最初の修道院ができてからも既成勢力から迫害は続いた。76年カルメル会から修道院を建てることを禁止され、彼女は異端として宗教裁判にまでかけられて一時投獄され、著書は禁書となったのである。しかし彼女の支持者は広がり、79年フェリペ２世の布告で彼女は無罪となり、保護通告がされた。
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十字架の聖ヨハネことファン・デ・イエペスが聖テレサに会ったのは25歳のとき、二人の歳の差は27歳、テレサは堂々とした熟女である。若者ヨハネは、テレサと別れた１年後1568年アビラの近くの村ドゥエロで、男子の厳格な規則を持つ跣足カルメル会を発足させた。
彼らの仲間が順調に増えたところで、恩返しとばかり、テレサは何と、自分が院長をする修道院の霊的指導者にしちゃうのである、70年から2年間2人は（神への）ラブラブの毎日を送ったのである。しかし改革派を良く思わない神父達の姦計により、2人は引き離され、ヨハネはトレド修道院の牢獄に入れられる。
この牢獄で彼の才能は開花され、最初の傑作の詩「霊の讃歌」が書かれる。「どんなことに出会っても、彼はいつも自分の愛する人を思う」この詩が神のことだけとは言い切れないだろう。78年、彼は遂に牢番の協力を得て脱獄に成功する。
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1591年12月7日、十字架の聖ヨハネは49歳で帰天した。81年に彼の跣足カルメル会は承認されたが、91年6月1日、総長のドリア神父は、テレジアから続く会の精神を台無しにするような改憲を提案し、副総長のヨハネは反対したことで、すべての職務を剥奪されたのだ。
そしてヨハネの後任者のディエゴ神父は、ヨハネに恨みをもっており、ヨハネを自分の修道院に来させて、修道女と関係をもったと誹謗をいいふらした。さらに仲間の神父の修道院に行かせて、彼の世話を禁止させた。ヨハネは臨終に陥ったが、最後にひどいことをした院長は悔悛の涙を流したそうだ。
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