勉強になりそうです。

キャプションの情報が画像と連携して入っているのだから出来なくは無いですよね。自分の技量では到底出来そうに無いですが、ソフトによってはすでにそんな機能が備わっているかもしれません。もしご存知の方いらしたらお教えください。





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ジャイアン

2006年03月18日 | SE の日記
駐日米大使、牛肉禁輸「長期化なら貿易戦争」 (朝日新聞) - goo ニュース

米国のシーファー駐日大使は・・・

「日米のガイドラインを知らずに骨付き肉を注文した客も悪かった」
「近い将来までに解決できないと、米国議会がしびれを切らし、貿易戦争のような事態になりかねない」

**********************************

アメリカ「牛肉買えー」
日本「狂牛病の肉が入ってそうだからやだよー」

アメリカ、制裁をちらつかせて輸入再開させる。
     ↓
案の定、ずさんな管理で骨付き肉を輸出する。
     ↓
輸入再停止

アメリカ「注文した客が悪い」
「さっさと再開しないと貿易戦争になるぞ」


**********************************

ジャイアン「スネオー、ラジコン飛行機使わせろー」
スネオ「壊すからやだよー」

ジャイアン脅して取り上げる。
    ↓
案の定、人の家に突っ込ませてラジコン壊す。
    ↓
住人のおじさんに怒られる。

ジャイアン「お前のせいで怒られたじゃないか」

ゴツン。スネオ殴られる。

**********************************

ジャイアンは腕力があるがいいかげん。スネオはお金持ちだけどひ弱。

そういうことか・・・





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はじめにやること

2006年03月17日 | SE の日記
今日は次のプロジェクトをどう進めるか過去の論文に目を通しながら考えはじめました。これはかなり前からやっていることなのですが、何かプロジェクトを立ち上げるときには自分の仮説が正しいことを示すにはどんな実験でどんな結果が必要か考えながら期待される結果の図表を描いてみます。論文になったときをイメージして図表の順番や形式、レイアウトも決めます。

これを良く見る場所に置いておき結果のセクションをどう書いていくかなど考えていると、最初には思いつかなかった必要な実験が思い浮かんだりします。また、こうしておくとプロジェクトの全体像がつかめるだけでなく、それぞれの実験のサンプル数はどうするか、どんなコントロールを含めるかなど予め考える機会が増えるので無駄な実験をさけられます。それから、全体を眺めることでどのデータがキーか見えてくるので、まずそこに集中して実験をすることもできます。

この作業は、マップクエストなどでA地点(実験開始)からB地点(論文執筆)へのディレクションを調べるようなものかと思います。ただ、多くの場合そのルートを辿ってみると渋滞(実験条件がなかなか定まらない)していたり、工事中(その実験手法では確かめられないことが判明)だったり、ひどい場合は最初の検索結果が間違い(期待されたのと正反対の結果が出る)だったことがわかったりします。こうなると、最初に書いた青写真は全面的に書き直すことになるのですが、それでも無駄な実験を避けられるなど、この作業から得られるものの方が大きいと感じています。

さて、来週からは今日鉛筆でなぐり描いた図表と同じ結果が出るか実際に実験してみます。




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論文

2006年03月14日 | SE の日記
今日は午前中にちょっと実験(というか仕込み)をしたのとラボメンバーとディスカッションをした以外は論文を書きました。実験をやりながら書こうかとも思ったのですが、月曜日は書き物系の調子がよいので論文に集中することにしました。先週図表の作成、レジェンド、マテメソまで終わっていたので、結果のセクションを書き始めなんとかそこまでのラフドラフトが出来上がりました。明日からは一番の難関、ディスカッション、を書きますが今日はとりあえず構成だけ考えておこうと思います。

今週中にドラフトを仕上げて1週間寝かせてから推敲し、今月中には共同研究者にまわしたいところです。次のプロジェクトに関してやりたいことがてんこ盛りで気持ちが焦りますが、とりあえずは論文書きにプライオリティーをおこうと思っています。

ところで、昨日は久々にゴルフをしました。インは47で自分的には好調だったのですが、アウトは数ホールで大叩きしたのでトータル100をきれませんでした。このところこのレベルで伸び悩んでいます。長・中距離はそこそこ安定してきたのですが、グリーン周りでの凡ミスが足をひっぱっています。

グリーン脇からの寄せでトップするのとかスゴクくやしいっすね。それとか傾斜のきついグリーンで強くパットし過ぎてバイバイ・グリーンとか。ボギーとダボ半々で99か。パー:ボギー:ダボ=1:1:1で90。コンスタントに100きるのが当面の目標かな。


え、そんな風に家族サービスもせんと遊んでるのが娘に指差される原因ですか?そうですか・・


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びっくり

2006年03月10日 | SE の日記
今日は Biosafety officer がラボに来て BL2 の規則が守られているかチェックしていきました。今日ばかりは(キャシーがこの日のために袖にゴムをつけてくれた)白衣をきちんと着て(これまたキャシーが綺麗に整頓してくれた)ラボで準備万端実験をしていたのですが、officer が来た事をキャシーに知らせようと電話をしたときに手袋をはずすのをうっかり忘れてしまい注意されてしまいました。

で、びっくりしたのは自分のうっかり加減ではなく・・・

その officer が世間話で、「同じビルディングに似たような研究をしている人がいるわよ。」と教えてくれたのですが少し詳しい話を聞くとどうもコンペティターのところから来た人の可能性が。(キャシーが)調べてみると案の定そこのポスドクだったようです。What a small world! (←びっくり1)

話をしてみたいのはやまやまですが、今はそのコンペティターとの関係上微妙な結果が出てきているところなのでしばらくしてから会いに行こうかと思っています。

話は変わって・・・この前マイナーリビジョンを要求された論文を昨日の午後再投稿したのですが、今日の午前中にアクセプトの連絡がきました。はやっ!(←びっくり2)

これは良いびっくりでした。

さらに話は変わって・・・昨日、娘(11ヶ月)がやけに泣くので KE が「どうしたの?何が気に入らないの?」と聞いたら、すかさず娘が私を指さしました。どーしてっ!!(←びっくり3)

今まで指さしたことなんてないじゃん。人生初の指さしがこんなタイミングとは・・・

パパ何にも悪いことしてないでしょ・・・

かなりションボリ・・・




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オーストラリアへ行く話しその22 とんでとんでとんでまがってまがってまがってまがる

2006年03月04日 | ばみら日記
と、いきなりまどかひろしばりのタイトルである。壊れたレコードのような、と黒柳徹子が評したデビュー曲が大ヒットし、2曲目のいとしのキャリアガールが泣かず飛ばずで消えてしまった70年代後半の一発屋の一人である。性分化の話しに入る前に、SEさんからSryの機能について茶々が、いや質問が入ったので、横道のまた横道にそれることにする。SryはY染色体にその個体をオスへ性決定する力があるということで、染色体の転位などをフルに利用したフォワードジェネティクスから見つかった遺伝子であり、Sryトランスジェニックメスマウスがオスとして発生してくることから、性決定遺伝子としての機能が確認された遺伝子である。その19でも書いたように、このあたりはブリスベンにいるくーぷすがロンドンのロビンロベルバッジのところでやった仕事であり、どうだ、オスになったぞ、という写真がねーちゃの表紙を飾ったほどにいわゆるひとつのブレイクスルーであった。もちろん、マウスの写真である。ヒトではいかに科学商業誌と言えども表紙にははばかられるアングルである。(もっとも、ヒトのトランスジェネシス自体が大いにはばかられることであろうけどね。特にとなりの半島であんな騒ぎがあった昨今では。)ちなみにオスとして「発生してくる」のであって、オスとして「生涯を終える」わけではない。この違いがたっぷり味わえるようになれば、あなたはすでに発生科学者として熟達者である。

さて、肝心のSryの機能である。生化学的な言い方をすれば、HMGボックスを持つDNA結合タンパク質である。ある特定のDNA配列に結合し、そこを中心にしてDNAダブルヘリックスをぐぐっと曲げる。これにより、Sry結合部異の前後に離れて結合していた蛋白群が空間的に近付き、転写開始複合体を作ることができるとまことしやかに言われている。お見合いのコーディネーターみたいなものである。というわけで、Sryによってお見合いする蛋白群はいったい誰なのか、そしてお見合いによって転写が活性化される(あるいは抑制される)遺伝子は何なのか、ということが、Sry発見後の業界の興味の中心の一つになったのであった。少なくともSox9はSryによって転写が活性化される遺伝子の一つと考えて間違いなさそうである。Sox9の発現がうまくいかないと、性決定/性分化に異常が起きる遺伝病も知られている。Sryが直接Sox9の発現を調節しているのかもしれないし、間にSox3が入って、SryはSox3を抑制し、Sox3はSox9を抑制するのだと主張するグループもいる。Sox9は、茶々が、あ、いや質問がなければ、次回の話題にと考えているミュラー管阻害因子の発現を活性化し、オスとしての性分化をうながす。

ついでながら、HMGはハイモビリティグループのことで、SDS-PAGEで実際の分子量から予測されるよりもより速く移動する蛋白群に対してつけられた名前である。最初に見つかったものはHMG1と名付けられたが、大抵の場合はみかけの分子量をくっつけてHMG14とかHMG17といわれている(が、この2つ以外に分子量で名付けられたHMGはあるのだろうか)。Soxはいまでは20を超えるメンバーが見つかっているが、こちらはSryボックスの略で、SryのHMGボックスと良く似たDNA結合ドメインを持つ。ともかく、最近の遺伝子の名前はなんちゃらおっくすというのがけっこうある。ひとつにはドメイン構造をなんちゃらボックスとよぶことが多いからであろう。元祖はゲーリングおじさんの発見したホメオボックス遺伝子、略してホックス遺伝子になるのだろう。




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exe

2006年03月01日 | SE の日記
この前の日記に書いた PDF 管理プログラムの”ActivePerl がなくても動く”版(pubmed-p.exe)をアップしました。perl2exe というソフトを使ったのですが、コンパイルしているわけではなくて、exe2perl というのを使うとソースが見れてしまうようです。まー、私の場合はもともとソースを(恥ずかしげもなく)公開しているので関係ないです・・

今回のように Perl をインストールしていない人に自作プログラムを紹介したいというときには便利そうです。シェアウェアでLite版が$49ですが、30日間は無料で試用できます。ただ試用版を使うとプログラム終了後に毎回メッセージが表示されます。Pubmed-P のようにコマンドプロンプトを表示しないようにしてもしっかりポップアップが出ます。

DL&解凍した pubmed-p.exe は C:/pubmed にいれてあとは説明ページにある pubmed-p.pl を pubmed-p.exe に読みかえて使用してください。機能拡張とかフィードバックいただけたらです。

Perl のお勉強のほうは今 Programming Perl をちょびちょび読んでます。すこし長いのを書こうとするとモジュールとかオブジェクトとか詳しく知ってるかどうかで出来上がりにだいぶ違いが出てきそうなのでゆっくり根気よく読み進めていこうと思ってます。他の言語を勉強するときも役に立つんじゃないかと思ってるんですがどうなんでしょう。そういえば、Effective Perl というのが Perl がゆえの落とし穴と対処法がわかりやすくまとまっていてなかなかの良書のようです。一部(40ページほど)無料で公開されています。


とりとめがないですが、pubmed-p.exe が Perl のない環境でうごいてウレシカタヨ報告でした。




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