DALAB情報発信用ブログ:OpenCAE+GPGPU+Peridynamics編

DALABで行っている研究活動の中で、OpenCAEやGPGPUや破壊解析の取り組みについてまとめてゆきます。

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DEXCS-Salomeの有効活用:並列版Code_Asterのコンパイル(1)

2011年07月23日 18時10分30秒 | DEXCS情報
ここでは、並列版Code_Asterの活用を目指してコンパイルに挑戦します。なお以下の手順は、Code_Asterの活用について情報提供を頂いているMKさんの資料を参考にしています。

H240221:MKさんの資料の改定に対応して内容を修正

構築手順まとめ:http://opencae.gifu-nct.ac.jp/pukiwiki/index.php?Code_Aster%20%A4%CE%CA%C2%CE%F3%B2%BD
上記の英文情報:http://www.code-aster.org/forum2/viewtopic.php?id=14892

検証に用いたベースのシステムは DEXCS2011-Salome-A3(64) なのですが、OSとしてはUbuntu 11.04(64) になります。
ただしこれに限定しているわけではなくて、Ubuntu の 10.04 などでも同様に構築できます。
なお以下の手順は 64bit を前提としているので、注意してください。

■ 準備
まずはОSをインストールしたら、ネットワークを接続して、システムアップデートを行っておきます。「システム」→「システム管理」→「アップデート・マネージャ」で、再チェックしてアップデートをインストールします。

■ インストール先など
この作業は dexcs ユーザーとして行っています。これはそれぞれの設定で読み替えてください。
ダウンロードしたファイルの保存:~/Install_Files (/home/dexcs/Install_Files)
システムをインストールする場所:/opt (この中に、acml や aster が作られます。)

■ 必要なファイル5個のダウンロード
aster-full-src-10.6.0-3.noarch.tar.gz → http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article272 (最新版は11.1ですが、ここでは実績のある10.6を用います。)
ParMetis-3.2.0.tar.gz → http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download (最新版がありますが、実績のある3.2.2を旧版の中から探してダウンロードします。)
mpiblacs.tgz → http://www.netlib.org/blacs/BLACS/Papers.html(MPIBLACSのリンクからダウンロードします。)
scalapack-1.8.0.tgz → http://www.netlib.org/scalapack/ (色々書いてありますが、下の方からRelease Historyにある1.8.0をダウンロードします。)
petsc-2.3.3.tar.gz → http://ftp.mcs.anl.gov/pub/petsc/release-snapshots/(沢山あるファイル一覧から指定のバージョンをダウンロードします。)

■ 色々な準備作業
まず、dexcsユーザーのホームディレクトリにある上記の5つのファイルを保存ディレクトリ~/Install_Filesにまとめて置きます。
次に、インストール先の/optの所有者を変更します。本来/optはrootが所有ですが、導入や利用を考えて一般ユーザーdexcs(ここでの設定)にしておきます。要は作業者dexcsが読み書きできるようにします。
$ sudo chown dexcs /opt/

■ 追加パッケージのインストール
構築に必要なパッケージを sudo apt-get install でインストールします。途中で「続行しますか?」と何か聞かれたら、指示に従って進めます。例えば、sudo apt-get install gfortran のようにします。
gfortran g++ → コンパイラの追加
python-dev python-numpy → Pythonの機能追加
zlib1g-dev → 圧縮ファイル対応ライブラリの追加
libatlas-base-dev → blas,lapackに対応するatlasの追加
grace → グラフ描画ツールの追加
bison flex → コンパイルツールの追加
python-qt4 → Pythonの機能追加
checkinstall → コンパイル支援ツールの追加
openmpi-bin openmpi-dev openmpi-dbg openmpi-doc → 並列処理用MPIの実装
libcr-dev → ParMetis用のライブラリ
エラー無く最後までインストールが進んだら、追加パッケージの準備は完了です。
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