発現変動

EP4171502(DURECT CORP [US])
Transcriptional Profiling and Data Analysis
【０１１９】
  転写プロファイリング及びデータ解析

Total RNA was extracted and purified from HepG-2 cells using SV total RNA isolation system (Promega, Madison, WI).
SV全RNA単離システム(Promega、ウィスコンシン州、マディソン)を使用して、HepG-2細胞から全RNAを抽出して精製した。

cDNAs were prepared and analyzed using GeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Array, Affymetrix (Santa Clara, USA) as previously described with technical support from Shanghai Biotechnology Corporation.
cDNAを調製し、GeneChip(登録商標)Human Genome U133 Plus 2.0 Array、Affymetrix(米国、サンタクララ)を、Shanghai Biotechnology Corporationの技術サポートを得て先に記載されたとおりに使用して解析した。

Direct target genes in the present study were selected based on more than 2-fold of reduction together with array detect signal more than 5 in both samples.
両サンプルにおいて、5個超のアレイ検出シグナルと共に2倍超の低下に基づいて、本研究における直接標的遺伝子を選択した。

Genes showing fold changes greater than 2 and array-detected signals greater than 7 in at least one sample were selected as differently expressed genes.
少なくとも1つのサンプルにおいて2を上回る倍率変化及び7個を上回るアレイ検出シグナルを示す遺伝子を、発現変動遺伝子として選択した。

DAVID software (https://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp) was used to analyze GO enrichment of differently expressed genes.
DAVIDソフトウェア(https://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp)を使用して、発現変動遺伝子のGOエンリッチメントを解析した。

US10900083(MASSACHUSETTS GEN HOSPITAL [US])
[0058] In certain embodiments, the gene expression products as described herein can be instead determined by determining the level of messenger RNA (mRNA) expression of genes associated with the marker genes described herein.
[0044] ある態様において、本明細書に述べるような遺伝子発現産物を、代わりに、本明細書に記載のマーカー遺伝子と関連のある遺伝子のメッセンジャーRNA（mRNA）発現のレベルを決定することによって決定することもできる。

Such molecules can be isolated, derived, or amplified from a biological sample, such as a tumor biopsy.
そのような分子は、腫瘍生検試料などの生物試料から単離すること、導き出すこと、または増幅することができる。

Detection of mRNA expression is known by persons skilled in the art, and comprise, for example but not limited to,
mRNA発現の検出は当業者には公知であり、これには例えば、

PCR procedures, RT-PCR, quantitative PCR or RT-PCR, Northern blot analysis, differential gene expression,
PCR手順、RT-PCR、定量的PCRまたはRT-PCR、ノーザンブロット分析、遺伝子発現変動、

RNA protection assay, microarray analysis, hybridization methods, next-generation sequencing etc. 
RNA保護アッセイ、マイクロアレイ分析、ハイブリダイゼーション法、次世代シークエンシングなどが非限定的に含まれる。