日本語版 鉱物 図鑑３ 後日談

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「鉱物 図鑑３ → HTTP 403 ？」では、
「田中の Collectionroom」は「HTTP 403：アクセス不可」になると書きました。

しかし、先ほど確認しましたら、摩訶不思議・・・きちんと表示できました？？？？？
(Firefox でも、ＩＥ６ でも)
原因は分かりません。

見えた証拠に、画面キャプチャしました。


「霰石」があります。




解説付きです。



と云うことで、後日談でした。　　　　　



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鉱物 図鑑３ → HTTP 403 ？

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「日本語版 鉱物 図鑑２」で、「日本産鉱物展示館」を紹介させて頂きましたが、
ここの左ペインにある「リンク集」から、
「田中のCollection room」を、見つけました。

こちらには、「霰石」がありました。

　　・・・・・
　　・・・・・
　　霰石（新潟県新発田市東赤谷・赤谷鉱山）
　　霰石（長野県下伊那郡大鹿村鹿塩）
　　・・・・・
　　・・・・・

でも、イメージが違います？？？

それにしても、かなりの数のコレクションです！

さらに、解説付きです。

　　解説
　　　この鉱物はカルシウムの炭酸塩鉱物である。
　　　方解石と同質異像の関係にある。
　　　また、・・・・・
　　当標本について
　　　この標本は、方解石で有名な鹿塩の霰石です
　　　この標本では内部と外側の放射状の絹糸光沢部分が霰石です。
　　　なお、・・・・・

などと、あります。
すばらしい!

と、此処までは良かったのですが、
(実は、この記事は数日前に書いておいたものです)

昨日、確認の為に、再度「田中のCollection room」を開こうとしたら、

な、ナント
「HTTP 403：アクセス不可」
と出てしまった？？？

Firefox バージョン3.5.2 では、



とでちゃいました。
では、とＩＥ６ で見ると、



と、Flash 動画・音声でした。


どうしましょう？？？
それにしても、「日本産鉱物展示館」の「リンク集」には、いろんなサイトがありますネ。
まともな紹介になりませんでしたが、お許しを？？？　　　　　



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Symyx Draw と Winmostar

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「Symyx Draw」の入出力ファイル形式について：
入力では、
　　sketch file (.skc)
　　molfile (.mol)
　　ChemDraw file (.cdx)
　　SMILES file (.smi)
　　などがある。
出力では、
　　sketch file (.skc)
　　molfile (.mol)
　　SMILES file (.smi)
　　と、画像としての
　　.bmp 、.gif 、.png 、.tiff 、.wmf
がある。

一方「Winmostar」では、
molfile ( .mol ) の入出力が出来る。

つまり、molfile ( .mol ) を介せば、
「Symyx Draw」と「Winmostar」の相互間でやり取りできる。
と云うことになりますネ。

でも、多分、
「Winmostar」で(各種形式のファイルを読み込んだり、新規に)モデリングしたりし、
平面図化したい時には、.mol 形式でセーブして、
「Symyx Draw」で読み込んで表示する。
と云う使い方になるかナ？


話は変わりますが、
ここで、「SMILES 形式ファイル(.smi)」なるものを知りました。

SMILES とは、Simplified Molecular Input Line Entry System の略ですね。

Wikipedia「SMILES記法」には、
　　分子の化学構造をASCII符号の英数字で文字列化した
　　構造の曖昧性の無い表記方法である。
　　SMILES文字列は多くの種類の分子エディタにおいてインポート可能で、
　　二次元の図表あるいは三次元のモデルとして表示することができる。
とあります。
そして、
　　SMILES記法の長所は化学構造を、少ないバイト長で表現できることと、
　　ルールが簡単なので人間が文字列に変換する際に複雑な演算が不必要な点にある。
だそうです。
でも、
　　一方、欠点としては元の構造式の向きや置換基が張り出す方向などの構造式を
　　目で見たときの印象が完全に失われる点がある。
　　ほかにも、標準SMILES記法では相対配置も絶対配置も表現することができない。
　　また、前述したように文字列のパターンマッチングでは構造の部分一致を
　　意味しないので、小規模の化学データベース以外ではSMILESを内部表現に採用
　　しているデータベースシステムは見られない。
とか。
そして、
　　近年のCPUパワーのコストパフォーマンス増大と通信媒体の大容量化は目を見張る
　　ものがあり、ネットワーク端末で直接3次元モデリングを処理することも可能になり、
　　SMILES記法が持っていた長所は急速に色あせてきている。
と云うことですね。


結局、「Symyx Draw」の入出力形式として使うのは、
　sketch file (.skc) と、molfile (.mol)　の２形式
と云うことになりますかネ？　　今日の 部活動 は終了です。　　　　



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日本語版 鉱物 図鑑２

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以前、「日本語版 鉱物 図鑑」と云うことで、
「加藤の鉱物、化石コレクション」を、(勝手に)紹介させて頂きました。

今度は、「日本産鉱物展示館」を、(やはり勝手に)紹介させて頂きます。

「鉱物 データベース・サイト」で見つけた、「霰石」はありませんでしたが、
「31種 43標本展示中」だそうです。


真ん中あたりにある「展示鉱物種一覧（五十音順）」で見ると、
４番目に「糸魚川石」なるものがありました。

　　糸魚川石　Itoigawaite
　　新潟県糸魚川市青海川
　　ひすい輝石岩を切る青色脈部分。微細結晶の集合体。
　　ひすい輝石・ソーダ沸石などと共存。
　　・・・・・
　　糸魚川石は低温高圧型変成帯の岩石中に産出するローソン石の
　　ストロンチウム(Sr)置換体にあたる。
　　原記載・糸魚川産の糸魚川石は、Ca-Srのサイトの殆どがSrによって占められている。

などと、あります。

と云うことで、勝手に紹介させて頂きました。　　　　　



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MOPAC2009・PM6法の実力？

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せっかく、「MOPAC2009を導入」したので、PM6法の実力(？)を試してみました。

NaCl(塩化ナトリウム)の構造を作ってみました。
(Na、Cl 原子各４ヶから成るもの)

よく例にする、CH3COOH などは、共有結合している、分子ですね。
(共有結合した原子団を分子と云う)
でも、NaCl などは、イオン結合している唯の原子団？ですね。

さて、
モデリングソフトは当然ながら「Winmostar」です。


（１）最初に１分子分を構造最適化する。（１次元）
　「Winmostar」立ち上げ時に表れる、C-H 構造の C を Na に変え、H を Cl に変え、
　「MOPAC2009」のパラメータは「PM3 EF PRECISE」とする(此処は、PM3法です)。
　計算実行＝構造最適化。


（２）２分子を配置する。（２次元化）
　まず、適当に、Na を追加する。（Cl 側でなく、あえて Na 側にする）
　（Na 同士が結合しない程度に離して）
　次に、Cl を追加する。（追加した Na から少し離して、図のような位置に）
　（追加した、Na と Cl は自動的に結合される）


（３）２分子分を構造最適化する。（事前最適化）
　「MOPAC2009」のパラメータは同じく「PM3 EF PRECISE」とする（一旦は、PM3法で)。
　計算実行＝構造最適化。


（４）再度、２分子分を構造最適化する。（２次元＝平面 完成）
　「MOPAC2009」のパラメータは今度は「PM6 EF PRECISE」とする（本番)。
　計算実行＝構造最適化。


（５）４分子を配置する。（３次元化）
　まず、「Winmostar」の「編集」メニューから「鏡像体生成」を行う。
　少し離れすぎている？ようなので、「編集」メニューから「部分移動」を選んで、
　２組の２分子間を少し近づける。
　（面が平行でないが、この方が分かりやすい？）


（６）４分子分を構造最適化する。（事前最適化）
　「MOPAC2009」のパラメータは「PM3 EF PRECISE」とする（一旦は、PM3法で)。
　計算実行＝構造最適化。


（７）再度、４分子分を構造最適化する。（３次元＝立体 完成）
　「MOPAC2009」のパラメータは今度は「PM6 EF PRECISE」とする（本番)。
　計算実行＝構造最適化。
　結果は、原子間距離＝2.887　で、角度は87.3／92.6度　となった。



正解(？)は ・・・・・

「研究所一般公開 見学」で書いた、「結晶構造ギャラリー」で確認。

原子間距離＝2.820　で　角度＝90.0度　の正六面体(立方体)ですね。
と云うことは、(半経験的分子軌道法計算での)誤差は２～３％と云うことですネ。

素晴らしい！！！　これがＰＭ６法の実力(？)ですね？？？

と云うことで、今日の 部活動 は終了です。　　　



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