２００３年ころから藤崎芳秀さんの田んぼで冬期湛水が始まるが、その頃までの不耕起栽培では田植え直前までは水が入らなかった。固い土への田植えだったから丈夫な根、野生化するイネでゆっくりした成長が基本であった。６月に入ってからのサヤミドリの大発生も特徴的であった。水田に水が自由に入れられない水田で冬期湛水ができなかった為で、現在では半不耕起でドライブハローを使って表面を浅く耕すことにして、直後に田植えをする。それからは収穫直前まで水がはいる。
ところが冬期湛水で水田に秋から水が入るようになると、イトミミズ、ユスリカ、オタマジャクシ、アブの幼虫など土の表面を撫で回しトロトロ層が形成され結果として雑草は生えにくくなる。おまけに米糠を散布したり、乳酸菌、光合成細菌などをモミガラに吸着した肥料を施すことでイネの生育は以前とは異なりイネの初期分げつを可能とするようになった。アカウキクサの発生もシアノバクテリアという古代菌を葉の裏に寄生させ空中の窒素を取り込む。利根川水系とか琵琶湖水系などの周辺水田で不耕起栽培を３年続けるとこのアカウキクサが発生する。これら生物の働きは資源型農法といって彼らの活動をいつも注意して発生量を点検する必要がある。アメリカザリガニ、ジャンボタニシ、アカウキクサいづれも監視が必要である。